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- EMDB-18062: III2-IV1 respiratory supercomplex from S. pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18062
タイトルIII2-IV1 respiratory supercomplex from S. pombe
マップデータ
試料
  • 複合体: III2-IV1 respiratory supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 23種
  • リガンド: x 13種
キーワードSupercomplex / respiration / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory electron transport / mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex III / シトクロムcオキシダーゼ / mitochondrial respirasome / quinol-cytochrome-c reductase ...Respiratory electron transport / mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex III / シトクロムcオキシダーゼ / mitochondrial respirasome / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / structural molecule activity / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / : / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 ...Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Respiratory supercomplex factor 2, mitochondrial / Hypoxia induced protein, domain / Hypoxia induced protein conserved region / HIG1 domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / : / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / シトクロムb / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Peptidase M16, zinc-binding site / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / シトクロムb ...Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / シトクロムb / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Moe A / Brzezinski P
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure and function of the III-IV-cyt supercomplex.
著者: Agnes Moe / Anna-Roza Dimogkioka / Doron Rapaport / Linda Näsvik Öjemyr / Peter Brzezinski /
要旨: The respiratory chain in aerobic organisms is composed of a number of membrane-bound protein complexes that link electron transfer to proton translocation across the membrane. In mitochondria, the ...The respiratory chain in aerobic organisms is composed of a number of membrane-bound protein complexes that link electron transfer to proton translocation across the membrane. In mitochondria, the final electron acceptor, complex IV (CIV), receives electrons from dimeric complex III (CIII), via a mobile electron carrier, cytochrome . In the present study, we isolated the CIIICIV supercomplex from the fission yeast and determined its structure with bound cyt. using single-particle electron cryomicroscopy. A respiratory supercomplex factor 2 was found to be bound at CIV distally positioned in the supercomplex. In addition to the redox-active metal sites, we found a metal ion, presumably Zn, coordinated in the CIII subunit Cor1, which is encoded by the same gene () as the mitochondrial-processing peptidase subunit β. Our data show that the isolated CIIICIV supercomplex displays proteolytic activity suggesting a dual role of CIII in . As in the supercomplex from , subunit Cox5 of CIV faces towards one CIII monomer, but in the two complexes are rotated relative to each other by ~45°. This orientation yields equal distances between the cyt. binding sites at CIV and at each of the two CIII monomers. The structure shows cyt. bound at four positions, but only along one of the two symmetrical branches. Overall, this combined structural and functional study reveals the integration of peptidase activity with the CIII respiratory system and indicates a two-dimensional cyt. diffusion mechanism within the CIII-CIV supercomplex.
履歴
登録2023年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18062.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18062.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8464 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.34192747 - 0.72714645
平均 (標準偏差)0.00088451646 (±0.021879723)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 433.3568 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 3DVA class 0 after heterogeneous refinement, cyt. c...

ファイルemd_18062_additional_1.map
注釈3DVA class 0 after heterogeneous refinement, cyt. c at position (iii) and (iv)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DVA class 1 after heterogeneous refinement, cyt. c...

ファイルemd_18062_additional_2.map
注釈3DVA class 1 after heterogeneous refinement, cyt. c at position (ii) and (iv)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DVA class 2 after heterogeneous refinement, cyt. c at position (iii)

ファイルemd_18062_additional_3.map
注釈3DVA class 2 after heterogeneous refinement, cyt. c at position (iii)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DVA class 3 after heterogeneous refinement, cyt. c at position (i)

ファイルemd_18062_additional_4.map
注釈3DVA class 3 after heterogeneous refinement, cyt. c at position (i)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18062_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18062_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : III2-IV1 respiratory supercomplex

全体名称: III2-IV1 respiratory supercomplex
要素
  • 複合体: III2-IV1 respiratory supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bシトクロムb
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1シトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3シトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7シトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01
    • タンパク質・ペプチド: Unknown polypeptide
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: UBIQUINONE-10ユビキノン
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION

