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- EMDB-17659: ACAD9-WT in complex with ECSIT-CTER -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17659
タイトルACAD9-WT in complex with ECSIT-CTER
マップデータACAD9 homodimer in complex with two ECSIT C-terminal monomers.
試料
  • 複合体: ACAD9 WT in complex with ECSIT CTER
    • タンパク質・ペプチド: Complex I assembly factor ACAD9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathway, mitochondrial
  • リガンド: water
キーワードOxidative phosphorylation (OXPHOS) / Fatty Acid Oxidation (FAO) / Mitochondrial Complex I Assembly Complex (MCIA) / Amyloid-beta / ECSIT phosphorylation / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of oxidoreductase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / Complex I biogenesis / acyl-CoA dehydrogenase activity / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane ...regulation of oxidoreductase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / Complex I biogenesis / acyl-CoA dehydrogenase activity / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / regulation of protein complex stability / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial membrane / flavin adenine dinucleotide binding / molecular adaptor activity / mitochondrial inner membrane / innate immune response / dendrite / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ECSIT / ECSIT, C-terminal domain / ECSIT, N-terminal / Evolutionarily conserved signalling intermediate in Toll pathway / C-terminal domain of the ECSIT protein / C-terminal domain of the ECSIT protein / : / ACAD9/ACADV, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. ...ECSIT / ECSIT, C-terminal domain / ECSIT, N-terminal / Evolutionarily conserved signalling intermediate in Toll pathway / C-terminal domain of the ECSIT protein / C-terminal domain of the ECSIT protein / : / ACAD9/ACADV, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathway, mitochondrial / Complex I assembly factor ACAD9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者McGregor L / Acajjaoui S / Desfosses A / Saidi M / Bacia-Verloop M / Schwarz JJ / Juyoux P / Von Velsen J / Bowler MW / McCarthy A ...McGregor L / Acajjaoui S / Desfosses A / Saidi M / Bacia-Verloop M / Schwarz JJ / Juyoux P / Von Velsen J / Bowler MW / McCarthy A / Kandiah E / Gutsche I / Soler-Lopez M
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Other government フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The assembly of the Mitochondrial Complex I Assembly complex uncovers a redox pathway coordination.
著者: Lindsay McGregor / Samira Acajjaoui / Ambroise Desfosses / Melissa Saïdi / Maria Bacia-Verloop / Jennifer J Schwarz / Pauline Juyoux / Jill von Velsen / Matthew W Bowler / Andrew A McCarthy ...著者: Lindsay McGregor / Samira Acajjaoui / Ambroise Desfosses / Melissa Saïdi / Maria Bacia-Verloop / Jennifer J Schwarz / Pauline Juyoux / Jill von Velsen / Matthew W Bowler / Andrew A McCarthy / Eaazhisai Kandiah / Irina Gutsche / Montserrat Soler-Lopez /
要旨: The Mitochondrial Complex I Assembly (MCIA) complex is essential for the biogenesis of respiratory Complex I (CI), the first enzyme in the respiratory chain, which has been linked to Alzheimer's ...The Mitochondrial Complex I Assembly (MCIA) complex is essential for the biogenesis of respiratory Complex I (CI), the first enzyme in the respiratory chain, which has been linked to Alzheimer's disease (AD) pathogenesis. However, how MCIA facilitates CI assembly, and how it is linked with AD pathogenesis, is poorly understood. Here we report the structural basis of the complex formation between the MCIA subunits ECSIT and ACAD9. ECSIT binding induces a major conformational change in the FAD-binding loop of ACAD9, releasing the FAD cofactor and converting ACAD9 from a fatty acid β-oxidation (FAO) enzyme to a CI assembly factor. We provide evidence that ECSIT phosphorylation downregulates its association with ACAD9 and is reduced in neuronal cells upon exposure to amyloid-β (Aβ) oligomers. These findings advance our understanding of the MCIA complex assembly and suggest a possible role for ECSIT in the reprogramming of bioenergetic pathways linked to Aβ toxicity, a hallmark of AD.
履歴
登録2023年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17659.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ACAD9 homodimer in complex with two ECSIT C-terminal monomers.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.712 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.712 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.69
最小 - 最大-2.6842556 - 4.294613
平均 (標準偏差)0.0038805057 (±0.118912764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: ACAD9 homodimer in complex with two ECSIT C-terminal...

