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万見
- EMDB-18164: The stalk domain of the ASFV RNA polymerase obtained from Multibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18164
タイトルThe stalk domain of the ASFV RNA polymerase obtained from Multibody refinement
マップデータmap obtained from Multibody refinement (not sharpened)
試料
  • 複合体: apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever Virus
キーワードRNA polymerase / ASFV / transcription / eukaryotic virus
生物種African swine fever virus BA71V (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Pilotto S / Sykora M / Cackett G / Werner F
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X017028/1 英国
Wellcome TrustWT207446/Z/17/Z 英国
Wellcome TrustWT108877/B/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the recombinant RNA polymerase from African Swine Fever Virus.
著者: Simona Pilotto / Michal Sýkora / Gwenny Cackett / Christopher Dulson / Finn Werner /
要旨: African Swine Fever Virus is a Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus that causes an incurable haemorrhagic fever in pigs with a high impact on global food security. ASFV replicates in the cytoplasm of ...African Swine Fever Virus is a Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus that causes an incurable haemorrhagic fever in pigs with a high impact on global food security. ASFV replicates in the cytoplasm of the infected cell and encodes its own transcription machinery that is independent of cellular factors, however, not much is known about how this system works at a molecular level. Here, we present methods to produce recombinant ASFV RNA polymerase, functional assays to screen for inhibitors, and high-resolution cryo-electron microscopy structures of the ASFV RNAP in different conformational states. The ASFV RNAP bears a striking resemblance to RNAPII with bona fide homologues of nine of its twelve subunits. Key differences include the fusion of the ASFV assembly platform subunits RPB3 and RPB11, and an unusual C-terminal domain of the stalk subunit vRPB7 that is related to the eukaryotic mRNA cap 2´-O-methyltransferase 1. Despite the high degree of structural conservation with cellular RNA polymerases, the ASFV RNAP is resistant to the inhibitors rifampicin and alpha-amanitin. The cryo-EM structures and fully recombinant RNAP system together provide an important tool for the design, development, and screening of antiviral drugs in a low biosafety containment environment.
履歴
登録2023年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18164.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18164.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map obtained from Multibody refinement (not sharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.4 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.4 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.011100693 - 0.025052037
平均 (標準偏差)0.000061363826 (±0.0008319245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 248.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_18164_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_18164_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever...

全体名称: apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever Virus
要素
  • 複合体: apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever Virus

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超分子 #1: apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever...

超分子名称: apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever Virus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: African swine fever virus BA71V (ウイルス)
分子量理論値: 450 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3tris
250.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.1 mMZnSO4zinc sulfate
1.0 mMC4H10O2S2DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisparse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 14638 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 48.152 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode for a total of 50 frames per image. The data collection was carried out in super-resolution mode and binned 2 on-the-fly.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were motion corrected in Relion v4
粒子像選択選択した数: 4842857
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Initial model in cryoSPARC v3 and relion v4
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: Multibody refinement / 使用した粒子像数: 467519
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
ソフトウェア:
名称詳細
cryoSPARC (ver. 3)2/3D classifications and 3DVA
RELION (ver. 4)3D refinement and post-processing

詳細: Both relion and cryoSPARC were used
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: 3D refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8q3b


Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: The complete biological assembly for the PDB entry 8Q3B was used for the docking in the new map
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 84.5995
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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