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万見
- EMDB-17542: Negative stain map of UBR5 (dimer) in complex with RARA/RXRA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17542
タイトルNegative stain map of UBR5 (dimer) in complex with RARA/RXRA
マップデータHalf-map A.
試料
  • 複合体: UBR5 in complex with RARA/RXRA
    • タンパク質・ペプチド: UBR5
    • タンパク質・ペプチド: RARA
    • タンパク質・ペプチド: RXRA
キーワードE3 / ubiquitin ligase / HECT / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / heterochromatin boundary formation / glandular epithelial cell development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation ...Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / heterochromatin boundary formation / glandular epithelial cell development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / protein K29-linked ubiquitination / positive regulation of transporter activity / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / prostate gland development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / retinoic acid-responsive element binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / negative regulation of cartilage development / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / protein branched polyubiquitination / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / response to vitamin A / HECT-type E3 ubiquitin transferase / outflow tract septum morphogenesis / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / heterocyclic compound binding / limb development / apoptotic cell clearance / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / ureteric bud development / DNA binding domain binding / DNA-binding transcription repressor activity / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / protein kinase A binding / LBD domain binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of interleukin-4 production / face development / alpha-actinin binding / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / nuclear steroid receptor activity / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of cholesterol efflux / cellular response to estrogen stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / protein K48-linked ubiquitination / retinoic acid receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / response to cytokine / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / peptide binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / female pregnancy / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / liver development / transcription coregulator binding / ubiquitin binding / hippocampus development / negative regulation of smoothened signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neural tube closure / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / transcription coactivator binding / Cytoprotection by HMOX1
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase EDD, ubiquitin-associated domain / : / E3 ubiquitin ligase EDD / : / : / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain ...E3 ubiquitin ligase EDD, ubiquitin-associated domain / : / E3 ubiquitin ligase EDD / : / : / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / Retinoic acid receptor / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase UBR5 / Retinoic acid receptor alpha / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Aguirre JD / Cavadini S / Kempf G / Kater L / Thoma NH
資金援助 スイス, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation179541 スイス
Swiss National Science Foundation201206 スイス
European Research Council (ERC)884331European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: UBR5 forms ligand-dependent complexes on chromatin to regulate nuclear hormone receptor stability.
著者: Jonathan M Tsai / Jacob D Aguirre / Yen-Der Li / Jared Brown / Vivian Focht / Lukas Kater / Georg Kempf / Brittany Sandoval / Stefan Schmitt / Justine C Rutter / Pius Galli / Colby R Sandate ...著者: Jonathan M Tsai / Jacob D Aguirre / Yen-Der Li / Jared Brown / Vivian Focht / Lukas Kater / Georg Kempf / Brittany Sandoval / Stefan Schmitt / Justine C Rutter / Pius Galli / Colby R Sandate / Jevon A Cutler / Charles Zou / Katherine A Donovan / Ryan J Lumpkin / Simone Cavadini / Paul M C Park / Quinlan Sievers / Charlie Hatton / Elizabeth Ener / Brandon D Regalado / Micah T Sperling / Mikołaj Słabicki / Jeonghyeon Kim / Rebecca Zon / Zinan Zhang / Peter G Miller / Roger Belizaire / Adam S Sperling / Eric S Fischer / Rafael Irizarry / Scott A Armstrong / Nicolas H Thomä / Benjamin L Ebert /
要旨: Nuclear hormone receptors (NRs) are ligand-binding transcription factors that are widely targeted therapeutically. Agonist binding triggers NR activation and subsequent degradation by unknown ligand- ...Nuclear hormone receptors (NRs) are ligand-binding transcription factors that are widely targeted therapeutically. Agonist binding triggers NR activation and subsequent degradation by unknown ligand-dependent ubiquitin ligase machinery. NR degradation is critical for therapeutic efficacy in malignancies that are driven by retinoic acid and estrogen receptors. Here, we demonstrate the ubiquitin ligase UBR5 drives degradation of multiple agonist-bound NRs, including the retinoic acid receptor alpha (RARA), retinoid x receptor alpha (RXRA), glucocorticoid, estrogen, liver-X, progesterone, and vitamin D receptors. We present the high-resolution cryo-EMstructure of full-length human UBR5 and a negative stain model representing its interaction with RARA/RXRA. Agonist ligands induce sequential, mutually exclusive recruitment of nuclear coactivators (NCOAs) and UBR5 to chromatin to regulate transcriptional networks. Other pharmacological ligands such as selective estrogen receptor degraders (SERDs) degrade their receptors through differential recruitment of UBR5 or RNF111. We establish the UBR5 transcriptional regulatory hub as a common mediator and regulator of NR-induced transcription.
履歴
登録2023年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17542.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half-map A.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 563.2 Å		2.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 563.2 Å		2.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 563.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.9
最小 - 最大-0.4285514 - 3.2889066
平均 (標準偏差)-0.005750237 (±0.18206154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 563.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Full-map.

