[日本語] English
万見
- EMDB-17460: S. cerevisiae sCMGE with N-ter Mcm10 density -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17460
タイトルS. cerevisiae sCMGE with N-ter Mcm10 density
マップデータEM map of sCMG10
試料
  • 複合体: Complex of Mcm2-7, Cdc45, GINS (Psf1-3, Sld5) DNA polymerase epsilon (subunit A and B), 19-mer DNA molecule with complementary 7-mer DNA molecule
    • 複合体: DNA replication complex GINS containing Psf1, Psf2, Psf3 and Sld5
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
      • DNA: x 2種
    • 複合体: DNA replication licensing factors MCM2-7
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • 複合体: DNA polymerase epsilon contains catalytic subunit A and non-catalytic subunit B
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
    • 複合体: DNA
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Cdc45
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
キーワードSaccharomyces cerevisiae / helicase / CMGE / initiation of DNA replication / DNA / DNA unwinding / REPLICATION / Mcm10
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / DNA molecule (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Henrikus SS / Willhoft O
資金援助 英国, European Union, フランス, 4件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteFC001065 and FC001066 英国
European Research Council (ERC)grant agreement no. 820102European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000834/2020-L フランス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 962-2019European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Unwinding of a eukaryotic origin of replication visualized by cryo-EM.
著者: Sarah S Henrikus / Marta H Gross / Oliver Willhoft / Thomas Pühringer / Jacob S Lewis / Allison W McClure / Julia F Greiwe / Giacomo Palm / Andrea Nans / John F X Diffley / Alessandro Costa /
要旨: To prevent detrimental chromosome re-replication, DNA loading of a double hexamer of the minichromosome maintenance (MCM) replicative helicase is temporally separated from DNA unwinding. Upon S-phase ...To prevent detrimental chromosome re-replication, DNA loading of a double hexamer of the minichromosome maintenance (MCM) replicative helicase is temporally separated from DNA unwinding. Upon S-phase transition in yeast, DNA unwinding is achieved in two steps: limited opening of the double helix and topological separation of the two DNA strands. First, Cdc45, GINS and Polε engage MCM to assemble a double CMGE with two partially separated hexamers that nucleate DNA melting. In the second step, triggered by Mcm10, two CMGEs separate completely, eject the lagging-strand template and cross paths. To understand Mcm10 during helicase activation, we used biochemical reconstitution with cryogenic electron microscopy. We found that Mcm10 splits the double CMGE by engaging the N-terminal homo-dimerization face of MCM. To eject the lagging strand, DNA unwinding is started from the N-terminal side of MCM while the hexamer channel becomes too narrow to harbor duplex DNA.
履歴
登録2023年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_17460.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of sCMG10
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.017
最小 - 最大-0.024492262 - 0.092643544
平均 (標準偏差)0.0005687723 (±0.0039453125)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 388.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: EM half map 2 of sCMG10

ファイルemd_17460_half_map_1.map
注釈EM half map 2 of sCMG10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: EM half map 1 of sCMG10

ファイルemd_17460_half_map_2.map
注釈EM half map 1 of sCMG10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Complex of Mcm2-7, Cdc45, GINS (Psf1-3, Sld5) DNA polymerase epsi...

全体名称: Complex of Mcm2-7, Cdc45, GINS (Psf1-3, Sld5) DNA polymerase epsilon (subunit A and B), 19-mer DNA molecule with complementary 7-mer DNA molecule
要素
  • 複合体: Complex of Mcm2-7, Cdc45, GINS (Psf1-3, Sld5) DNA polymerase epsilon (subunit A and B), 19-mer DNA molecule with complementary 7-mer DNA molecule
    • 複合体: DNA replication complex GINS containing Psf1, Psf2, Psf3 and Sld5
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
      • DNA: DNA strand 1
      • DNA: DNA strand 2
    • 複合体: DNA replication licensing factors MCM2-7
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM5
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
      • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45
    • 複合体: DNA polymerase epsilon contains catalytic subunit A and non-catalytic subunit B
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
      • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 10
    • 複合体: DNA
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • 複合体: Cdc45
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
超分子 #1: Complex of Mcm2-7, Cdc45, GINS (Psf1-3, Sld5) DNA polymerase epsi...

