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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Subtomogram representing a segment of the outer wall of empty germinated polar tubes from Vairimorpha necatrix. | |||||||||
![]() | Merged map after refinement. | |||||||||
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![]() | Polar tube / Subtomogram / Microsporidia / CELL INVASION | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.7 Å | |||||||||
![]() | Sharma H / Ehrenbolger K / Jespersen N / Carlson LA / Barandun J | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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![]() | ![]() タイトル: Ribosome clustering and surface layer reorganization in the microsporidian host-invasion apparatus 著者: Sharma H / Jespersen N / Ehrenbolger K / Carlson LA / Barandun J | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 118.4 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 1.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 39.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 129 KB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 118.7 KB 118.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Merged map after refinement. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.69 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 from refinement.
ファイル | emd_17467_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 from refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 from refinement.
ファイル | emd_17467_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 from refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-fil...
全体 | 名称: Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-filled, germinated polar tubes from Vairimorpha necatrix. |
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要素 |
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-超分子 #1: Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-fil...
超分子 | 名称: Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-filled, germinated polar tubes from Vairimorpha necatrix. タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Germination buffer (0.17 mM KCl, 1 mM Tris-HCl (pH 8.0), 10 mM EDTA) | ||||||||||||
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 200 | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-filled, germinated polar tubes from Vairimorpha nectrix. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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