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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of active Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) complex with prFMN bound | |||||||||
![]() | PCD holo-complex with prFMN co-factor bound | |||||||||
![]() |
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![]() | prFMN / plastic degradation / Phthalates / anaerobic / light sensitive / Co-enzyme A / decarboxylase / FLAVOPROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å | |||||||||
![]() | Kayastha K / Ermler U | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Active Pcd complex with prFMN bound 著者: Kayastha K / Ermler U | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 40.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 153.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 40.5 MB 40.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 698.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 698.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pmkMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | PCD holo-complex with prFMN co-factor bound | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.116 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17762_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17762_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound
全体 | 名称: Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound |
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要素 |
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-超分子 #1: Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound
超分子 | 名称: Active Phthaloyl-CoA decarboxylase with prFMN co-factor bound タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 360 KDa |
-分子 #1: Phthaloyl-CoA decarboxylase
分子 | 名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: prFMN / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 58.985941 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNDLATKGIS EAAERVGEKD LRAALEWFRS KGYLVETNKE VNPDLEITGL QKIFDGSLPM LFNNVKDMPH ARAITNLFGD IRVVEELFG WENSLDRVKK VARAIDHPLK PVIIGQDEAP VQEEVLTTDL DVNKWLTAIR HTPLETEMTI GSGISCVVGP Y FDGGSHIG ...文字列: MNDLATKGIS EAAERVGEKD LRAALEWFRS KGYLVETNKE VNPDLEITGL QKIFDGSLPM LFNNVKDMPH ARAITNLFGD IRVVEELFG WENSLDRVKK VARAIDHPLK PVIIGQDEAP VQEEVLTTDL DVNKWLTAIR HTPLETEMTI GSGISCVVGP Y FDGGSHIG YNRMNFRWGN VGTFQISPGS HMWQVMTEHY KDDEPIPLTM CFGVPPSCTY VAGAGFDYAI LPKGCDEIGI AG AIQGSPV RLVKCRTIDA YTLADAEYVL EGYLHPRDKR YETAESEAAD IQGRFHFHPE WAGYMGKAYK APTFHVTAIT MRR RESKPI IFPLGVHTAD DANIDTSVRE SAIFALCERL QPGIVQNVHI PYCMTDWGGC IIQVKKRNQI EEGWQRNFLA AILA CSQGM RLAIAVSEDV DIYSMDDIMW CLTTRVNPQT DILNPLPGGR GQTFMPAERM TSGDKQWTAS NTQFEGGMGI DATVP YGYE SDFHRPVYGV DLVKPENFFD AKDIDKMKSR MAGWVLSLAR TGR UniProtKB: Phthaloyl-CoA decarboxylase |
-分子 #2: hydroxylated prenyl-FMN
分子 | 名称: hydroxylated prenyl-FMN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: BYN |
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分子量 | 理論値: 542.476 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BYN: |
-分子 #3: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #4: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 135 sec. / 前処理 - 気圧: 38.0 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9974 / 平均露光時間: 2.82 sec. / 平均電子線量: 50.76 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8pmk: |