超分子名称: Complex of Mcm2-7, Cdc45, GINS (Psf1-3, Sld5) DNA polymerase epsilon (subunit A and B), 19-mer DNA molecule with complementary 7-mer DNA molecule
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #2: DNA replication complex GINS containing Psf1, Psf2, Psf3 and Sld5

超分子名称: DNA replication complex GINS containing Psf1, Psf2, Psf3 and Sld5
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8, #12-#13
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: DNA replication licensing factors MCM2-7

超分子名称: DNA replication licensing factors MCM2-7 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: DNA polymerase epsilon contains catalytic subunit A and non-catal...

超分子名称: DNA polymerase epsilon contains catalytic subunit A and non-catalytic subunit B
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10-#11
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #5: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)

+
超分子 #6: Cdc45

超分子名称: Cdc45 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EELTLESLSN VKANSYSEWI TQPNVSRTIA RELKSFLLEY TDETGRSVYG ARIRTLGEMN SESLEVNYR HLAESKAILA LFLAKCPEEM LKIFDLVAME ATELHYPDYA RIHSEIHVRI S AAAAIYSL RELRESNLSS LVRVTGVVTR RTGVFPQLKY VKFNCLKCGS ...文字列:
EELTLESLSN VKANSYSEWI TQPNVSRTIA RELKSFLLEY TDETGRSVYG ARIRTLGEMN SESLEVNYR HLAESKAILA LFLAKCPEEM LKIFDLVAME ATELHYPDYA RIHSEIHVRI S AAAAIYSL RELRESNLSS LVRVTGVVTR RTGVFPQLKY VKFNCLKCGS ILGPFFQDSN EE IRISFCT NCKSKGPFRV NGEKTVYRNY QRVTLQEAPG TVPPGRLPRH REVILLADLV DVS KPGEEV EVTGIYKNNY DGNLNAKNGF PVFATIIEAN SIKRREGNTA NEGEEGLDVF SWTE EEERE FRKISRDRGI IDKIISSMAP SIYGHRDIKT AVACSLFGGV PKNVNGKHSI RGDIN VLLL GDPGTAKSQI LKYVEKTAHR AVFATGQGAS AVGLTASVRK DPITKEWTLE GGALVL ADK GVCLIDEFDK MNDQDRTSIH EAMEQQSISI SKAGIVTTLQ ARCSIIAAAN PNGGRYN ST LPLAQNVSLT EPILSRFDIL CVVRDLVDEE ADERLATFVV DSHVRSHPEN LNARQRRL Q RQRKKEEEIS PIPQELLMKY IHYARTKIYP KLHQMDMDKV SRVYADLRRE SISTGSFPI TVRHLESILR IAESFAKMRL SEFVSSYDLD RAIKVVVDSF VDAQKVSVRR QLRRSFAIYT LG

