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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17988 | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) apo form | |||||||||
マップデータ | LocScale filtered map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Octamer / Apo enzyme / Purine metabolism / IMPDH / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.507 Å | |||||||||
データ登録者 | Bulvas O / Kouba T / Pichova I | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) apo form 著者: Bulvas O / Kouba T / Pichova I | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17988.map.gz | 103.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17988-v30.xml emd-17988.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17988_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17988.png | 124.4 KB | ||
マスクデータ | emd_17988_msk_1.map | 209.3 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17988.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_17988_additional_1.map.gz emd_17988_half_map_1.map.gz emd_17988_half_map_2.map.gz | 193.5 MB 164.9 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17988 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17988 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pw3MC 18184 18600 18601 18602 18604 18606 18607 18608 8q65C 8qqpC 8qqqC 8qqrC 8qqtC 8qqvC 8qqwC 8qqxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17988.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | LocScale filtered map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.818 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17988_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase
全体 | 名称: Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase |
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要素 |
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-超分子 #1: Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase
超分子 | 名称: Octameric assembly of inosine monophosphate dehydrogenase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 426.658 KDa |
-分子 #1: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
分子 | 名称: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: IMP dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 |
分子量 | 理論値: 53.388988 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSIAESSVPI AVPVPTGGDD PTKVAMLGLT FDDVLLLPAA SDVVPATADT SSQLTKRIRL RVPLVSSAMD TVTESRMAIA MARAGGMGV LHRNLPVAEQ AGQVETVKRS EAGMVTDPVT CSPDNTLAEV DAMCARFRIS GLPVVDDTGE LVGIITNRDM R FEVDQSKP ...文字列: MSIAESSVPI AVPVPTGGDD PTKVAMLGLT FDDVLLLPAA SDVVPATADT SSQLTKRIRL RVPLVSSAMD TVTESRMAIA MARAGGMGV LHRNLPVAEQ AGQVETVKRS EAGMVTDPVT CSPDNTLAEV DAMCARFRIS GLPVVDDTGE LVGIITNRDM R FEVDQSKP VSEVMTKAPL ITAKEGVSAE AALGLLRRHK IEKLPIVDGH GKLTGLITVK DFVKTEQFPL STKDSDGRLL VG AAVGVGD DAWTRAMTLV DAGVDVLIVD TAHAHNRGVL DMVSRLKQAV GERVDVVGGN VATRAAAAAL VEAGADAVKV GVG PGSICT TRVVAGVGAP QITAILEAVA ACKPYGVPVI ADGGLQYSGD IAKALAAGAS TAMLGSLLAG TAESPGELIF VNGK QFKSY RGMGSLGAMQ GRGAAKSYSK DRYFQDDVLS EDKLVPEGIE GRVPFRGPLG TVIHQLTGGL RAAMGYTGSA TIEQL QQAQ FVQITAAGLK ESHPHDITMT VEAPNYYTR UniProtKB: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 50 mM HEPES (pH 7.5), 200 mM KCl, 5 mM DTT,2 mM MgCl2 | |||||||||||||||
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グリッド | 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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詳細 | Initial fitting was done in UCSF ChimeraX. Model refinement was done by iterative cycles of manual fitting with Coot and ISOLDE and automated fitting with phenix.real_space_refine. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 36.96 / 当てはまり具合の基準: CC coefficient |
得られたモデル | PDB-8pw3: |