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- EMDB-17332: Thogoto virus polymerase in Mode B conformation and bound to 32-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17332
タイトルThogoto virus polymerase in Mode B conformation and bound to 32-mer loop promoter RNA
マップデータLocScale filtered
試料
  • 複合体: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • RNA: 3'RNA
キーワードThogoto / viral RNA-dependent RNA polymerase / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Polymerase basic protein 2 (PB2), '627' domain / Polymerase basic protein 2, cap-binding domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain ...: / : / Polymerase basic protein 2 (PB2), '627' domain / Polymerase basic protein 2, cap-binding domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Cusack S / Kouba T
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thogoto virus polymerase
著者: Kouba T / Cusack S
履歴
登録2023年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17332.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈LocScale filtered
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.13110864 - 0.5853248
平均 (標準偏差)0.0007786369 (±0.012474144)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17332_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: RELION post-processed

ファイルemd_17332_additional_1.map
注釈RELION post-processed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17332_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17332_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase

全体名称: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase
要素
  • 複合体: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • RNA: 3'RNA

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超分子 #1: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase

超分子名称: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
分子量理論値: 71.551383 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTDRPDHIDS RVWELSETQE DWITQVHGHV RRVVECWKYT ICCLISNMHT HRGAPQYDVF KWQDRSTIEW ICSKKKVQYP ERDTPDLYD NERAVAYKVL LVSDLSDHSP TSGIYHDLAF NLEGEAEESC ALVLRGSQLQ DIKGFLCRAL EWVVSNNLTQ E VVETISGE ...文字列:
MTDRPDHIDS RVWELSETQE DWITQVHGHV RRVVECWKYT ICCLISNMHT HRGAPQYDVF KWQDRSTIEW ICSKKKVQYP ERDTPDLYD NERAVAYKVL LVSDLSDHSP TSGIYHDLAF NLEGEAEESC ALVLRGSQLQ DIKGFLCRAL EWVVSNNLTQ E VVETISGE AKLQFSVGTT FRTLLKRDTD WDVIPTPRVE PNVPRIEGRR WTQMKKLPLL KEKEGPPSPW RALLLGADSE YI VCPPGTD QEAISWIHSQ SEIECIRESK STPASVITCL TSSLQSFAEG NPVRSRIHED IIAFGINKKQ EKKQSASSSA SGE WKRAEY QVEEMSLPPW VEEEMVLLRS DQEDNWIELE KNAIYTEVDG VAEGLVDKYI EIVGRTKVAS VIEKWQIAAT RTFS QLHTD RSRITACPII TRDPSGNCQF WGMVLLGPHH VKRDTDNAPL LIAEIMGEDT EEKYPKHSVF SLKVEGKQFL LSLKI TSFS RNKLYTFSNI RRVLIQPASI YSQVVLSRAA ENNSLNLEVN PEIQLYLEGA QRGMTLYQWV RMILCLEFLM AIYNNP QME GFLANMRRLH MSRHAMMERR QVFLPFGSRP EDKVNECIIN NPIVAYLAKG WNSMPNVYY

