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万見
- EMDB-1781: The nucleosome organization in 30nm fiber -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1781
タイトルThe nucleosome organization in 30nm fiber
マップデータsub-tomogram average
試料
  • 試料: 30nm fiber
  • タンパク質・ペプチド: 30-nm fiber
キーワード30nm fiber
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 43.1 Å
データ登録者Scheffer MP / Eltsov M / Frangakis AS
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Evidence for short-range helical order in the 30-nm chromatin fibers of erythrocyte nuclei.
著者: Margot P Scheffer / Mikhail Eltsov / Achilleas S Frangakis /
要旨: Chromatin folding in eukaryotes fits the genome into the limited volume of the cell nucleus. Formation of higher-order chromatin structures attenuates DNA accessibility, thus contributing to the ...Chromatin folding in eukaryotes fits the genome into the limited volume of the cell nucleus. Formation of higher-order chromatin structures attenuates DNA accessibility, thus contributing to the control of essential genome functions such as transcription, DNA replication, and repair. The 30-nm fiber is thought to be the first hierarchical level of chromatin folding, but the nucleosome arrangement in the compact 30-nm fiber was previously unknown. We used cryoelectron tomography of vitreous sections to determine the structure of the compact, native 30-nm fiber of avian erythrocyte nuclei. The predominant geometry of the 30-nm fiber revealed by subtomogram averaging is a left-handed two-start helix with approximately 6.5 nucleosomes per 11 nm, in which the nucleosomes are juxtaposed face-to-face but are shifted off their superhelical axes with an axial translation of approximately 3.4 nm and an azimuthal rotation of approximately 54°. The nucleosomes produce a checkerboard pattern when observed in the direction perpendicular to the fiber axis but are not interdigitated. The nucleosome packing within the fibers shows larger center-to-center internucleosomal distances than previously anticipated, thus excluding the possibility of core-to-core interactions, explaining how transcription and regulation factors can access nucleosomes.
履歴
登録2010年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: -4.034770368
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: -4.034770368
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sub-tomogram average
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
12 Å/pix.
x 64 pix.
= 768. Å		12 Å/pix.
x 64 pix.
= 768. Å		12 Å/pix.
x 64 pix.
= 768. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 1.5 / ムービー #1: -4.0347704
最小 - 最大-9.352617260000001 - 3.72104096
平均 (標準偏差)0.06343354 (±1.2620393)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 768.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z121212
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z768.000768.000768.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-9.3533.7210.063

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 30nm fiber

全体名称: 30nm fiber
要素
  • 試料: 30nm fiber
  • タンパク質・ペプチド: 30-nm fiber

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超分子 #1000: 30nm fiber

超分子名称: 30nm fiber / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: 30-nm fiber

分子名称: 30-nm fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: 30-nm fiber / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: Chicken / 細胞中の位置: nucleus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 43.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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