+
分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DAVFGDRVRR FQEFLDTFTS YRDSVRSIQV YNSNNAANYL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEP AYFIPPAEKA LTDLADSMDD VPAPNASAVS SRHPWKLSFK GSFGAHALSP R TLTAQHLN KLVSVEGIVT KTSLVRPKLI RSVHYAAKTG RFHYRDYTDA ...文字列:
DAVFGDRVRR FQEFLDTFTS YRDSVRSIQV YNSNNAANYL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEP AYFIPPAEKA LTDLADSMDD VPAPNASAVS SRHPWKLSFK GSFGAHALSP R TLTAQHLN KLVSVEGIVT KTSLVRPKLI RSVHYAAKTG RFHYRDYTDA TTTLTTRIPT PA IYPTEDT EGNKLTTEYG YSTFIDHQRI TVQEMPEMAP AGQLPRSIDV ILDDDLVDKT KPG DRVNVV GVFKSLGAGG MNQSNSNTLI GFKTLILGNT VYPLHARQML TDFDIRNINK LSKK KDIFD ILSQSLAPSI YGHDHIKKAI LLMLMGGVEK NLENGSHLRG DINILMVGDP STAKS QLLR FVLNTASLAI ATTGRGSSGV GLTAAVTTDR ETGERRLEAG AMVLADRGVV CIDEFD KMT DVDRVAIHEV MEQQTVTIAK AGIHTTLNAR CSVIAAANPV FGQYDVNRDP HQNIALP DS LLSRFDLLFV VTDDINEIRD RSISEHVLRT HRYLPPGYLE GEPVRERLNL SLAVGEQA G AKLAKNKGNY NGTEIPKLVT IPFLRKYVQY AKERVIPQLT QEAINVIVKN YTDLRNDDN TKKSPITART LETLIRLATA HAKVRLSKTV NKVDAKVAAN LLRFALLGE

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TNVSIQECTT NFRNFLMSFK YKFRKILDER ELYYIKQLNE MRELGTSNLN LDARNLLAYK QTEDLYHQL LNYPQEVISI MDQTIKDCMV SLIVDLDEIE TKFYKVRPYN VGSCKGMREL N PNDIDKLI NLKGLVLRST PVIPDMKVAF FKCNVCDHTM AVEIDRGVIQ ...文字列:
TNVSIQECTT NFRNFLMSFK YKFRKILDER ELYYIKQLNE MRELGTSNLN LDARNLLAYK QTEDLYHQL LNYPQEVISI MDQTIKDCMV SLIVDLDEIE TKFYKVRPYN VGSCKGMREL N PNDIDKLI NLKGLVLRST PVIPDMKVAF FKCNVCDHTM AVEIDRGVIQ EPARCERIDC NE PNSMSLI HNRCSFADKQ VIKLQETPDF VPDGQTPHSI SLCVYDELVD SCRAGDRIEV TGT FRSIPI RANSRQRVLK SLYKTYVDVV HVKKVQDLAK IREVAAREDL YSLLARSIAP SIYE LEDVK KGILLQLFGG TNKTFTKGGR YRGDINILLC GDPSTSKSQI LQYVHKITPR GVYTS GGLT AYITRDVDTK QLVLESGALV LSDGGVCCID EFDKMSDSTR SVLHEVMEQQ TISIAK AGI ITTLNARSSI LASANPIGSR YNPNLPVTEN IDLPPPLLSR FDLVYLVLDK VDEKNDR EL AKHLTNLYLV LPVEFLTMYI SYAKEHIHPI ITEAAKTELV RAYVGMRKMG DDSRSDEK R ITATTRQLES MIRLAEAHAK MKLKNVVELE DVQEAVRLIR SAIKDYATDP K

