+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17945 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) immature particle | |||||||||
マップデータ | immature particle of tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | immature particle / tick-borne / flavivirus / whole particle / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Fuzik T / Plevka P / Smerdova L / Novacek J | |||||||||
資金援助 | チェコ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: The structure of immature tick-borne encephalitis virus supports the collapse model of flavivirus maturation. 著者: Maria Anastasina / Tibor Füzik / Aušra Domanska / Lauri Ilmari Aurelius Pulkkinen / Lenka Šmerdová / Petra Pokorná Formanová / Petra Straková / Jiří Nováček / Daniel Růžek / ...著者: Maria Anastasina / Tibor Füzik / Aušra Domanska / Lauri Ilmari Aurelius Pulkkinen / Lenka Šmerdová / Petra Pokorná Formanová / Petra Straková / Jiří Nováček / Daniel Růžek / Pavel Plevka / Sarah Jane Butcher / 要旨: We present structures of three immature tick-borne encephalitis virus (TBEV) isolates. Our atomic models of the major viral components, the E and prM proteins, indicate that the pr domains of prM ...We present structures of three immature tick-borne encephalitis virus (TBEV) isolates. Our atomic models of the major viral components, the E and prM proteins, indicate that the pr domains of prM have a critical role in holding the heterohexameric prM3E3 spikes in a metastable conformation. Destabilization of the prM furin-sensitive loop at acidic pH facilitates its processing. The prM topology and domain assignment in TBEV is similar to the mosquito-borne Binjari virus, but is in contrast to other immature flavivirus models. These results support that prM cleavage, the collapse of E protein ectodomains onto the virion surface, the large movement of the membrane domains of both E and M, and the release of the pr fragment from the particle render the virus mature and infectious. Our work favors the collapse model of flavivirus maturation warranting further studies of immature flaviviruses to determine the sequence of events and mechanistic details driving flavivirus maturation. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17945.map.gz | 110.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-17945-v30.xml emd-17945.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17945_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17945.png | 234.6 KB | ||
マスクデータ | emd_17945_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17945.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_17945_half_map_1.map.gz emd_17945_half_map_2.map.gz | 408.6 MB 408.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17945 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17945_validation.pdf.gz | 769.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_17945_full_validation.pdf.gz | 769 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17945_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17945_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17945 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | immature particle of tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17945_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2 of Gold-standard reconstruction of immature...
ファイル | emd_17945_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 2 of Gold-standard reconstruction of immature particle of tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1 of Gold-standard reconstruction of immature...
ファイル | emd_17945_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 1 of Gold-standard reconstruction of immature particle of tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tick-borne encephalitis virus
全体 | 名称: Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Tick-borne encephalitis virus
超分子 | 名称: Tick-borne encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Immature particles produced using tissue cell cultures NCBI-ID: 11084 / 生物種: Tick-borne encephalitis virus / Sci species strain: HYPR / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: immature particle / 直径: 600.0 Å |
-分子 #1: Envelope protein E
分子 | 名称: Envelope protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) 株: HYPR |
配列 | 文字列: SRCTHLENRD FVTGTQGTTR VTLVLELGGC VTITAEGKPS MDVWLDAIYQ ENPAQTREYC LHAKLSDTKV AARCPTMGPA TLAEEHQGGT VCKRDQSDRG WGNHCGLFGK GSIVACVKAA CEAKKKATGH VYDANKIVYT VKVEPHTGDY VAANETHSGR KTASFTVSSE ...文字列: SRCTHLENRD FVTGTQGTTR VTLVLELGGC VTITAEGKPS MDVWLDAIYQ ENPAQTREYC LHAKLSDTKV AARCPTMGPA TLAEEHQGGT VCKRDQSDRG WGNHCGLFGK GSIVACVKAA CEAKKKATGH VYDANKIVYT VKVEPHTGDY VAANETHSGR KTASFTVSSE KTILTMGEYG DVSLLCRVAS GVDLAQTVIL ELDKTVEHLP TAWQVHRDWF NDLALPWKHE GARNWNNAER LVEFGAPHAV KMDVYNLGDQ TGVLLKALAG VPVAHIEGTK YHLKSGHVTC EVGLEKLKMK GLTYTMCDKT KFTWKRAPTD SGHDTVVMEV TFSGTKPCRI PVRAVAHGSP DVNVAMLITP NPTIENNGGG FIEMQLPPGD NIIYVGELSY QWFQKGSSIG RVFQKTKKGI ERLTVIGEHA WDFGSAGGFL SSIGKALHTV LGGAFNSIFG GVGFLPKLLL GVALAWLGLN MRNPTMSMSF LLAGVLVLAM TLGVGA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Protein prM
分子 | 名称: Protein prM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) 株: HYPR |
配列 | 文字列: TVRKERDGST VIRAEGKDAA TQVRVENGTC VILATDMGSW CDDSLSYECV TIDQGEEPVD VDCFCRNVDG VYLEYGRCGK QEGSRTRRSV LIPSHAQGEL TGRGHKWLEG DSLRTHLTRV EGWVWKNRLL ALAMVTVVWL TLESVVTRVA VLVVLLCLAP VYA UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8.5 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | purified immature particles of Tick-borne encephalitis virus |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2262 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 69.0 e/Å2 詳細: collected in movie mode total 39 fractions per micrograph |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |