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- EMDB-17787: 4.0 angstrom map of outward-facing MFS transporter MHAS2168, a ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17787
タイトル4.0 angstrom map of outward-facing MFS transporter MHAS2168, a homologue of M. tuberculosis Rv1410, in complex with a megabody
マップデータMembrane transporter MHAS2168, a homologue of M. tuberculosis Rv1410, in complex with megabody H2 consisting of nanobody H2 grafted to HopQ domain
試料
  • 複合体: MFS transporter MHAS2168 in outward-open conformation in complex with Megabody_H2
    • タンパク質・ペプチド: MFS transporter MHAS2168, a homologue of M. tuberculosis Rv1410c, in outward-open conformation
    • タンパク質・ペプチド: Megabody_H2, derived from grafting alpaca-produced Nanobody_H2 onto the HopQ adhesin domain of Helicobacter pylori
キーワードMajor Facilitator Superfamily transporter / megabody / outward-open conformation / triacylglyceride extraction / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / transmembrane transporter activity / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Triacylglyceride transporter MHAS_02168/C731_2106
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Remm S / Gonda I / Seeger MA
資金援助 スイス, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationPP00P3_144823 スイス
European Research Council (ERC)consolidator grant nr 772190European Union
University of ZurichFK-17-035 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for triacylglyceride extraction from mycobacterial inner membrane by MFS transporter Rv1410.
著者: Sille Remm / Dario De Vecchis / Jendrik Schöppe / Cedric A J Hutter / Imre Gonda / Michael Hohl / Simon Newstead / Lars V Schäfer / Markus A Seeger /
要旨: Mycobacterium tuberculosis is protected from antibiotic therapy by a multi-layered hydrophobic cell envelope. Major facilitator superfamily (MFS) transporter Rv1410 and the periplasmic lipoprotein ...Mycobacterium tuberculosis is protected from antibiotic therapy by a multi-layered hydrophobic cell envelope. Major facilitator superfamily (MFS) transporter Rv1410 and the periplasmic lipoprotein LprG are involved in transport of triacylglycerides (TAGs) that seal the mycomembrane. Here, we report a 2.7 Å structure of a mycobacterial Rv1410 homologue, which adopts an outward-facing conformation and exhibits unusual transmembrane helix 11 and 12 extensions that protrude ~20 Å into the periplasm. A small, very hydrophobic cavity suitable for lipid transport is constricted by a functionally important ion-lock likely involved in proton coupling. Combining mutational analyses and MD simulations, we propose that TAGs are extracted from the core of the inner membrane into the central cavity via lateral clefts present in the inward-facing conformation. The functional role of the periplasmic helix extensions is to channel the extracted TAG into the lipid binding pocket of LprG.
履歴
登録2023年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年10月25日-
現状2023年10月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17787.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Membrane transporter MHAS2168, a homologue of M. tuberculosis Rv1410, in complex with megabody H2 consisting of nanobody H2 grafted to HopQ domain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 450 pix.
= 292.5 Å		0.65 Å/pix.
x 450 pix.
= 292.5 Å		0.65 Å/pix.
x 450 pix.
= 292.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.38786677 - 0.55795616
平均 (標準偏差)0.00026359543 (±0.008347081)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 292.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17787_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17787_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17787_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MFS transporter MHAS2168 in outward-open conformation in complex ...

全体名称: MFS transporter MHAS2168 in outward-open conformation in complex with Megabody_H2
要素
  • 複合体: MFS transporter MHAS2168 in outward-open conformation in complex with Megabody_H2
    • タンパク質・ペプチド: MFS transporter MHAS2168, a homologue of M. tuberculosis Rv1410c, in outward-open conformation
    • タンパク質・ペプチド: Megabody_H2, derived from grafting alpaca-produced Nanobody_H2 onto the HopQ adhesin domain of Helicobacter pylori

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超分子 #1: MFS transporter MHAS2168 in outward-open conformation in complex ...

超分子名称: MFS transporter MHAS2168 in outward-open conformation in complex with Megabody_H2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)

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分子 #1: MFS transporter MHAS2168, a homologue of M. tuberculosis Rv1410c,...