+
分子 #4: DNA replication licensing factor MCM5

分子名称: DNA replication licensing factor MCM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: NDDDNTEIIK SFKNFILEFR LDSQFIYRDQ LRNNILVKNY SLTVNMEHLI GYNEDIYKKL SDEPSDIIP LFETAITQVA KRISILSRAQ ALNSLPTFQL ILNSNANQIP LRDLDSEHVS K IVRLSGII ISTSVLSSRA TYLSIMCRNC RHTTSITINN FNSIPNNTVS ...文字列:
NDDDNTEIIK SFKNFILEFR LDSQFIYRDQ LRNNILVKNY SLTVNMEHLI GYNEDIYKKL SDEPSDIIP LFETAITQVA KRISILSRAQ ALNSLPTFQL ILNSNANQIP LRDLDSEHVS K IVRLSGII ISTSVLSSRA TYLSIMCRNC RHTTSITINN FNSIPNNTVS LPRSCLSKNC GP DPYIIIH ESSKFIDQQF LKLQEIPELV PVGEMPRNLT MTCDRYLTNK VIPGTRVTIV GIY SIYNSK NASGVAIRTP YIKILGIQSD VETSSINSVT MFTEEEEEEF LQLSRNPKLY EILT NSIAP SIFGNEDIKK AIVCLLMGGS KKILPDGMRL RGDINVLLLG DPGTAKSQLL KFVEK VSPI AVYTSGKGSS AAGLTASVQR DPMTREFYLE GGAMVLADGG VVCIDEFDKM RDEDRV AIH EAMEQQTISI AKAGITTVLN SRTSVLAAAN PIYGRYDDLK SPGDNIDFQT TILSRFD MI FIVKDDHNEE RDISIANHVI NIHTGNANAM ENQQEENGSE ISIEKMKRYI TYCRLKCA P RLSPQAAEKL SSNFVTIRKQ LLINELESTE RSSIPITIRQ LEAIIRITES LAKLELSPI AQERHVDEAI RLFQASTMDA ASQDPIGGTS LSEIRRFEQE LKRRLPIGWS TSYQTLRREF VDTHAFSQL ALDKALYALA AETIQLRHQG QNIYRS

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LNHVKKVDDV TGEKVREAFE QFLEDFSVQS TDTGEVEKVY RAQIEFMKIY DLNTIYIDYQ HLSMRENGA LAMAISEQYY RFLPFLQKGL RRVVRKYAPE LLNERVFQIS FFNLPTVHRI R DIRSEKIG SLLSISGTVT RTSEVRPELY KASFTCDMCR AIVDNVEQSF ...文字列:
LNHVKKVDDV TGEKVREAFE QFLEDFSVQS TDTGEVEKVY RAQIEFMKIY DLNTIYIDYQ HLSMRENGA LAMAISEQYY RFLPFLQKGL RRVVRKYAPE LLNERVFQIS FFNLPTVHRI R DIRSEKIG SLLSISGTVT RTSEVRPELY KASFTCDMCR AIVDNVEQSF KYTEPTFCPN PS CENRAFW TLNVTRSRFL DWQKVRIQEN ANEIPTGSMP RTLDVILRGD SVERAKPGDR CKF TGVEIV VPDVTQLGLP GVKKTTEGLN SGVTGLRSLG VRDLTYKISF LACHVISIGD QEVF LNSLS SDEINELKEM VKDEHIYDKL VRSIAPAVFG HEAVKKGILL QMLGGVHKST VEGIK LRGD INICVVGDPS TSKSQFLKYV VGFAPRSVYT SGKASSAAGL TAAVVRDEEG GDYTIE AGA LMLADNGICC IDEFDKMDIS DQVAIHEAME QQTISIAKAG IHATLNARTS ILAAANP VG GRYNRKLSLR GNLNMTAPIM SRFDLFFVIL DDCNEKIDTE LASHIVDLHM KRDEAIEP P FSAEQLRRYI KYARTFKPIL TKEARSYLVE KYKELRKDDA QGFSRSSYRI TVRQLESMI RLSEAIARAN CVDEITPSFI AEAYDLLRQS IIRVDV

+
分子 #6: Cell division control protein 45

分子名称: Cell division control protein 45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRR HYSQLDDNIN SLLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVISFRR DIYVLDAHRP W NLDNIFGS QIIQCFDDGT VDDTLGEQKE AYYKLLRKQR KKQIHEYEGV ...文字列:
MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRR HYSQLDDNIN SLLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVISFRR DIYVLDAHRP W NLDNIFGS QIIQCFDDGT VDDTLGEQKE AYYKLLRKQR KKQIHEYEGV LEEYYSQGTT VV NSISAQI YSLLSAIGET NLSNLWLNIL GTTSLDIAYA QVYNRLYPLL QDEVKRLVKT PDT LTLNIQ PDYYLFLLRH SSLYDSFYYS NYVNAKLSLW NENGKKRLHK MFARMGIPLS TAQE TWLYM DHSIKRELGI IFDKNLDRYG LQDIIRDGFV RTLGYRGSIS ASEFVEALTA LLEVG NSAQ KLTNLRKRWV SNFWLSWDAL DDRKVELLNR GIQLAQDLQR AIFNTGVAIL EKKLIK HLR IYRLCVLQDG PDLDLYRNPL TLLRLGNWLI ECCAESEDKQ LLPMVLASID ENTDTYL VA GLTPRYPRGL DTIHTKKPIL NNFSMAFQQI TAETDAKVRI DNFESSIIEI RREDLSPF L EKLTLSGL

