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- EMDB-1750: Structure of E. coli Hibernating Ribosomes in 'f-f' Organization -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1750
タイトルStructure of E. coli Hibernating Ribosomes in 'f-f' Organization
マップデータThis is the density map of an E.coli 100S ribosome with 'f-f' organization obtained in vitro
試料
  • 試料: 100S ribosomes in a 'f-f' 3D organization solved in vitro
  • 複合体: 70S ribosome
キーワードRibosome / dimers / hybernating / 100S / RMF / HPF
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Ortiz JO / Brandt F / Valerio M / Sennels L / Rappsilber J / Scheres SHW / Eibauer M / Hartl FU / Baumeister W
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2010
タイトル: Structure of hibernating ribosomes studied by cryoelectron tomography in vitro and in situ.
著者: Julio O Ortiz / Florian Brandt / Valério R F Matias / Lau Sennels / Juri Rappsilber / Sjors H W Scheres / Matthias Eibauer / F Ulrich Hartl / Wolfgang Baumeister /
要旨: Ribosomes arranged in pairs (100S) have been related with nutritional stress response and are believed to represent a "hibernation state." Several proteins have been identified that are associated ...Ribosomes arranged in pairs (100S) have been related with nutritional stress response and are believed to represent a "hibernation state." Several proteins have been identified that are associated with 100S ribosomes but their spatial organization has hitherto not been characterized. We have used cryoelectron tomography to reveal the three-dimensional configuration of 100S ribosomes isolated from starved Escherichia coli cells and we have described their mode of interaction. In situ studies with intact E. coli cells allowed us to demonstrate that 100S ribosomes do exist in vivo and represent an easily reversible state of quiescence; they readily vanish when the growth medium is replenished.
履歴
登録2010年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月16日-
マップ公開2010年9月2日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.9E-8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.9E-8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd1750.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the density map of an E.coli 100S ribosome with 'f-f' organization obtained in vitro
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0000000292
最小 - 最大-0.000000119888 - 0.00000017079
平均 (標準偏差)0.000000000555724 (±0.00000000881405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 840 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.65.65.6
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z840.000840.000840.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-100
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0000.0000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 100S ribosomes in a 'f-f' 3D organization solved in vitro

全体名称: 100S ribosomes in a 'f-f' 3D organization solved in vitro
要素
  • 試料: 100S ribosomes in a 'f-f' 3D organization solved in vitro
  • 複合体: 70S ribosome

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超分子 #1000: 100S ribosomes in a 'f-f' 3D organization solved in vitro

超分子名称: 100S ribosomes in a 'f-f' 3D organization solved in vitro
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Samples are crude fraction of sucrose gradient composed by a mix of ribosomes in different states of aggregation.
集合状態: Dimer / Number unique components: 2
分子量理論値: 5.4 MDa

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 2.7 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Tris-HCl, 15.2 mM (CH3COO)2Mg, 0.8 mM EDTA, 100 mM CH3COONH4, 3 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: No staining
グリッド詳細: R2/2 Quantifoil cupper grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Plunger. Vitrification carried out in air
手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 50,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: -4
日付2007年6月1日
撮影実像数: 205 / 平均電子線量: 50 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 53960 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

詳細Average number of projections used in the 3D reconstructions: 35.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: TOM ToolBox
CTF補正詳細: Each projection

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2aw7
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2awb
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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