ファイルemd_17542_half_map_1.map
注釈Full-map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B.

ファイルemd_17542_half_map_2.map
注釈Half-map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : UBR5 in complex with RARA/RXRA

全体名称: UBR5 in complex with RARA/RXRA
要素
  • 複合体: UBR5 in complex with RARA/RXRA
    • タンパク質・ペプチド: UBR5
    • タンパク質・ペプチド: RARA
    • タンパク質・ペプチド: RXRA

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超分子 #1: UBR5 in complex with RARA/RXRA

超分子名称: UBR5 in complex with RARA/RXRA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: UBR5

分子名称: UBR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGF RTMTSIHFVV HPLPGTEDQL NDRLREVSEK LNKYNLNSHP PLNVLEQATI KQCVVGPNHA AFLLEDGRVC RIGFSVQPDR LELGKPDNND GSKLNSNSGA GRTSRPGRTS DSPWFLSGSE TLGRLAGNTL GSRWSSGVGG ...文字列:
MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGF RTMTSIHFVV HPLPGTEDQL NDRLREVSEK LNKYNLNSHP PLNVLEQATI KQCVVGPNHA AFLLEDGRVC RIGFSVQPDR LELGKPDNND GSKLNSNSGA GRTSRPGRTS DSPWFLSGSE TLGRLAGNTL GSRWSSGVGG SGGGSSGRSS AGARDSRRQT RVIRTGRDRG SGLLGSQPQP VIPASVIPEE LISQAQVVLQ GKSRSVIIRE LQRTNLDVNL AVNNLLSRDD EDGDDGDDTA SESYLPGEDL MSLLDADIHS AHPSVIIDAD AMFSEDISYF GYPSFRRSSL SRLGSSRVLL LPLERDSELL RERESVLRLR ERRWLDGASF DNERGSTSKE GEPNLDKKNT PVQSPVSLGE DLQWWPDKDG TKFICIGALY SELLAVSSKG ELYQWKWSES EPYRNAQNPS LHHPRATFLG LTNEKIVLLS ANSIRATVAT ENNKVATWVD ETLSSVASKL EHTAQTYSEL QGERIVSLHC CALYTCAQLE NSLYWWGVVP FSQRRKMLEK ARAKNKKPKS SAGKTGGTPK VPDCFQRTPK KLCIPEKTEI LAVNVDSKGV HAVLKTGNWV RYCIFDLATG KAEQENNFPT SSIAFLGQNE RNVAIFTAGQ ESPIILRDGN GTIYPMAKDC MGGIRDPDWL DLPPISSLGM GVHSLINLPA NSTIKKKAAV IIMAVEKQTL MQHILRCDYE ACRQYLMNLE QAVVLEQNLQ MLQTFISHRC DGNRNILHAC VSVCFPTSNK ETKEEEEAER SERNTFAERL SAVEAIANAI SVVSSNGPGN RAGSSSSRSL RLREMMRRSL RAAGLGRHEA GASSSDHQDP VSPPIAPPSW VPDPPAMDPD GDIDFILAPA VGSLTTAATG TGQGPSTSTI PGPSTEPSVV ESKDRKANAH FILKLLCDSV VLQPYLRELL SAKDARGMTP FMSAVSGRAY PAAITILETA QKIAKAEISS SEKEEDVFMG MVCPSGTNPD DSPLYVLCCN DTCSFTWTGA EHINQDIFEC RTCGLLESLC CCTECARVCH KGHDCKLKRT SPTAYCDCWE KCKCKTLIAG QKSARLDLLY RLLTATNLVT LPNSRGEHLL LFLVQTVARQ TVEHCQYRPP RIREDRNRKT ASPEDSDMPD HDLEPPRFAQ LALERVLQDW NALKSMIMFG SQENKDPLSA SSRIGHLLPE EQVYLNQQSG TIRLDCFTHC LIVKCTADIL LLDTLLGTLV KELQNKYTPG RREEAIAVTM RFLRSVARVF VILSVEMASS KKKNNFIPQP IGKCKRVFQA LLPYAVEELC NVAESLIVPV RMGIARPTAP FTLASTSIDA MQGSEELFSV EPLPPRPSSD QSSSSSQSQS SYIIRNPQQR RISQSQPVRG RDEEQDDIVS ADVEEVEVVE GVAGEEDHHD EQEEHGEENA EAEGQHDEHD EDGSDMELDL LAAAETESDS ESNHSNQDNA SGRRSVVTAA TAGSEAGASS VPAFFSEDDS QSNDSSDSDS SSSQSDDIEQ ETFMLDEPLE RTTNSSHANG AAQAPRSMQW AVRNTQHQRA ASTAPSSTST PAASSAGLIY IDPSNLRRSG TISTSAAAAA AALEASNASS YLTSASSLAR AYSIVIRQIS DLMGLIPKYN HLVYSQIPAA VKLTYQDAVN LQNYVEEKLI PTWNWMVSIM DSTEAQLRYG SALASAGDPG HPNHPLHASQ NSARRERMTA REEASLRTLE GRRRATLLSA RQGMMSARGD FLNYALSLMR SHNDEHSDVL PVLDVCSLKH VAYVFQALIY WIKAMNQQTT LDTPQLERKR TRELLELGID NEDSEHENDD DTNQSATLND KDDDSLPAET GQNHPFFRRS DSMTFLGCIP PNPFEVPLAE AIPLADQPHL LQPNARKEDL FGRPSQGLYS SSASSGKCLM EVTVDRNCLE VLPTKMSYAA NLKNVMNMQN RQKKEGEEQP VLPEETESSK PGPSAHDLAA QLKSSLLAEI GLTESEGPPL TSFRPQCSFM GMVISHDMLL GRWRLSLELF GRVFMEDVGA EPGSILTELG G

