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- EMDB-17655: Human OATP1B3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17655
タイトルHuman OATP1B3
マップデータbicarbonate-bound OATP1B3 with Fab19
試料
  • 複合体: Human OATP1B3
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 1B3
    • タンパク質・ペプチド: Fab19 (heavy chain, variable region)
    • タンパク質・ペプチド: Fab19 (light chain, variable region)
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードorganic anion / bicarbonate / SLCO1B3 / uptake / drug / transporter / polypeptide / liver / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLCO1B3 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / Atorvastatin ADME / organic anion transport / heme catabolic process / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport ...Defective SLCO1B3 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / Atorvastatin ADME / organic anion transport / heme catabolic process / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / Heme degradation / monoatomic ion transport / Recycling of bile acids and salts / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier organic anion transporter family member 1B3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Ciuta A-D / Nosol K / Kowal J / Mukherjee S / Ramirez AS / Stieger B / Kossiakoff AA / Locher KP
資金援助 スイス, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_189111 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of human drug transporters OATP1B1 and OATP1B3.
著者: Anca-Denise Ciută / Kamil Nosol / Julia Kowal / Somnath Mukherjee / Ana S Ramírez / Bruno Stieger / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher /
要旨: The organic anion transporting polypeptides OATP1B1 and OATP1B3 are membrane proteins that mediate uptake of drugs into the liver for subsequent conjugation and biliary excretion, a key step in drug ...The organic anion transporting polypeptides OATP1B1 and OATP1B3 are membrane proteins that mediate uptake of drugs into the liver for subsequent conjugation and biliary excretion, a key step in drug elimination from the human body. Polymorphic variants of these transporters can cause reduced drug clearance and adverse drug effects such as statin-induced rhabdomyolysis, and co-administration of OATP substrates can lead to damaging drug-drug interaction. Despite their clinical relevance in drug disposition and pharmacokinetics, the structure and mechanism of OATPs are unknown. Here we present cryo-EM structures of human OATP1B1 and OATP1B3 bound to synthetic Fab fragments and in functionally distinct states. A single estrone-3-sulfate molecule is bound in a pocket located in the C-terminal half of OATP1B1. The shape and chemical nature of the pocket rationalize the preference for diverse organic anions and allow in silico docking of statins. The structure of OATP1B3 is determined in a drug-free state but reveals a bicarbonate molecule bound to the conserved signature motif and a histidine residue that is prevalent in OATPs exhibiting pH-dependent activity.
履歴
登録2023年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈bicarbonate-bound OATP1B3 with Fab19
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.51 Å/pix.
x 480 pix.
= 244.8 Å		0.51 Å/pix.
x 480 pix.
= 244.8 Å		0.51 Å/pix.
x 480 pix.
= 244.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.51 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.015209728 - 0.024013504
平均 (標準偏差)-0.000006864759 (±0.00069441384)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 244.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: bicarbonate-bound OATP1B3 with Fab19 (half-map 1)

ファイルemd_17655_half_map_1.map
注釈bicarbonate-bound OATP1B3 with Fab19 (half-map 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: bicarbonate-bound OATP1B3 with Fab19 (half-map 2)

ファイルemd_17655_half_map_2.map
注釈bicarbonate-bound OATP1B3 with Fab19 (half-map 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human OATP1B3

全体名称: Human OATP1B3
要素
  • 複合体: Human OATP1B3
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 1B3
    • タンパク質・ペプチド: Fab19 (heavy chain, variable region)
    • タンパク質・ペプチド: Fab19 (light chain, variable region)
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Human OATP1B3

超分子名称: Human OATP1B3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Solute carrier organic anion transporter family member 1B3

分子名称: Solute carrier organic anion transporter family member 1B3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.478586 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDQHQHLNKT AESASSEKKK TRRCNGFKMF LAALSFSYIA KALGGIIMKI SITQIERRFD ISSSLAGLID GSFEIGNLLV IVFVSYFGS KLHRPKLIGI GCLLMGTGSI LTSLPHFFMG YYRYSKETHI NPSENSTSSL STCLINQTLS FNGTSPEIVE K DCVKESGS ...文字列:
MDQHQHLNKT AESASSEKKK TRRCNGFKMF LAALSFSYIA KALGGIIMKI SITQIERRFD ISSSLAGLID GSFEIGNLLV IVFVSYFGS KLHRPKLIGI GCLLMGTGSI LTSLPHFFMG YYRYSKETHI NPSENSTSSL STCLINQTLS FNGTSPEIVE K DCVKESGS HMWIYVFMGN MLRGIGETPI VPLGISYIDD FAKEGHSSLY LGSLNAIGMI GPVIGFALGS LFAKMYVDIG YV DLSTIRI TPKDSRWVGA WWLGFLVSGL FSIISSIPFF FLPKNPNKPQ KERKISLSLH VLKTNDDRNQ TANLTNQGKN VTK NVTGFF QSLKSILTNP LYVIFLLLTL LQVSSFIGSF TYVFKYMEQQ YGQSASHANF LLGIITIPTV ATGMFLGGFI IKKF KLSLV GIAKFSFLTS MISFLFQLLY FPLICESKSV AGLTLTYDGN NSVASHVDVP LSYCNSECNC DESQWEPVCG NNGIT YLSP CLAGCKSSSG IKKHTVFYNC SCVEVTGLQN RNYSAHLGEC PRDNTCTRKF FIYVAIQVIN SLFSATGGTT FILLTV KIV QPELKALAMG FQSMVIRTLG GILAPIYFGA LIDKTCMKWS TNSCGAQGAC RIYNSVFFGR VYLGLSIALR FPALVLY IV FIFAMKKKFQ GKDTKASDNE RKVMDEANLE FLNNGEHFVP SAGTDSKTCN LDMQDNAAAN

UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 1B3

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分子 #2: Fab19 (heavy chain, variable region)

分子名称: Fab19 (heavy chain, variable region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.599549 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYYIKRWWL MSWEDYSMGL DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYYIKRWWL MSWEDYSMGL DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HT

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分子 #3: Fab19 (light chain, variable region)

分子名称: Fab19 (light chain, variable region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.258783 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

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分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.59 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75610
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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