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- EMDB-1796: Proteomic characterization of archaeal ribosomes reveals the pres... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1796
タイトルProteomic characterization of archaeal ribosomes reveals the presence of novel archaeal-specific ribosomal proteins
マップデータThis is a 50S subunit of P.aerophilum Ribosome
試料
  • 試料: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit
  • 複合体: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit
キーワードarchaea / ribosome / 50S / translation / ribosomal proteins
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Marquez V / Froehlich T / Armache J-P / Sohmen D / Doenhoefer A / Berninghausen O / Thomm M / Beckmann R / Arnold GJ / Wilson DN
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Proteomic characterization of archaeal ribosomes reveals the presence of novel archaeal-specific ribosomal proteins.
著者: Viter Márquez / Thomas Fröhlich / Jean-Paul Armache / Daniel Sohmen / Alexandra Dönhöfer / Aleksandra Mikolajka / Otto Berninghausen / Michael Thomm / Roland Beckmann / Georg J Arnold / Daniel N Wilson /
要旨: Protein synthesis occurs in macromolecular particles called ribosomes. All ribosomes are composed of RNA and proteins. While the protein composition of bacterial and eukaryotic ribosomes has been ...Protein synthesis occurs in macromolecular particles called ribosomes. All ribosomes are composed of RNA and proteins. While the protein composition of bacterial and eukaryotic ribosomes has been well-characterized, a systematic analysis of archaeal ribosomes has been lacking. Here we report the first comprehensive two-dimensional PAGE and mass spectrometry analysis of archaeal ribosomes isolated from the thermophilic Pyrobaculum aerophilum and the thermoacidophilic Sulfolobus acidocaldarius Crenarchaeota. Our analysis identified all 66 ribosomal proteins (r-proteins) of the P. aerophilum small and large subunits, as well as all but two (62 of 64; 97%) r-proteins of the S. acidocaldarius small and large subunits that are predicted genomically. Some r-proteins were identified with one or two lysine methylations and N-terminal acetylations. In addition, we identify three hypothetical proteins that appear to be bona fide r-proteins of the S. acidocaldarius large subunit. Dissociation of r-proteins from the S. acidocaldarius large subunit indicates that the novel r-proteins establish tighter interactions with the large subunit than some integral r-proteins. Furthermore, cryo electron microscopy reconstructions of the S. acidocaldarius and P. aerophilum 50S subunits allow for a tentative localization of the binding site of the novel r-proteins. This study illustrates not only the potential diversity of the archaeal ribosomes but also the necessity to experimentally analyze the archaeal ribosomes to ascertain their protein composition. The discovery of novel archaeal r-proteins and factors may be the first step to understanding how archaeal ribosomes cope with extreme environmental conditions.
履歴
登録2010年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年4月8日-
マップ公開2011年4月8日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd1796.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1796.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 50S subunit of P.aerophilum Ribosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.308 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.55 / ムービー #1: 0.55
最小 - 最大-1.59045 - 3.89016
平均 (標準偏差)0.0241512 (±0.428755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-69-69-68
サイズ138138138
Spacing138138138
セルA=B=C: 456.504 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.3083.3083.308
M x/y/z138138138
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z456.504456.504456.504
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-69-69-68
NX/NY/NZ138138138
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-69-69-68
NC/NR/NS138138138
D min/max/mean-1.5903.8900.024

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit

全体名称: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit
要素
  • 試料: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit
  • 複合体: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit

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超分子 #1000: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit

超分子名称: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One ribosomal subunit / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa / 手法: Sedimentation

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超分子 #1: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit

超分子名称: Pyrobaculum aerophilum 50S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 50S of P.aerophilum / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S
由来(天然)生物種: Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Hepes pH 7.5, 10 mM Mg(OAc)2, 30 mM NH4OAc, 4 mM beta-Mercaptoethanol
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layers of filter paper

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.308 µm / 実像数: 99 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Data collected on CCD
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 90000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 90000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt cryo holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Wiener filter on 3D volumes
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 9183

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ffk

ソフトウェア名称: UCSF Chimera
詳細Rigid-body fit into the density using UCSF Chimera built-in "Fit in Map"
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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