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5

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分子 #2: RARA

分子名称: RARA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDSHHHHHHH HHHSGMSDSE VNQEAKPEVK PEVKPETHIN LKVSDGSSEI FFKIKKTTPL RRLMEAFAKR QGKEMDSLTF LYDGIEIQAD QTPEDLDMED NDIIEAHREQ IGGDENLYFQ SESYTLTPEV GELIEKVRKA HQETFPALCQ LGKYTTNNSS EQRVSLDIDL ...文字列:
MDSHHHHHHH HHHSGMSDSE VNQEAKPEVK PEVKPETHIN LKVSDGSSEI FFKIKKTTPL RRLMEAFAKR QGKEMDSLTF LYDGIEIQAD QTPEDLDMED NDIIEAHREQ IGGDENLYFQ SESYTLTPEV GELIEKVRKA HQETFPALCQ LGKYTTNNSS EQRVSLDIDL WDKFSELSTK CIIKTVEFAK QLPGFTTLTI ADQITLLKAA CLDILILRIC TRYTPEQDTM TFSDGLTLNR TQMHNAGFGP LTDLVFAFAN QLLPLEMDDA ETGLLSAICL ICGDRQDLEQ PDRVDMLQEP LLEALKVYVR KRRPSRPHMF PKMLMKITDL RSISAKGAER VITLKMEIPG SMPPLIQEML ENSEGLD

UniProtKB: Retinoic acid receptor alpha

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分子 #3: RXRA

分子名称: RXRA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDSHHHHHHH HHHSGMSDSE VNQEAKPEVK PEVKPETHIN LKVSDGSSEI FFKIKKTTPL RRLMEAFAKR QGKEMDSLTF LYDGIEIQAD QTPEDLDMED NDIIEAHREQ IGGDENLYFQ SANEDMPVER ILEAELAVEP KTETYVEANM GLNPSSPNDP VTNICQAADK ...文字列:
MDSHHHHHHH HHHSGMSDSE VNQEAKPEVK PEVKPETHIN LKVSDGSSEI FFKIKKTTPL RRLMEAFAKR QGKEMDSLTF LYDGIEIQAD QTPEDLDMED NDIIEAHREQ IGGDENLYFQ SANEDMPVER ILEAELAVEP KTETYVEANM GLNPSSPNDP VTNICQAADK QLFTLVEWAK RIPHFSELPL DDQVILLRAG WNELLIASFS HRSIAVKDGI LLATGLHVHR NSAHSAGVGA IFDRVLTELV SKMRDMQMDK TELGCLRAIV LFNPDSKGLS NPAEVEALRE KVYASLEAYC KHKYPEQPGR FAKLLLRLPA LRSIGLKCLE HLFFFKLIGD TPIDTFLMEM LEAPHQMT

UniProtKB: Retinoic acid receptor RXR-alpha

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 500.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / 使用した粒子像数: 6389
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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