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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17533 | |||||||||||||||
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タイトル | FAD_AQ bound blue-light state structure of PdLCry | |||||||||||||||
マップデータ | FAD_ASQ bound blue-light state structure of PdLCry - lowpass filtered to 8 Angstrom | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | light-sensitive / circalunar clock / FLAVOPROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | Platynereis dumerilii (無脊椎動物) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Behrmann E / Behrmann H | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: A marine cryptochrome with an inverse photo-oligomerization mechanism. 著者: Hong Ha Vu / Heide Behrmann / Maja Hanić / Gayathri Jeyasankar / Shruthi Krishnan / Dennis Dannecker / Constantin Hammer / Monika Gunkel / Ilia A Solov'yov / Eva Wolf / Elmar Behrmann / 要旨: Cryptochromes (CRYs) are a structurally conserved but functionally diverse family of proteins that can confer unique sensory properties to organisms. In the marine bristle worm Platynereis dumerilii, ...Cryptochromes (CRYs) are a structurally conserved but functionally diverse family of proteins that can confer unique sensory properties to organisms. In the marine bristle worm Platynereis dumerilii, its light receptive cryptochrome L-CRY (PdLCry) allows the animal to discriminate between sunlight and moonlight, an important requirement for synchronizing its lunar cycle-dependent mass spawning. Using cryo-electron microscopy, we show that in the dark, PdLCry adopts a dimer arrangement observed neither in plant nor insect CRYs. Intense illumination disassembles the dimer into monomers. Structural and functional data suggest a mechanistic coupling between the light-sensing flavin adenine dinucleotide chromophore, the dimer interface, and the C-terminal tail helix, with a likely involvement of the phosphate binding loop. Taken together, our work establishes PdLCry as a CRY protein with inverse photo-oligomerization with respect to plant CRYs, and provides molecular insights into how this protein might help discriminating the different light intensities associated with sunlight and moonlight. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17533.map.gz | 116.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17533-v30.xml emd-17533.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17533_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17533.png | 43 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17533.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_17533_additional_1.map.gz emd_17533_half_map_1.map.gz emd_17533_half_map_2.map.gz | 117.9 MB 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17533 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17533 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17533_validation.pdf.gz | 668.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17533_full_validation.pdf.gz | 667.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17533_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17533_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17533 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17533 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | FAD_ASQ bound blue-light state structure of PdLCry - lowpass filtered to 8 Angstrom | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.862 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: FAD ASQ bound blue-light state structure of PdLCry - unfiltered map
ファイル | emd_17533_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | FAD_ASQ bound blue-light state structure of PdLCry - unfiltered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17533_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17533_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : monomeric PdLCry in the blue-light state
全体 | 名称: monomeric PdLCry in the blue-light state |
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要素 |
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-超分子 #1: monomeric PdLCry in the blue-light state
超分子 | 名称: monomeric PdLCry in the blue-light state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Platynereis dumerilii (無脊椎動物) |
分子量 | 理論値: 65 KDa |
-分子 #1: light receptive cryptochrome
分子 | 名称: light receptive cryptochrome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Platynereis dumerilii (無脊椎動物) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKEKMSAWEV GNGIMEEKTD DWDNKEDNGK EHVSLHWFRH GLRLHDNPAL LKSLEGAKEF YALFIWDGEV AGTKLVSYP RMKFLLECLK DLDDSLKKHG GRLYVVKGPS DVVIKQLIEE WGVTRVTCEI DPEPIWQPRD K AVKDLCAT KGVKWFDYNS HLLWDPKAVC ...文字列: MKEKMSAWEV GNGIMEEKTD DWDNKEDNGK EHVSLHWFRH GLRLHDNPAL LKSLEGAKEF YALFIWDGEV AGTKLVSYP RMKFLLECLK DLDDSLKKHG GRLYVVKGPS DVVIKQLIEE WGVTRVTCEI DPEPIWQPRD K AVKDLCAT KGVKWFDYNS HLLWDPKAVC DANGGRPPHT YKLFCQVTDL LGKPETPHPD PDFSHVQMPV SD DFDDKFG LPTLKELGCE PECEEQEKPF NKWQGGETGA LELLETRLMI ERTAYKAGYI MPNQYIPDLV GPP RSMSPH LRFGALSIRK FYWDLHNNYA EVCGGEWLGA LTAQLVWREY FYCMSYGNPS FDKMEGNPIC LQIP WYKDE EALEKWKQGQ TGFPWIDACM RQLRYEGWMH HVGRHAVACF LTRGDLWISW VDGLEAFYKY MLDGD WSVC AGNWMWVSSS AFENCLQCPQ CFSPVLYGMR MDPTGEFTRR YVPQLKNMPL KYLFQPWKAP KEVQEK AGC VIGEDYPSPM VDHKEASSKC RRMMEDVKSI IKDPEVWHCT PSDTNEVRKF CWLPEHMTAD QPCLGDL PC IKY GENBANK: GENBANK: UUF95169 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: grids were illuminated for 30 secs in the humidifier chamber of the freeze-plunger using a 455 nm blue-light LED (Thorlabs M455L4, operated at 1000 mA). To ensure optimal illumination, a ...詳細: grids were illuminated for 30 secs in the humidifier chamber of the freeze-plunger using a 455 nm blue-light LED (Thorlabs M455L4, operated at 1000 mA). To ensure optimal illumination, a liquid-light guide (Thorlabs LLG03-4H) was used to bring the light source within 3 mm of the grid surface. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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ソフトウェア | 名称: EPU |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 / 詳細: see material+methods |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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