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- EMDB-17755: Influenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17755
タイトルInfluenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre-initiation state with Pol II pS5 CTD peptide mimic bound in site 1A/2A
マップデータ
試料
  • 複合体: Influenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre-initiation state with Pol II pS5 CTD peptide mimic bound in site 1A/2A
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • RNA: 51-mer vRNA loop (v51_mut_S)
    • タンパク質・ペプチド: RNA Pol II CTD 6 repeats (site 1A/2A)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードViral polymerase / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Arragain B / Cusack S
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The host RNA polymerase II C-terminal domain is the anchor for replication of the influenza virus genome.
著者: Tim Krischuns / Benoît Arragain / Catherine Isel / Sylvain Paisant / Matthias Budt / Thorsten Wolff / Stephen Cusack / Nadia Naffakh /
要旨: The current model is that the influenza virus polymerase (FluPol) binds either to host RNA polymerase II (RNAP II) or to the acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32), which drives its conformation ...The current model is that the influenza virus polymerase (FluPol) binds either to host RNA polymerase II (RNAP II) or to the acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32), which drives its conformation and activity towards transcription or replication of the viral genome, respectively. Here, we provide evidence that the FluPol-RNAP II binding interface, beyond its well-acknowledged function in cap-snatching during transcription initiation, has also a pivotal role in replication of the viral genome. Using a combination of cell-based and in vitro approaches, we show that the RNAP II C-terminal-domain, jointly with ANP32, enhances FluPol replication activity. We observe successive conformational changes to switch from a transcriptase to a replicase conformation in the presence of the bound RNPAII C-terminal domain and propose a model in which the host RNAP II is the anchor for transcription and replication of the viral genome. Our data open new perspectives on the spatial coupling of viral transcription and replication and the coordinated balance between these two activities.
履歴
登録2023年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17755.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.4 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.4 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.028583454 - 0.06076738
平均 (標準偏差)0.00004737923 (±0.0011677057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 302.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17755_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17755_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17755_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre...

全体名称: Influenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre-initiation state with Pol II pS5 CTD peptide mimic bound in site 1A/2A
要素
  • 複合体: Influenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre-initiation state with Pol II pS5 CTD peptide mimic bound in site 1A/2A
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • RNA: 51-mer vRNA loop (v51_mut_S)
    • タンパク質・ペプチド: RNA Pol II CTD 6 repeats (site 1A/2A)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Influenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre...

超分子名称: Influenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre-initiation state with Pol II pS5 CTD peptide mimic bound in site 1A/2A
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 84.354188 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHHHG SGSMEDFVRQ CFNPMIVELA EKAMKEYGED PKIETNKFAS ICTHLEVCFM YSDFHFIDER GESTIIESGD PNVLLKHRF EIIEGRDRTM AWTVVNSICN TTGVEKPKFL PDLYDYKENR FIEIGVTRRE VHIYYLEKAN KIKSEKTHIH I FSFTGEEM ...文字列:
MHHHHHHHHG SGSMEDFVRQ CFNPMIVELA EKAMKEYGED PKIETNKFAS ICTHLEVCFM YSDFHFIDER GESTIIESGD PNVLLKHRF EIIEGRDRTM AWTVVNSICN TTGVEKPKFL PDLYDYKENR FIEIGVTRRE VHIYYLEKAN KIKSEKTHIH I FSFTGEEM ATKADYTLDE ESRARIKTRL FTIRQEMASR GLWDSFRQSE RGEETIEERF EITGTMRRLA DQSLPPNFSS LE NFRAYVD GFEPNGCIEG KLSQMSKEVN ARIEPFLRTT PRPLRLPDGP PCSQRSKFLL MDALKLSIED PSHEGEGIPL YDA IKCMKT FFGWKEPNII KPHEKGINPN YLLTWKQVLA ELQDIKNEEK IPRTKNMKKT SQLKWALGEN MAPEKVDFED CKDV NDLKQ YDSDEPEPRS LACWIQSEFN KACELTDSSW VELDEIGEDV APIEHIASMR RNYFTAEVSH CRATEYIMKG VYINT ALLN ASCAAMDDFQ LIPMISKCIT KEGRRKTNLY GFIIKGRSHL RNDTDVVNFV SMEFSLTDPR LEPHKWEKYC VLEIGD MLL RTAVGQVSRP MFLYVRTNGT SKIKMKWGME MRRCLLQSLQ QIESMIEAES SVKEKDLTKE FFENKSETWP IGESPKG VE EGSIGKVCRT LLAKSVFNSL YASPQLEGFS AESRKLLLIV QALRDNLEPG TFDLEGLYEA IEECLINDPW VLLNASWF N SFLTHALR

UniProtKB: Polymerase acidic protein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 86.496156 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDVNPTLLFL KVPVQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHKYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEIVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列:
MDVNPTLLFL KVPVQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHKYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEIVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMDSMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRLNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVEA LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT RNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKSMKLRT QVPAEMLANI DLKYFNKSTR EKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKKYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLVGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS VGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRA FELKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPMNPFVS HKEIDSV NN AVVMPAHGPA KSMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRQK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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分子 #3: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 89.037578 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQRQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列:
MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQRQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKKELQDCKI APLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRATVSADPL ASLLEMCHST QIGGVRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SVKREEEVLT GNLQTLKIRV HEGYEEFTMV GRRATAILRK ATRRLIQLIV SGKDEQSIAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEPID NVMGMIGILP DMTPSTEMSL RGVRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEINGPES VLVNTYQWII RNWENV KIQ WSQDPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAARGQYS GFVRVLFQQM RDVLGTFDTV QIIKLLPFAA APPEQSRMQF SSLTVNV RG SGMRIVVRGN SPVFNYNKAT KRLTVLGKDA GALMEDPDEG TAGVESAVLR GFLILGKENK RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAINGW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEK

UniProtKB: Polymerase basic protein 2

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分子 #5: RNA Pol II CTD 6 repeats (site 1A/2A)

分子名称: RNA Pol II CTD 6 repeats (site 1A/2A) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.816331 KDa
配列文字列:
YSPT(SEP)PSYSP T(SEP)PSYSPT(SEP)P SYSPT(SEP)PSYS PT(SEP)PSYSPT(SEP) PS

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分子 #4: 51-mer vRNA loop (v51_mut_S)

分子名称: 51-mer vRNA loop (v51_mut_S) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 16.093369 KDa
配列文字列:
AGUAGAAACA AGGGUGUAUU UUCCCCUCUU UUUGUUUCCC CUGCUUUUGC U

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 33395
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7qtl


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8pm0:
Influenza A/H7N9 polymerase in replicase-like conformation in pre-initiation state with Pol II pS5 CTD peptide mimic bound in site 1A/2A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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