分子名称: MFS transporter MHAS2168, a homologue of M. tuberculosis Rv1410c, in outward-open conformation
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSAFPQTPNR LIRPRRTSRG IAISAGGLAV LLGALDTYVV VSIVTDIMRD VGIAVNQIQR VTPIITGYLL GYIAAMPLLG RASDRFGRKL LIQISLAGFA LGSVITALAT NLDVLVAGRV IQGAASGALL PVTLALAADL WATHKRAAVL GGVGAAQELG AVLGPIYGIF ...文字列:
MSAFPQTPNR LIRPRRTSRG IAISAGGLAV LLGALDTYVV VSIVTDIMRD VGIAVNQIQR VTPIITGYLL GYIAAMPLLG RASDRFGRKL LIQISLAGFA LGSVITALAT NLDVLVAGRV IQGAASGALL PVTLALAADL WATHKRAAVL GGVGAAQELG AVLGPIYGIF VVWLFHHWQA VFWVNVPLAL IAMVLIHISL PPRVRTEEPQ RVDVTGGLLL ALALGLATIG LYNAEPDGKQ VLPEYGPPLI IGAVIAAVAF LVWERFARTR LLDPAGVRFR PFLIALLVSL VTGGALMVTL VNVELFGQGV LGLDQDEAVF LLARFLIALP VGALLGGWIA TRVGDRAVTA VGLLIAAGGF YLIAQWPADV LESRHDLGFV SLPTLDTDLA IAGFGLGLVI APLTSAALRV VPAAQHGIAS AAVVVARMIG MLIGIAALSA WGLYRFNQYL KEQLAALPPA PADFPGGQMA GQMMRLRTAT VQAYVLQYGE IFAITAGLCV FGAVLGLFIA GRREHAEESA DAVDGVSNAR DRAPSAALEV LFQ

UniProtKB: Triacylglyceride transporter MHAS_02168/C731_2106

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分子 #2: Megabody_H2, derived from grafting alpaca-produced Nanobody_H2 on...

分子名称: Megabody_H2, derived from grafting alpaca-produced Nanobody_H2 onto the HopQ adhesin domain of Helicobacter pylori
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列: QVQLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASDM INNAQKIVQE TQQLSANQPK NITQPHNLNL NSPSSLTALA QKMLKNAQSQ AEILKLANQV ESDFNKLSSG HLKDYIGKCD ...文字列:
QVQLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASDM INNAQKIVQE TQQLSANQPK NITQPHNLNL NSPSSLTALA QKMLKNAQSQ AEILKLANQV ESDFNKLSSG HLKDYIGKCD ASAISSANMT MQNQKNNWGN GCAGVEETQS LLKTSAADFN NQTPQINQAQ NLANTLIQEL GNNPFRGGGK LSDTYEQLSR LLTNDNGTNS KTSAQAINQA VNNLNERAKT LAGGTTNSPA YQATLLALRS VLGLWNSMGY AVICGGYTKS PGENNQKDFH YTDENGNGTT INCGGSTNSN GTHSYNGTNT LKADKNVSLS IEQYEKIHEA YQILSKALKQ AGLAPLNSKG EKLEAHVTTS KYGSPGGSLR LSCADAGSIF NKFPMAWYRQ APGKERELVA RISSGGSTNY ADFVKGRFTI SRDNAKSTLY LQMNSLKPED TAMYYCARII NSASNIAYWG QGTRVTVSAA LEVLFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris base
150.0 mMNaClSodium chloride
0.03 % (w/v)C24H46O11n-dodecyl-beta-D-maltoside

詳細: 20 mM Tris/HCl pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.03% (w/v) beta-DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA PLUNGER
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 11713 / 平均電子線量: 66.54 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4759395
詳細: Particles extracted after template picking and manual inspection of particle picks
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 402229
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 273034 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2) / ソフトウェア - 詳細: Heterogeneous refinement
詳細: The best class had 402229 particles and worst class had 143839 particles.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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