[日本語] English
万見
- EMDB-18004: Cryo electron tomogram of Caulobacter crescentus - Delta-bla -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18004
タイトルCryo electron tomogram of Caulobacter crescentus - Delta-bla
マップデータ
試料
  • 細胞: Caulobacter crescentus Delta-bla mutant
キーワードAdaptive multi-drug resistance / Efflux pump / Co-chaperone / Beta-lactam / TipR / DjlA / MDR / Caulobacter crescentus / ANTIBIOTIC
生物種Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Costafrolaz J / Panis G / Casu B / Ardissone S / Degeorges L / Pilhofer M / Viollier PH
資金援助 スイス, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023
タイトル: Adaptive β-lactam resistance from an inducible efflux pump that is post-translationally regulated by the DjlA co-chaperone.
著者: Jordan Costafrolaz / Gaël Panis / Bastien Casu / Silvia Ardissone / Laurence Degeorges / Martin Pilhofer / Patrick H Viollier /
要旨: The acquisition of multidrug resistance (MDR) determinants jeopardizes treatment of bacterial infections with antibiotics. The tripartite efflux pump AcrAB-NodT confers adaptive MDR in the polarized ...The acquisition of multidrug resistance (MDR) determinants jeopardizes treatment of bacterial infections with antibiotics. The tripartite efflux pump AcrAB-NodT confers adaptive MDR in the polarized α-proteobacterium Caulobacter crescentus via transcriptional induction by first-generation quinolone antibiotics. We discovered that overexpression of AcrAB-NodT by mutation or exogenous inducers confers resistance to cephalosporin and penicillin (β-lactam) antibiotics. Combining 2-step mutagenesis-sequencing (Mut-Seq) and cephalosporin-resistant point mutants, we dissected how TipR uses a common operator of the divergent tipR and acrAB-nodT promoter for adaptive and/or potentiated AcrAB-NodT-directed efflux. Chemical screening identified diverse compounds that interfere with DNA binding by TipR or induce its dependent proteolytic turnover. We found that long-term induction of AcrAB-NodT deforms the envelope and that homeostatic control by TipR includes co-induction of the DnaJ-like co-chaperone DjlA, boosting pump assembly and/or capacity in anticipation of envelope stress. Thus, the adaptive MDR regulatory circuitry reconciles drug efflux with co-chaperone function for trans-envelope assemblies and maintenance.
履歴
登録2023年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18004.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 322.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)11.118971999999999 (±17.700437999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin01190
サイズ928960380
Spacing960928380
セルA: 10560.0 Å / B: 10208.0 Å / C: 4180.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Caulobacter crescentus Delta-bla mutant

全体名称: Caulobacter crescentus Delta-bla mutant
要素
  • 細胞: Caulobacter crescentus Delta-bla mutant

-
超分子 #1: Caulobacter crescentus Delta-bla mutant

超分子名称: Caulobacter crescentus Delta-bla mutant / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: cytodiagnostics / 直径: 10 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 61 / 平均電子線量: 2.1 e/Å2 / 詳細: 61 tilt series with around 130 accumulated dose.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る