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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18031 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the DyP peroxidase-loaded encapsulin nanocompartment from Mycobacterium tuberculosis with icosahedral symmetry imposed. | |||||||||
マップデータ | The 2.7 A resolution cryo-EM reconstruction of Mycobacterium tuberculosis encapsulin containing DyP peroxidase | |||||||||
試料 |
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キーワード | Encapsulin / cfp29 / nanocompartment / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / encapsulin nanocompartment / extracellular region / plasma membrane / Type 1 encapsulin shell protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Willmore R / Woodward JD | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The 2.7 A resolution cryo-EM reconstruction of Mycobacterium tuberculosis encapsulin nanocompartment containing DyP peroxidase. 著者: Willmore R / Woodward JD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18031.map.gz | 228.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18031-v30.xml emd-18031.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18031_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18031.png | 61 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18031.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_18031_half_map_1.map.gz emd_18031_half_map_2.map.gz | 193.7 MB 193.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18031 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18031 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18031_validation.pdf.gz | 928.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18031_full_validation.pdf.gz | 928.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18031_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18031_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18031 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18031 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pysMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18031.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | The 2.7 A resolution cryo-EM reconstruction of Mycobacterium tuberculosis encapsulin containing DyP peroxidase | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_18031_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_18031_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DyP cargo loaded encapsulin nanocompartment
全体 | 名称: DyP cargo loaded encapsulin nanocompartment |
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要素 |
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-超分子 #1: DyP cargo loaded encapsulin nanocompartment
超分子 | 名称: DyP cargo loaded encapsulin nanocompartment / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-分子 #1: 29 kDa antigen CFP29
分子 | 名称: 29 kDa antigen CFP29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 29.554072 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP ...文字列: MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP YSVLLSADVY TKVSETSDHG YPIREHLNRL VDGDIIWAPA IDGAFVLTTR GGDFDLQLGT DVAIGYASHD TD TVRLYLQ ETLTFLCYTA EASVALSHHH HHH UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6204 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 26.39 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-8pys: |