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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17582 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Caenorhabditis elegans DPF-3 (apo) | |||||||||||||||
マップデータ | Full map processed with LocScale. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Dipeptidylpeptidase / HYDROLASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gudipati RK / Cavadini S / Kempf G / Grosshans H | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, ポーランド, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Caenorhabditis elegans DPF-3 (apo) 著者: Gudipati RK / Cavadini S / Kempf G / Grosshans H | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17582.map.gz | 41.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17582-v30.xml emd-17582.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17582_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17582.png | 119.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17582.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_17582_additional_1.map.gz emd_17582_half_map_1.map.gz emd_17582_half_map_2.map.gz | 64 MB 64.1 MB 64.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17582 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17582_validation.pdf.gz | 751.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17582_full_validation.pdf.gz | 751.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17582_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17582_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17582 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pbaMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map processed with LocScale. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.845 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Full map.
ファイル | emd_17582_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2.
ファイル | emd_17582_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1.
ファイル | emd_17582_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homodimeric complex of DPF-3
全体 | 名称: Homodimeric complex of DPF-3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Homodimeric complex of DPF-3
超分子 | 名称: Homodimeric complex of DPF-3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
-分子 #1: Dipeptidyl Peptidase Four (IV) family
分子 | 名称: Dipeptidyl Peptidase Four (IV) family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 106.462812 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MMFNFYQFLY NLQNVSPFID FSVLKQLTHT KMRENEPARF ETRSFSQLID HARSWKTEVR GMTTQGFTKI SLMRAEKDRL NMYAISSVP GTNTQSIFSV TIPLELVEKA QVADRKFELK LKSGYNVDSY IRKTPPSAEF TLQCERQRSQ VVTGISDYEI R NGKMILMA ...文字列: MMFNFYQFLY NLQNVSPFID FSVLKQLTHT KMRENEPARF ETRSFSQLID HARSWKTEVR GMTTQGFTKI SLMRAEKDRL NMYAISSVP GTNTQSIFSV TIPLELVEKA QVADRKFELK LKSGYNVDSY IRKTPPSAEF TLQCERQRSQ VVTGISDYEI R NGKMILMA GDQLFRYNPL NEALAAIPIA VPDDQSSTEP MDISEGSITS GTKGSGSEAP QSSTVPPVTR IPIKKPTTST EK PATAPPT NNFVSSAKVC PADSSLLAYV LNKQVYIEKN GKIIHRTSSN SKHITNGVPS YIVQEELERF EGIWWSESKT RLL YEHVNE EKVAESQFGV NGDPPVAPMK YPRAGTKNAY STLRMVILEN GKAYDVPLKD EVIYKHCPFY EYITRAGFFS DGTT VWVQV MSRDQAQCSL LLIPYTDFLL PEELGGSIKE DNLQLSTDLN MGVWDDKSHE ETMEKPPRGK LRGTVQIHKA RNDYW INTH NAIYPLKITD EEHPMYEFIY CLEKPNGSCL ALISAELDQN GYCRHTEEKL LMAENFSINK SMGIVVDEVR ELVYYV ANE SHPTEWNICV SHYRTGQHAQ LTESGICFKS ERANGKLALD LDHGFACYMT SVGSPAECRF YSFRWKENEV LPSTVYA AN ITVSGHPGQP DLHFDSPEMI EFQSKKTGLM HYAMILRPSN FDPYKKYPVF HYVYGGPGIQ IVHNDFSWIQ YIRFCRLG Y VVVFIDNRGS AHRGIEFERH IHKKMGTVEV EDQVEGLQML AERTGGFMDM SRVVVHGWSY GGYMALQMIA KHPNIYRAA IAGGAVSDWR LYDTAYTERY MGYPLEEHVY GASSITGLVE KLPDEPNRLM LVHGLMDENV HFAHLTHLVD ECIKKGKWHE LVIFPNERH GVRNNDASIY LDARMMYFAQ QAIQGFGPTT AAPRQGPLWS HPQFEK UniProtKB: Dipeptidyl Peptidase Four (IV) family |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8pba: |