+
超分子 #1: III2-IV1 respiratory supercomplex

超分子名称: III2-IV1 respiratory supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

+
分子 #1: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta

分子名称: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 50.802277 KDa
配列文字列: MLRLQNLPKL VRRFATTALP KTETTTLKNG LTVATEHHPY AQTATVLVGV DAGSRAETAK NNGAAHFLEH LAFKGTKNRS QKALELEFE NTGAHLNAYT SREQTVYYAH AFKNAVPNAV AVLADILTNS SISASAVERE RQVILREQEE VDKMADEVVF D HLHATAYQ ...文字列:
MLRLQNLPKL VRRFATTALP KTETTTLKNG LTVATEHHPY AQTATVLVGV DAGSRAETAK NNGAAHFLEH LAFKGTKNRS QKALELEFE NTGAHLNAYT SREQTVYYAH AFKNAVPNAV AVLADILTNS SISASAVERE RQVILREQEE VDKMADEVVF D HLHATAYQ GHPLGRTILG PKENIESLTR EDLLQYIKDN YRSDRMIISS AGSISHEELV KLAEKYFGHL EPSAEQLSLG AP RGLKPRF VGSEIRARDD DSPTANIAIA VEGMSWKHPD YFTALVMQAI IGNWDRAMGA SPHLSSRLST IVQQHQLANS FMS FSTSYS DTGLWGIYLV TENLGRIDDL VHFTLQNWAR LTVATRAEVE RAKAQLRASL LLSLDSTTAI AEDIGRQLLT TGRR MSPQE VDLRIGQITE KDVARVASEM IWDKDIAVSA VGSIEGLLDY NRIRSSISMN RW

UniProtKB: Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 45.704973 KDa
配列文字列: MKSFTRNLRR FQTPRRNLHG ISYTPKKVEG VSFAGRETPT ATGSLSVVIN AGSRYQPDAG VSHLLEKFAF KTTEERSALR ITRESELLG GQLSTQITRE HIILTARFLN EYLEYYARLL AEVVDATKFL PFQLTEEVLP TARIESELFR EDILRVAMAK L HEKAFHRG ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 43.760602 KDa
配列文字列: MKILKSNPFL ALANNYMIDA PEPSNISYFW NFGSLLACVL VIQIVIGILL ACFYIPNMDL AFLSVERIVR DVNYGFLLRA FHANGASFF FIFLYLHIGR GLYYGSYKYP RTMTWNIGVI IFLLTIITAF LGYCLPANQM SFWGATVITN LLSAVPFIGD D LVHLLWGG ...文字列:
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UniProtKB: シトクロムb

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 34.383094 KDa
配列文字列: MFQFVKKKNE FLKFARLGSR AFTQNAQKTH SKGSNIALVS SSLLSVGMIA LYYNVYGPSL SAGTPKEEGL HFIQHDWPQS KVLSGFDHA SLRRGFQVYR EVCSACHSLN LIAWRHLVGV THTADEAKQM ASEVEYEDGP DDEGNMFKRP GKLSDFLPPP Y PNVEAARA ...文字列:
MFQFVKKKNE FLKFARLGSR AFTQNAQKTH SKGSNIALVS SSLLSVGMIA LYYNVYGPSL SAGTPKEEGL HFIQHDWPQS KVLSGFDHA SLRRGFQVYR EVCSACHSLN LIAWRHLVGV THTADEAKQM ASEVEYEDGP DDEGNMFKRP GKLSDFLPPP Y PNVEAARA SNNGAAPPDL SCVVRGRHGG QDYIYSLLTG YTEPPAGVEV PDGMNFNPFF PGTQIAMARP LFDDAVEFED GT PATTAQA AKDVVNFLHW ASEPELDIRK KMGFQVITVL TILTALSMWY KRFKWTPIKN RKIFYQRPIK

