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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human OATP1B1 | |||||||||
![]() | E1S-bound Human OATP1B1 with Fab18 | |||||||||
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![]() | organic anion / E1S / E-3-S / estrone-3-sulphate / SLCO1B1 / uptake / drug / transporter / polypeptide / liver / hepatocyte / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Defective SLCO1B1 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity ...Defective SLCO1B1 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / thyroid hormone transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity / heme catabolic process / bile acid and bile salt transport / Heme degradation / monoatomic ion transport / Recycling of bile acids and salts / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Ciuta A-D / Nosol K / Kowal J / Mukherjee S / Ramirez AS / Stieger B / Kossiakoff AA / Locher KP | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of human drug transporters OATP1B1 and OATP1B3. 著者: Anca-Denise Ciută / Kamil Nosol / Julia Kowal / Somnath Mukherjee / Ana S Ramírez / Bruno Stieger / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher / ![]() ![]() 要旨: The organic anion transporting polypeptides OATP1B1 and OATP1B3 are membrane proteins that mediate uptake of drugs into the liver for subsequent conjugation and biliary excretion, a key step in drug ...The organic anion transporting polypeptides OATP1B1 and OATP1B3 are membrane proteins that mediate uptake of drugs into the liver for subsequent conjugation and biliary excretion, a key step in drug elimination from the human body. Polymorphic variants of these transporters can cause reduced drug clearance and adverse drug effects such as statin-induced rhabdomyolysis, and co-administration of OATP substrates can lead to damaging drug-drug interaction. Despite their clinical relevance in drug disposition and pharmacokinetics, the structure and mechanism of OATPs are unknown. Here we present cryo-EM structures of human OATP1B1 and OATP1B3 bound to synthetic Fab fragments and in functionally distinct states. A single estrone-3-sulfate molecule is bound in a pocket located in the C-terminal half of OATP1B1. The shape and chemical nature of the pocket rationalize the preference for diverse organic anions and allow in silico docking of statins. The structure of OATP1B3 is determined in a drug-free state but reveals a bicarbonate molecule bound to the conserved signature motif and a histidine residue that is prevalent in OATPs exhibiting pH-dependent activity. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 367.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 391.9 MB 391.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8phwMC ![]() 8pg0C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | E1S-bound Human OATP1B1 with Fab18 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.51 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: E1S-bound Human OATP1B1 with Fab18 (half-map B)
ファイル | emd_17677_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | E1S-bound Human OATP1B1 with Fab18 (half-map B) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: E1S-bound Human OATP1B1 with Fab18 (half-map A)
ファイル | emd_17677_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | E1S-bound Human OATP1B1 with Fab18 (half-map A) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human OATP1B1
全体 | 名称: Human OATP1B1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human OATP1B1
超分子 | 名称: Human OATP1B1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 180 KDa |
-超分子 #2: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
超分子 | 名称: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1 タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Fab18 (variable region)
超分子 | 名称: Fab18 (variable region) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
分子 | 名称: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 76.519438 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDQNQHLNKT AEAQPSENKK TRYCNGLKMF LAALSLSFIA KTLGAIIMKS SIIHIERRFE ISSSLVGFID GSFEIGNLLV IVFVSYFGS KLHRPKLIGI GCFIMGIGGV LTALPHFFMG YYRYSKETNI NSSENSTSTL STCLINQILS LNRASPEIVG K GCLKESGS ...文字列: MDQNQHLNKT AEAQPSENKK TRYCNGLKMF LAALSLSFIA KTLGAIIMKS SIIHIERRFE ISSSLVGFID GSFEIGNLLV IVFVSYFGS KLHRPKLIGI GCFIMGIGGV LTALPHFFMG YYRYSKETNI NSSENSTSTL STCLINQILS LNRASPEIVG K GCLKESGS YMWIYVFMGN MLRGIGETPI VPLGLSYIDD FAKEGHSSLY LGILNAIAMI GPIIGFTLGS LFSKMYVDIG YV DLSTIRI TPTDSRWVGA WWLNFLVSGL FSIISSIPFF FLPQTPNKPQ KERKASLSLH VLETNDEKDQ TANLTNQGKN ITK NVTGFF QSFKSILTNP LYVMFVLLTL LQVSSYIGAF TYVFKYVEQQ YGQPSSKANI LLGVITIPIF ASGMFLGGYI IKKF KLNTV GIAKFSCFTA VMSLSFYLLY FFILCENKSV AGLTMTYDGN NPVTSHRDVP LSYCNSDCNC DESQWEPVCG NNGIT YISP CLAGCKSSSG NKKPIVFYNC SCLEVTGLQN RNYSAHLGEC PRDDACTRKF YFFVAIQVLN LFFSALGGTS HVMLIV KIV QPELKSLALG FHSMVIRALG GILAPIYFGA LIDTTCIKWS TNNCGTRGSC RTYNSTSFSR VYLGLSSMLR VSSLVLY II LIYAMKKKYQ EKDINASENG SVMDEANLES LNKNKHFVPS AGADSETHC UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1 |
-分子 #2: Fab18 (heavy chain, variable region)
分子 | 名称: Fab18 (heavy chain, variable region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.374008 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYGWGGPWY YWLRDSRSGI DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYGWGGPWY YWLRDSRSGI DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HT |
-分子 #3: Fab18 (light chain, variable region)
分子 | 名称: Fab18 (light chain, variable region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.258783 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #4: estrone 3-sulfate
分子 | 名称: estrone 3-sulfate / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: FY5 |
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分子量 | 理論値: 350.429 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FY5: |
-分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-Y01: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.22 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |