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- EMDB-17879: Chaetomium thermophilum Rix1-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17879
タイトルChaetomium thermophilum Rix1-complex
マップデータChaetomium thermophilum Rix1-complex - local resolution filtered
試料
  • 複合体: Chaetomium thermophilum Rix1-complex
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein IPI3
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein RIX1
キーワードbiogenesis (自然発生説) / pre-60S / 5S RNP / RIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pre-replicative complex / DNA-templated DNA replication / rRNA processing / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Pre-rRNA-processing protein RIX1, N-terminal / WD repeat-containing protein WDR18/Ipi3/RID3 / rRNA processing/ribosome biogenesis / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-rRNA-processing protein IPI3 / Pre-rRNA-processing protein RIX1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Thoms M / Cheng J / Denk T / Berninghausen O / Beckmann R
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2023
タイトル: Structural insights into coordinating 5S RNP rotation with ITS2 pre-RNA processing during ribosome formation.
著者: Matthias Thoms / Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Lisa Fromm / Timo Denk / Nikola Kellner / Dirk Flemming / Paulina Fischer / Laurent Falquet / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from ...The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from Chaetomium thermophilum, which consists of two sub-modules, the sphere-like Rix1-Ipi3-Ipi1 and the butterfly-like Las1-Grc3 complex, connected by a flexible linker. The Rix1 complex of the rixosome utilizes Sda1 as landing platform on nucleoplasmic pre-60S particles to wedge between the 5S rRNA tip and L1-stalk, thereby facilitating the 180° rotation of the immature 5S RNP towards its mature conformation. Upon rixosome positioning, the other sub-module with Las1 endonuclease and Grc3 polynucleotide-kinase can reach a strategic position at the pre-60S foot to cleave and 5' phosphorylate the nearby ITS2 pre-rRNA. Finally, inward movement of the L1 stalk permits the flexible Nop53 N-terminus with its AIM motif to become positioned at the base of the L1-stalk to facilitate Mtr4 helicase-exosome participation for completing ITS2 removal. Thus, the rixosome structure elucidates the coordination of two central ribosome biogenesis events, but its role in gene silencing may adapt similar strategies.
履歴
登録2023年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17879.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chaetomium thermophilum Rix1-complex - local resolution filtered
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-2.1849456 - 3.5356953
平均 (標準偏差)0.0046066 (±0.08521241)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 292.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex

ファイルemd_17879_additional_1.map
注釈Chaetomium thermophilum Rix1-complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - local...

ファイルemd_17879_additional_2.map
注釈Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - local resolution filtered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry

ファイルemd_17879_additional_3.map
注釈Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - half map A

ファイルemd_17879_additional_4.map
注釈Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - half map B

ファイルemd_17879_additional_5.map
注釈Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - half map A

ファイルemd_17879_half_map_1.map
注釈Chaetomium thermophilum Rix1-complex - half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - half map B

ファイルemd_17879_half_map_2.map
注釈Chaetomium thermophilum Rix1-complex - half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chaetomium thermophilum Rix1-complex

全体名称: Chaetomium thermophilum Rix1-complex
要素
  • 複合体: Chaetomium thermophilum Rix1-complex
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein IPI3
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein RIX1

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超分子 #1: Chaetomium thermophilum Rix1-complex

超分子名称: Chaetomium thermophilum Rix1-complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

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分子 #1: Pre-rRNA-processing protein IPI3

分子名称: Pre-rRNA-processing protein IPI3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 47.627816 KDa
配列文字列: MLTEEFVSAI CGPPLSSNTA IAKDVGIYCH TLSPSYSVKS TFKKSSVPVN CLAVSDTHIF AGQHEKAYVH VYSRLRGNQE AFVALPERI RCLILIGDIL VVGTTEGRLM LWEICTGRLV STPARHVQAV SCVAATPSHV LTGSDDSDIH VWSLSQLLEL D SAAEHEPL ...文字列:
MLTEEFVSAI CGPPLSSNTA IAKDVGIYCH TLSPSYSVKS TFKKSSVPVN CLAVSDTHIF AGQHEKAYVH VYSRLRGNQE AFVALPERI RCLILIGDIL VVGTTEGRLM LWEICTGRLV STPARHVQAV SCVAATPSHV LTGSDDSDIH VWSLSQLLEL D SAAEHEPL RTLANHRAAI TALAVSPSDS ADTNFCVSAS KDKSCIIWNY QTGDALRTLI FPGYPLCMSL DPSSRAIFVS CE DSSLYVA EMFGEKPLLG PGSEDPSTVV QISTPFGATQ PDVGPASCLS VSYDGTMLLT GHPRGQIMRW DISENKSPVE LAN LNAAVT NLIFVSPFLT SKPTKTVNII KPSQAERAYT FTAQFEPMSF TKSRLDSLLN ATGFPADALE SAIVAFYQPV TQSA GDQEL QRQNEELWEI INEQRALQKE TLQRYVEAKS SR

UniProtKB: Pre-rRNA-processing protein IPI3

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分子 #2: Pre-rRNA-processing protein RIX1

分子名称: Pre-rRNA-processing protein RIX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 84.849219 KDa
配列文字列: MTAPPDLRVV CHRLASTPVD SLPRLCPLLI NHVLRCGGPL SEPQDAKGKD RTSETAMLVH KFRTHITSLL TGKSPAGRFT AVCLIKAVI DVGGWESLRS AEPWIRGLIG VLQKPDPLSS KELSIVTLTK LYILLQDYQT LIREMATPTL PGYATACLQL I KPPASGRP ...文字列:
MTAPPDLRVV CHRLASTPVD SLPRLCPLLI NHVLRCGGPL SEPQDAKGKD RTSETAMLVH KFRTHITSLL TGKSPAGRFT AVCLIKAVI DVGGWESLRS AEPWIRGLIG VLQKPDPLSS KELSIVTLTK LYILLQDYQT LIREMATPTL PGYATACLQL I KPPASGRP LKVPLNFVDT VAWSLSKLVV LYSTTMRPFS GQIKSALRPY IAPTSSDNVV VPQSLKENSR NLLILLTYTA PK NGSSDEW VKAIRATILD CHTTADQVFR AVRESWESTT GYHIQPVNAT GEPSGGGDSV DELPPWSGLQ AGAERLTGLL EYL TAYFNN PTRAPVNVPL GELLDLTTRL TLVIPPSLGA EDSIETNPAI GRDEKAELWS ALPDIHHAVL RLHCAIIRRL EANA IPLAT DIIDQMVRVS TASKQLPSVR ETAYILAKEI LLLAGSTLPK LTVDILIPLI QSSCHDILTA AGHAQPAQSQ SSVPV TASK QQKSSSPALT NADAFLPGQS SSSTPKTSTA SPVSQAASAL LPTFFTHLPQ KHLPPDIRGL LDRTAILSHN QSAMLA SCL HPYRDSRGRY YPSILPFLVR RFPRDESVEV LRSNLVKVGG SDASRGWDLS NGVTRDISYG REFAQEMISE EKGVVKE DE TFAKEIEPVK STAKPATSAN AWGVEMELDV EHVNVAPIPE TTNPFATVVG TTSQPSTLIQ PACPSSPLKR KSDAEEFD E GSRPKRVDTG KAVSHPQMAV ISSVPKPEED KSDESSDSEG SVQIDMTLED DEEDEEEEDE

UniProtKB: Pre-rRNA-processing protein RIX1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 239033

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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