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 24.769352 KDa
配列文字列: MLAKQFISKS LASSLRRLLP VSSTASSLKG SMMTIPKFTS IRTYTDSPEM PDFSEYQTKS TGDRSRVISY AMVGTMGALT AAGAQATVH DFLASWSASA DVLAMSKAEV DLSKIPEGKN LVVKWQGKPV FIRHRTPEEI QEANSVDIST LRDPQADSDR V QKPEWLVM ...文字列:
MLAKQFISKS LASSLRRLLP VSSTASSLKG SMMTIPKFTS IRTYTDSPEM PDFSEYQTKS TGDRSRVISY AMVGTMGALT AAGAQATVH DFLASWSASA DVLAMSKAEV DLSKIPEGKN LVVKWQGKPV FIRHRTPEEI QEANSVDIST LRDPQADSDR V QKPEWLVM IGVCTHLGCV PIGEAGDYGG WFCPCHGSHY DISGRIRRGP APLNLAIPAY TFEGSKIIIG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 24.340496 KDa
配列文字列: MSFWKNLFTS AFTPISAEAD ELIKEDRKQF EENTPSKKNF ETQSPDEPSP KTTDSTGARD ANLSLKTQEP IVSADDAKGA QGKGADEKE EKKETIQPPE EVKTEPPQPE EKEGKEAKEP EEPPKEEAEE PQEGGEEEEE EEEEEEITDP LEKMTQECMD A PDCKEVKH ...文字列:
MSFWKNLFTS AFTPISAEAD ELIKEDRKQF EENTPSKKNF ETQSPDEPSP KTTDSTGARD ANLSLKTQEP IVSADDAKGA QGKGADEKE EKKETIQPPE EVKTEPPQPE EKEGKEAKEP EEPPKEEAEE PQEGGEEEEE EEEEEEITDP LEKMTQECMD A PDCKEVKH HFEECTARVT KKVEQGDKSE DCIEEFFHLY HCARDCADPK VFKVLV

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 16.058521 KDa
配列文字列:
MKPVSLAKYI QKSPFLTKLL LPISNAYVHL SGYRKYGLRY DDLMLEENDD TQKALSRLPK MESYDRVYRI RRAMQLSIEN KILPKSEWT KPEEDYHYLR PVLAEVIAER KEREAFDALI VKKPETQAHA TSSPAHAH

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 10.48107 KDa
配列文字列:
MGGAAGGKTY LGWWGHLGGP KQKGIITYSL SPFQQRPMAG FFKTSTQNMF RRVMTEGLYV AIPFGIAYYI YCWGKERNEF LNSKHGRHL VEE

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 7.807629 KDa
配列文字列:
MASSTIYNIF FRRNSSFYAT IFVSAFFAKI GFDVFTDSVW KRANAGLTWD EVKPRFLNKD EDAEDDE

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 9.136762 KDa
配列文字列:
MISFFPNKPM YHVQPHISFI TPERTMKTIP AFSRWAFAAV AGVFVFAMQV PKVKTTILQP IAFIGDHFKD KTPEEDKWL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: シトクロムcオキシダーゼ
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 59.60768 KDa
配列文字列: MNSWWTYVNR WIFSTNAKDI AILYLLFGLV SGIIGSVFSF IIRMELSAPG SQFLSGNGQL YNVAISAHGI LMIFFFIIPA LFGAFGNYL VPLMIGAPDV AYPRVNNFTF WLLPPALMLL LISALTEEGP GGGWTVYPPL SSITSHSGPA IDLAILSLQL T GISSTLGS ...文字列:
MNSWWTYVNR WIFSTNAKDI AILYLLFGLV SGIIGSVFSF IIRMELSAPG SQFLSGNGQL YNVAISAHGI LMIFFFIIPA LFGAFGNYL VPLMIGAPDV AYPRVNNFTF WLLPPALMLL LISALTEEGP GGGWTVYPPL SSITSHSGPA IDLAILSLQL T GISSTLGS VNLIATMINM RAPGLSLYQM PLFAWAIMIT SILLLLTLPV LAGGLFMLFS DRNLNTSFYA PEGGGDPVLY QH LFWFFGH PEVYILIMPA FGVVSHIIPS LAHKPIFGKE GMLWAMLSIA LLGLMVWSHH LFTVGLDVDT RAYFSAATMV IAI PTGIKI FSWLATLTGG AIQWSRVPML YAIGFLILFT IGGLTGVILS NSVLDIAFHD TYFVVAHFHY VLSMGALFGL CGAY YYWSP KMFGLMYNET LASIQFWILF IGVNIVFGPQ HFLGLNGMPR RIPDYPEAFV GWNFVSSIGS VISILSLFLF MYVMY DQFT SNRVVKTNPY LIPSYFDDNV IFVNEKLGVA QSIEWLLHSP VHEHAFNTLP TKSI