+
分子 #7: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: YGDLGNKLVL EAKRTKQLYA RSNQDVNLPM YHEDIIRNIL KEVSNLRKNT EYLKEQQQLG MLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAYQ RLRTDILDSM AWNNNGLDLM SSSQQDTNNL S HQEQEYLK EYCDLITDLK SGDLVDIDLS GSLVPPSDVF IDVRVLKDAG ...文字列:
YGDLGNKLVL EAKRTKQLYA RSNQDVNLPM YHEDIIRNIL KEVSNLRKNT EYLKEQQQLG MLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAYQ RLRTDILDSM AWNNNGLDLM SSSQQDTNNL S HQEQEYLK EYCDLITDLK SGDLVDIDLS GSLVPPSDVF IDVRVLKDAG EIQTEYGVFN LI KDSQFFV RQSDVERLIQ QGYLQKI

+
分子 #8: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: SLPAHLQQTF SPEEIQFIVE NEPIKIFPRI TTRQKIHTRW QLITTDDKAL NNMVAMRSTE VVLWIALLL KQQSKCSIVA PQWLTTKELD RKIQYEKTHP DRFSELPWNW LVLARILFNK A KDDFHDPI HELRGKIQDL REIRQIKVLK GLKYLNESHL QLDNLSLLEI ...文字列:
SLPAHLQQTF SPEEIQFIVE NEPIKIFPRI TTRQKIHTRW QLITTDDKAL NNMVAMRSTE VVLWIALLL KQQSKCSIVA PQWLTTKELD RKIQYEKTHP DRFSELPWNW LVLARILFNK A KDDFHDPI HELRGKIQDL REIRQIKVLK GLKYLNESHL QLDNLSLLEI NELRPFITEI MD KLREIHT ASL

+
分子 #9: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MGYYDIDDVL ADGTEFPCKF QYDIPGLGYL ENNPGRPITK NTKLSLPLWL ARILAIVGGD EPVPFVELL PPDMFSTKVM NAIKTDPVAL DLHSINSHFF SLAIKWIMLF SEKELANVVS E LLLQRAQE LNHHASSLSI NTNIATSTFL LKLEEMEKEI YKKSHESYKD TKRWMFK

+
分子 #10: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: TQIYVSPQQD FSDLMKSWKN ERCSPELLPY PHQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPM PNESKLPLLC METELERLKF VIRSYIRCRL SKIDKFSLYL RQLNEDENSL I SLTDLLSK DEIKYHDTHS LIWLKLVNDS ILKYMPEELQ AINDTEGSVN ...文字列:
TQIYVSPQQD FSDLMKSWKN ERCSPELLPY PHQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPM PNESKLPLLC METELERLKF VIRSYIRCRL SKIDKFSLYL RQLNEDENSL I SLTDLLSK DEIKYHDTHS LIWLKLVNDS ILKYMPEELQ AINDTEGSVN MIDEPDWNKF VF IHVNGPP DGKWNEDPLL QENEFGKPCY TVTIPDLKEE VELTIGSIYV MRYEVIRDLL RDD KVALI