UniProtKB: Polymerase acidic protein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
分子量理論値: 81.476703 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNLFTPRSEI NPTTTQELLY AYTGPAPVAY GTRTRAVLEN IIRPYQYFYK EPNVQRALDI KTGCKEPEDI NVEGPSSGFH TASVLKLAD NFFRKYRPAM EKLKYWILVK LPKLKYAELS KGRQTYSFIH KRNLPAPIAL EETVEFLEQN LRRKIGPTLL S YCQAIADV ...文字列:
MNLFTPRSEI NPTTTQELLY AYTGPAPVAY GTRTRAVLEN IIRPYQYFYK EPNVQRALDI KTGCKEPEDI NVEGPSSGFH TASVLKLAD NFFRKYRPAM EKLKYWILVK LPKLKYAELS KGRQTYSFIH KRNLPAPIAL EETVEFLEQN LRRKIGPTLL S YCQAIADV MELDETTYEG ARDPRPWDIQ LEEIDSDEED PLFRQVGREE TYTIKFSREE LWDQMRTLNT MWKHLERGRL NR RTIATPS MLIRGFVKIV EDAAKEILEN VPTSGVPVGG EEKLAKLASK QTFHTAVTGE LSGDQEKFNE CLDPDAMRLM WTV FLRKLG CPDWIMELFN IPFMVFKSKL ADMGEGLVYT KGKLTDRKPL GEMPSEFDDL VRNVVGNSIS CRLGMFMGMY NLTS TLLAL ISIEREELTG SHVESSDDFI HFFNCKTHEE MFKQAETLRL TLKLVGINMS PSKCILISPA GIGEFNSKFH HRDFV GNVA TELPALVPNG TNPMTDLAMG LNVIKHSVNT GQMNLCTGAL AMRIFNHAYK YAYMALGVTR RTRFMEENAI TPLLTN QGA SPVHSFSTMH LDEVALRRHL GLLDEETLRR ILNPNNPVTQ KGDPSMFFRI ENKMPQIMED YSVPSCFKYT LSRNRTI QD KPHKALLNKE ERYQRVTSII NKLFPEVLIQ EASAPGTVRE SLKRRLELVV ERSDLDEERK KRILSRIF

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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分子 #3: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
分子量理論値: 88.172953 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDREEPAESE CTLRALVEEY NGACKEAPKE MSKQFTDYNT FKRYTTSKKD HAPQMRLVYS VRKPWPISMT PSKEIPLVFN GTKLKDTIL DLGESKRTRA NIVVPDYWSK YGSQTSLEVV NAILYAEDLK VQRFFSTEWG EIRYGRMLPF RKPVQACPTI E EVNPASIP ...文字列:
MDREEPAESE CTLRALVEEY NGACKEAPKE MSKQFTDYNT FKRYTTSKKD HAPQMRLVYS VRKPWPISMT PSKEIPLVFN GTKLKDTIL DLGESKRTRA NIVVPDYWSK YGSQTSLEVV NAILYAEDLK VQRFFSTEWG EIRYGRMLPF RKPVQACPTI E EVNPASIP HTLLQVFCPQ YTTLDSKRKA HMGAVEKLKR VMEPICKVQT QESAVHIARS LIDSNKKWLP TVVDHTPRTA EM AHFLCSK YHYVHTNTQD LSDTRSIDNL CGELVKRSLK CRCPKETLVA NLDKITIQGR PMREVLADHD GELPYLGICR VAM GLSTHH TMKIRSTKFS ILNSDHPRIE VKKVFSLSPD VQVTIPYRRF KGKAKVYFQN DQIQGYFSCT DRQIDEIKIS APKN APLLE PLLDICYYGS FIEPGFEQTF GFYPAGKREF VDSFFMHHSK DHKAFLIHMG LDKDLSLPLS PELNWKEPAL SKVCR VTEL DSTVQPYTSA TREFVLGETL NVYTQHENGL ELLICPTEIR STRGPLPPGT NLSGSEFIDI YQDPFSRAKS LLKSTI LHA ERCKEFVGNM LEEYQDPAET TVQSLVPINT WGKSAKRKLQ EEITSDPDWH QCPRKRAKMS YLAIIAGSIQ DRDKKQT NV PRAFMLRGSQ IEYDMKATRG LVVDTTNRII VGGETVLREG KGGPEGYVQT GVFEEQPRCY LVDTPDHGLS MGLSRFCV H SQGRYFQYEK KISIWEETDN IKATIDSQRD LKRRRDIEEM VSKRARIV

UniProtKB: Polymerase basic protein 2

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分子 #4: 3'RNA

分子名称: 3'RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス)
分子量理論値: 10.21709 KDa
配列文字列:
AGAGAAAUCA AGGCCCCCGG CCUGUUUUUG CU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6qcs

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114184
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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