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: シトクロムcオキシダーゼ
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 28.139258 KDa
配列文字列: MLFFNSILND APSSWALYFQ DGASPSYLGV THLNDYLMFY LTFIFIGVIY AICKAVIEYN YNSHPIAAKY TTHGSIVEFI WTLIPALIL ILVALPSFKL LYLLDEVQKP SMTVKAIGRQ WFWTYELNDF VTNENEPVSF DSYMVPEEDL EEGSLRQLEV D NRLVLPID ...文字列:
MLFFNSILND APSSWALYFQ DGASPSYLGV THLNDYLMFY LTFIFIGVIY AICKAVIEYN YNSHPIAAKY TTHGSIVEFI WTLIPALIL ILVALPSFKL LYLLDEVQKP SMTVKAIGRQ WFWTYELNDF VTNENEPVSF DSYMVPEEDL EEGSLRQLEV D NRLVLPID TRIRLILTSG DVIHSWAVPS LGIKCDCIPG RLNQVSLSID REGLFYGQCS ELCGVLHSSM PIVVQGVSLE DF LAWLEEN S

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #13: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: シトクロムcオキシダーゼ
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 30.432148 KDa
配列文字列: MNLSTKFQGH PYHIVSASPW PFFLSVVLFF NCLAATLYLH GYKHSSVFFG ISFLGLLATM YLWFRDMSTE ANIHGAHTKA VTKGLKIGF MLFLISETFL FASIFWAFFH SSLSPTFELG AVWPPVGIAD KTIDPLEVPL LNTVILLTSG ASLTYAHYSL I ARNRENAL ...文字列:
MNLSTKFQGH PYHIVSASPW PFFLSVVLFF NCLAATLYLH GYKHSSVFFG ISFLGLLATM YLWFRDMSTE ANIHGAHTKA VTKGLKIGF MLFLISETFL FASIFWAFFH SSLSPTFELG AVWPPVGIAD KTIDPLEVPL LNTVILLTSG ASLTYAHYSL I ARNRENAL KGLYMTIALS FLFLGGQAYE YWNAPFTISD SVYGASFYFA TGLHGIHIIV GTILLLAATY NIYTYHLTNT HH NGFECGI YYWHFCDVVW LFLYLTIYIW GS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #14: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 17.624094 KDa
配列文字列:
MFMNSMLRVS RQRAAVRSTV SLYRGFVSAS IRRNEQNVVK AAAQELANAK EPSDLIGPGG RDGEVPTDLE QATGLERYEL LSELSGRDA FDMKPLDASR KGTLTDPIMV TSLDPYRHIG CTGSPSGSHN LIWMTVYKDK LRRCPECGSV YKLKFMGDPN