+
分子 #11: Minichromosome maintenance protein 10

分子名称: Minichromosome maintenance protein 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNDPREILAV DPYNNITSDE EDEQAIAREL EFMERKRQAL VERLKRKQEF KKPQDPNFEA IEVPQSPTK NRVKVGSHNA TQQGTKFEGS NINEVRLSQL QQQPKPPAST TTYFMEKFQN A KKNEDKQI AKFESMMNAR VHTFSTDEKK YVPIITNELE SFSNLWVKKR ...文字列:
MNDPREILAV DPYNNITSDE EDEQAIAREL EFMERKRQAL VERLKRKQEF KKPQDPNFEA IEVPQSPTK NRVKVGSHNA TQQGTKFEGS NINEVRLSQL QQQPKPPAST TTYFMEKFQN A KKNEDKQI AKFESMMNAR VHTFSTDEKK YVPIITNELE SFSNLWVKKR YIPEDDLKRA LH EIKILRL GKLFAKIRPP KFQEPEYANW ATVGLISHKS DIKFTSSEKP VKFFMFTITD FQH TLDVYI FGKKGVERYY NLRLGDVIAI LNPEVLPWRP SGRGNFIKSF NLRISHDFKC ILEI GSSRD LGWCPIVNKK THKKCGSPIN ISLHKCCDYH REVQFRGTSA KRIELNGGYA LGAPT KVDS QPSLYKAKGE NGFNIIKGTR KRLSEEEERL KKSSHNFTNS NSAKAFFDEK FQNPDM LAN LDNKRRKIIE TKKSTALSRE LGKIMRRRES SGLEDKSVGE RQKMKRTTES ALQTGLI QR LGFDPTHGKI SQVLKSSVSG SEPKNNLLGK KKTVINDLLH YKKEKVILAP SKNEWFKK R SHREEVWQKH FGSKETKETS DGSASDLEII

+
分子 #14: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
組換発現生物種: DNA molecule (その他)
配列文字列: ALPSIQLPVD YNNLFNEITD FLVTFKQKGP KYMAMLQKVA NRELNSVIID LDDILQYQNE KFLQGTQAD DLVSAIQQNA NHFTELFCRA IDNNMPLPTK EIDYKDDVLD VILNQRRLRN E RMLTELFP PNLTRRYFLY FKPLSQNCAR RYRKKAISSK PLSVRQIKGD ...文字列:
ALPSIQLPVD YNNLFNEITD FLVTFKQKGP KYMAMLQKVA NRELNSVIID LDDILQYQNE KFLQGTQAD DLVSAIQQNA NHFTELFCRA IDNNMPLPTK EIDYKDDVLD VILNQRRLRN E RMLTELFP PNLTRRYFLY FKPLSQNCAR RYRKKAISSK PLSVRQIKGD FLGQLITVRG II TRVSDVK PAVEVIAYTC DQCGYEVFQE VNSRTFTPLS ECTSEECSQN QTKGQLFMST RAS KFSAFQ ECKIQELSQQ VPVGHIPRSL NIHVNGTLVR SLSPGDIVDV TGIFLPAPYT GFKA LKAGL LTETYLEAQF VRQHKKKFAS FSLTSDVEER VMELITSGDV YNRLAKSIAP EIYGN LDVK KALLLLLVGG VDKRVGDGMK IRGDINVCLM GDPGVAKSQL LKAICKISPR GVYTTG KGS SGVGLTAAVM KDPVTDEMIL EGGALVLADN GICCIDEFDK MDESDRTAIH EVMEQQT IS ISKAGINTTL NARTSILAAA NPLYGRYNPR LSPLDNINLP AALLSRFDIL FLMLDIPS R DDDEKLAEHV TYVHMHNKQP DLDFTPVEPS KMREYIAYAK TKRPVMSEAV NDYVVQAYI RLRQDSKREM DSKFSFGQAT PRTLLGIIRL SQALAKLRLA DMVDIDDVEE ALRLVRVSKE SLY

+
分子 #12: DNA strand 1

分子名称: DNA strand 1 / タイプ: dna / ID: 12 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAA

+
分子 #13: DNA strand 2

分子名称: DNA strand 2 / タイプ: dna / ID: 13 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
TTTTTTT

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.67 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction in cryoSPARC v4.0.3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 85107
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る