ファイルemd_17659_half_map_1.map
注釈ACAD9 homodimer in complex with two ECSIT C-terminal monomers. Half Map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ACAD9 homodimer in complex with two ECSIT C-terminal...

ファイルemd_17659_half_map_2.map
注釈ACAD9 homodimer in complex with two ECSIT C-terminal monomers. Half Map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ACAD9 WT in complex with ECSIT CTER

全体名称: ACAD9 WT in complex with ECSIT CTER
要素
  • 複合体: ACAD9 WT in complex with ECSIT CTER
    • タンパク質・ペプチド: Complex I assembly factor ACAD9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathway, mitochondrial
  • リガンド: water

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超分子 #1: ACAD9 WT in complex with ECSIT CTER

超分子名称: ACAD9 WT in complex with ECSIT CTER / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Complex I assembly factor ACAD9, mitochondrial

分子名称: Complex I assembly factor ACAD9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.858523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAFAKELFLG KIKKKEVFPF PEVSQDELNE INQFLGPVEK FFTEEVDSRK IDQEGKIPDE TLEKLKSLGL FGLQVPEEYG GLGFSNTMY SRLGEIISMD GSITVTLAAH QAIGLKGIIL AGTEEQKAKY LPKLASGEHI AAFCLTEPAS GSDAASIRSR A TLSEDKKH ...文字列:
MAFAKELFLG KIKKKEVFPF PEVSQDELNE INQFLGPVEK FFTEEVDSRK IDQEGKIPDE TLEKLKSLGL FGLQVPEEYG GLGFSNTMY SRLGEIISMD GSITVTLAAH QAIGLKGIIL AGTEEQKAKY LPKLASGEHI AAFCLTEPAS GSDAASIRSR A TLSEDKKH YILNGSKVWI TNGGLANIFT VFAKTEVVDS DGSVKDKITA FIVERDFGGV TNGKPEDKLG IRGSNTCEVH FE NTKIPVE NILGEVGDGF KVAMNILNSG RFSMGSVVAG LLKRLIEMTA EYACTRKQFN KRLSEFGLIQ EKFALMAQKA YVM ESMTYL TAGMLDQPGF PDCSIEAAMV KVFSSEAAWQ CVSEALQILG GLGYTRDYPY ERILRDTRIL LIFEGTNEIL RMYI ALTGL QHAGRILTTR IHELKQAKVS TVMDTVGRRL RDSLGRTVDL GLTGNHGVVH PSLADSANKF EENTYCFGRT VETLL LRFG KTIMEEQLVL KRVANILINL YGMTAVLSRA SRSIRIGLRN HDHEVLLANT FCVEAYLQNL FSLSQLDKYA PENLDE QIK KVSQQILEKR AYICAHPLDR TCHHHHHH

UniProtKB: Complex I assembly factor ACAD9, mitochondrial

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分子 #2: Evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathway, ...

分子名称: Evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathway, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.240031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGQDPVELAM FGLRHMEPDL SARVTIYQVP LPKDSTGAAD PPQPHIVGIQ SPDQQAALAR HNPARPVFVE GPFSLWLRNK CVYYHILRA DLLPPEEREV EETPEEWNLY YPMQLDLEYV RSGWDNYEFD INEVEEGPVF AMCMAGAHDQ ATMAKWIQGL Q ETNPTLAQ ...文字列:
MGQDPVELAM FGLRHMEPDL SARVTIYQVP LPKDSTGAAD PPQPHIVGIQ SPDQQAALAR HNPARPVFVE GPFSLWLRNK CVYYHILRA DLLPPEEREV EETPEEWNLY YPMQLDLEYV RSGWDNYEFD INEVEEGPVF AMCMAGAHDQ ATMAKWIQGL Q ETNPTLAQ IPVVFRLAGS TRELQTSSAG LEEPPLPEDH QEEDDNLQRQ QQGQSLEHHH HHH

UniProtKB: Evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathway, mitochondrial

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 38 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 279483
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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