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial

+
分子 #15: Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 24.933271 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
配列文字列: MYLSKIICKK VPMKLLCTRN AATVSAAATN ALQKEQPSGE AMIARPRLVD LDKRWGIMSQ EEKDGLITDL YARQKQPWTT LSIEEKKAA YWIAFGEHGP RAFSHISQKT VFWGTVAGLT IGVVLFGLIR TQAAPSPRTM TREWQEKSNE YMKENKINPI S GEASEGFK ...文字列:
MYLSKIICKK VPMKLLCTRN AATVSAAATN ALQKEQPSGE AMIARPRLVD LDKRWGIMSQ EEKDGLITDL YARQKQPWTT LSIEEKKAA YWIAFGEHGP RAFSHISQKT VFWGTVAGLT IGVVLFGLIR TQAAPSPRTM TREWQEKSNE YMKENKINPI S GEASEGFK GRGQISGGIF SPSEKDKKEN LYFQGGGGGG SAWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide 5, mitochondrial

+
分子 #16: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 15.958173 KDa
配列文字列:
MKAVQRIFQT GRFSVAAGPS VRFQAGFLAA NRQVRFSSNH GVSLEEINTK YNDFFSNVQD QFELQRGLNN CFAYDIVPSS DVIEQALRA ARRVNDFPTA VRIFEGIKVK LPTKEQYQAY VKELKPVCNE LGIVLKEDLF K

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

+
分子 #17: Cytochrome c oxidase subunit 7

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 6.741878 KDa
配列文字列:
MKNTIVQQQR FLQSIHKPTY LQRPGSFALV YPYYAVMAGL GLYSLYASGR VIFGKKDAF

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 7

+
分子 #18: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 7.512846 KDa
配列文字列:
MLRYSLQARS ALRGVRFSSS HSAPKPGSTI PFYINKKPLP TLLYFGTFGV IFSIPFIVVK YHNRNL

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial

+
分子 #19: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 6.652764 KDa
配列文字列:
MAVGPVTGMF KRRIVTDFSV TMILGTLGAC YWWFGYHKPA ARQREEFYVK LAAEKNAE

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

+
分子 #20: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 10.275406 KDa
配列文字列:
MSEQEDQEAP KQFTFGTVGF DARFPNTNQT KHCFQSYIDY FRCIKAKGED FVPCKQFWHA YQSLCPMEWV ERWDEQRENG TFPAPI

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial

+
分子 #21: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 15.224184 KDa
配列文字列:
MSMMNRNIGF LSRTLKTSVP KRAGLLSFRA YSNEAKVNWL EEVQAEEEHA KRSSEFWKKV TYYIGGPALI LASANAYYIY CKHQEHAKH VEDTDPGYSF ENLRFKKYPW GDGSKTLFWN DKVNHLKKDD E

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial

+
分子 #22: Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01

分子名称: Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 27.084996 KDa
配列文字列: MKLSTPEEVK AFNRNTYSAL FKGALVGSSL GIAGWLIGNR YSAGFRRLPF SLKSWLVIGS GSGASIIFAD KAGLKFEAER YGKFDQIDY STKGLPWNQR ALYYFNEHKW PIILGTWAST MGLSLYAASR NRYDTAPQKL IQARMYAQGV TVVVLLGSVY L STLANRLE ...文字列:
MKLSTPEEVK AFNRNTYSAL FKGALVGSSL GIAGWLIGNR YSAGFRRLPF SLKSWLVIGS GSGASIIFAD KAGLKFEAER YGKFDQIDY STKGLPWNQR ALYYFNEHKW PIILGTWAST MGLSLYAASR NRYDTAPQKL IQARMYAQGV TVVVLLGSVY L STLANRLE PLEREVLVTD PSNPTKLVAF KQRKERYPGE LQWEVLVSQD EERLRKLNLP LREPHGSTGP MSTPTPALNS SR SA

UniProtKB: Respiratory supercomplex factor 2 homolog C1565.01

+
分子 #23: Unknown polypeptide

分子名称: Unknown polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 2.230741 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #24: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #25: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

+
分子 #26: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: PCF
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / ジパルミトイルホスファチジルコリン

+
分子 #27: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 10 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

+
分子 #28: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #29: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン

+
分子 #30: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

+
分子 #31: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #32: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A / Heme A

+
分子 #33: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION / 銅

+
分子 #34: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #35: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #36: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 41.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 125752
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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