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- EMDB-17428: The spike complex of the Lujo Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17428
タイトルThe spike complex of the Lujo Virus
マップデータUnfiltered map
試料
  • 複合体: Spike complex from the Lujo virus
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードSpike complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lujo mammarenavirus (ウイルス) / Mammarenavirus lujoense (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Eilon-Ashkenazy M / Diskin R
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation209/20 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structure of the Lujo virus spike complex.
著者: Maayan Eilon-Ashkenazy / Hadas Cohen-Dvashi / Sarah Borni / Ron Shaked / Rivka Calinsky / Yaakov Levy / Ron Diskin /
要旨: Lujo virus (LUJV) is a human pathogen that was the cause of a deadly hemorrhagic fever outbreak in Africa. LUJV is a divergent member of the Arenaviridae with some similarities to both the "Old ...Lujo virus (LUJV) is a human pathogen that was the cause of a deadly hemorrhagic fever outbreak in Africa. LUJV is a divergent member of the Arenaviridae with some similarities to both the "Old World" and "New World" serogroups, but it uses a cell-entry receptor, neuropilin-2 (NRP2), that is distinct from the receptors of OW and NW viruses. Though the receptor binding domain of LUJV has been characterized structurally, the overall organization of the trimeric spike complex and how NRP2 is recognized in this context were unknown. Here, we present the structure of the membrane-embedded LUJV spike complex determined by cryo-electron microscopy. Analysis of the structure suggested that a single NRP2 molecule is bound at the apex of the trimeric spike and that multiple subunits of the trimer contact the receptor. The binding of NRP2 involves an intriguing arginine-methionine interaction, which we analyzed using quantum mechanical modeling methods. We compare the LUJV spike structure with the only other available structure of a complete arenaviral spike, which is the Lassa virus. The similarities and differences between them shed light on Arenavirus evolution, inform vaccine design, and provide information that will be useful in combating future Arenavirus outbreaks.
履歴
登録2023年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17428.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unfiltered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.24959014 - 0.47432563
平均 (標準偏差)0.0006893183 (±0.016787007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 210.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17428_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unfiltered map

ファイルemd_17428_additional_1.map
注釈Unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered map

ファイルemd_17428_half_map_1.map
注釈Unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered map

ファイルemd_17428_half_map_2.map
注釈Unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spike complex from the Lujo virus

全体名称: Spike complex from the Lujo virus
要素
  • 複合体: Spike complex from the Lujo virus
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: Spike complex from the Lujo virus

超分子名称: Spike complex from the Lujo virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Lujo mammarenavirus (ウイルス)

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分子 #1: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus lujoense (ウイルス)
分子量理論値: 19.017572 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SSLLSGFNLE TVHFNMSLLS SIPMVSEQQH CIQHNHSSIT FSLLTNKSDL EKCNFTRLQA VDRVIFDLFR EFHHRVGDFP VTSDLKCSH NTSYRVIEYE VTKESLPRLQ EAVSTLFPDL HLSEDRFLQI QAHDDKNCTG LHPLNYLRLL KENSETHYKV R KLM

UniProtKB: Glycoprotein

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分子 #2: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus lujoense (ウイルス)
分子量理論値: 28.267627 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KLFQWSLSDE TGSPLPGGHC LERWLIFASD IKCFDNAAIA KCNKEHDEEF CDMLRLFDYN KASIAKLRGE ASSSINLLSG RINAIISDT LLMRSSLKRL MGIPYCNYTK FWYLNHTKLG IHSLPRCWLV SNGSYLNETK FTHDMEDEAD KLLTEMLKKE Y VRRQEKTP ...文字列:
KLFQWSLSDE TGSPLPGGHC LERWLIFASD IKCFDNAAIA KCNKEHDEEF CDMLRLFDYN KASIAKLRGE ASSSINLLSG RINAIISDT LLMRSSLKRL MGIPYCNYTK FWYLNHTKLG IHSLPRCWLV SNGSYLNETK FTHDMEDEAD KLLTEMLKKE Y VRRQEKTP ITLMDILMFS VSFYMFSVTL CICNIPTHRH ITGLPCPKPH RLRKNGTCAC GFFKSINRST GWAKHGGDYK DD DDKGSGT

UniProtKB: Glycoprotein

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分子 #3: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus lujoense (ウイルス)
分子量理論値: 6.501998 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGQIVAVFQA IPEILNEAIN IVIIVIIMFT LIKGVFNLYK SGLFQLVIFL LLCGKRCD

UniProtKB: Glycoprotein

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87868
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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