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- EMDB-17662: Cryo-EM structure of Atkinsonella Hypoxylon Virus-like particles. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17662
タイトルCryo-EM structure of Atkinsonella Hypoxylon Virus-like particles.
マップデータGlobally sharpened map from RELION post process.
試料
  • ウイルス: Atkinsonella hypoxylon virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードPartitivirus / plant virus / virus like particle / VLP.
機能・相同性viral capsid / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Atkinsonella hypoxylon (菌類) / Atkinsonella hypoxylon virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Byrne MJ / Sainsbury F
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Atkinsonella Hypoxylon Virus-like particles.
著者: Byrne MJ / Sainsbury F
履歴
登録2023年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17662.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Globally sharpened map from RELION post process.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019
最小 - 最大-0.06729223 - 0.10205845
平均 (標準偏差)0.0004346245 (±0.008594679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Locally sharpened map from deepEMhancer.

ファイルemd_17662_additional_1.map
注釈Locally sharpened map from deepEMhancer.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17662_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_17662_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Atkinsonella hypoxylon virus

全体名称: Atkinsonella hypoxylon virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Atkinsonella hypoxylon virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Atkinsonella hypoxylon virus

超分子名称: Atkinsonella hypoxylon virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Virus-like particle expressed in plants. / NCBI-ID: 37961 / 生物種: Atkinsonella hypoxylon virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Atkinsonella hypoxylon (菌類)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 380.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Atkinsonella hypoxylon (菌類)
分子量理論値: 73.747297 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MSSNDSAQTR NLQEERFNER TSTPTVVTAV LPDTNGPTTN STSGSVGPPH PTPNVPVPTQ SSSDPPSASG IFAKEIDLPR NVIQHSGNK FILDVVPDSR FPTFAITEFV QRSFSNFTFE QYSYVSPASL VGYLVYMIHA FVFLVDAFER SPMSAYASEI D ASHAYLRI ...文字列:
MSSNDSAQTR NLQEERFNER TSTPTVVTAV LPDTNGPTTN STSGSVGPPH PTPNVPVPTQ SSSDPPSASG IFAKEIDLPR NVIQHSGNK FILDVVPDSR FPTFAITEFV QRSFSNFTFE QYSYVSPASL VGYLVYMIHA FVFLVDAFER SPMSAYASEI D ASHAYLRI IDAFSDAYIP DFLFEILDTY LSHRLDIRSK LEMNVSYGSV LYKYDAPRIV APSIFLLAHN QLISQSREST AY EKWLDSI VIHYSRAVIR VGNLVGGLYQ SSHGSTTTHF TYRNWFARSL SRLADSATHR THLRRPMISE FDYNIPSVNN NTY NPYVHL LMLEPNNRNI TLDFIRSLSS FCSTELKATR TLRDHISRRS AAISRCVIKG PEAPTWHSSP LDDLKEKSKQ GNFS QFCEV AKFGLPRKEN SESYTFKFPK DASTIDTAFY LIQENGRSSV LDPTTADEEL HTEGMNLLFD PYDDESSAHY ATVLS GKLI QNSNIDGETL LLPDPTTGLA RTNSRYLQGS VLIRNVLPEF DQHEIRLFPR YPQISRLSAS LTLLFNMRQV WIPRFK QKV DEQPKLSNFS WNEGCDGTVP SLNVVTAESS TNGPAAEQQV ILWSSYRHVS NSDRPTVDTV YYYSTLELLF GTRSSMM QT YNLHQLLSLH

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27700
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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