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- EMDB-17323: Cryo-EM structure of Rotavirus B NSP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17323
タイトルCryo-EM structure of Rotavirus B NSP2
マップデータ
試料
  • 複合体: Homooctamer of NSP2
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 2
キーワードOctamer / RNA binding / Rotavirus / RNA chaperone / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Rotavirus non-structural protein 2 / hydrolase activity, acting on acid anhydrides / viral genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / Non-structural protein 2
機能・相同性情報
生物種Rotavirus B (ロタウイルス B) / Human rotavirus B strain CAL-1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chamera S / Nowotny M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of rotavirus B NSP2 reveals its unique tertiary architecture.
著者: Sebastian Chamera / Krzysztof Wycisk / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Marcin Nowotny /
要旨: Rotavirus (RV) NSP2 is a multifunctional RNA chaperone that exhibits numerous activities that are essential for replication and viral genome packaging. We performed an analysis that highlighted a ...Rotavirus (RV) NSP2 is a multifunctional RNA chaperone that exhibits numerous activities that are essential for replication and viral genome packaging. We performed an analysis that highlighted a distant relationship of NSP2 from rotavirus B (RVB) to proteins from other human RVs. We solved a cryo-electron microscopy structure of RVB NSP2 that shows structural differences with corresponding proteins from other human RVs. Based on the structure, we identified amino acid residues that are involved in RNA interactions. Anisotropy titration experiments showed that these residues are important for nucleic acid binding. We also identified structural motifs that are conserved in all RV species. Collectively, our data complete the structural characterization of rotaviral NSP2 protein and demonstrate its structural diversity among RV species.IMPORTANCERotavirus B (RVB), also known as adult diarrhea rotavirus, has caused epidemics of severe diarrhea in China, India, and Bangladesh. Thousands of people are infected in a single RVB epidemic. However, information on this group of rotaviruses remains limited. As NSP2 is an essential protein in the viral life cycle, including its role in the formation of replication factories, it may be a target for future antiviral strategy against viruses with similar mechanisms.
履歴
登録2023年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17323.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 280 pix.
= 240.8 Å		0.86 Å/pix.
x 280 pix.
= 240.8 Å		0.86 Å/pix.
x 280 pix.
= 240.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.301
最小 - 最大-0.8284862 - 1.7407005
平均 (標準偏差)0.00381548 (±0.05772422)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 240.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17323_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17323_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homooctamer of NSP2

全体名称: Homooctamer of NSP2
要素
  • 複合体: Homooctamer of NSP2
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 2

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超分子 #1: Homooctamer of NSP2

超分子名称: Homooctamer of NSP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rotavirus B (ロタウイルス B) / 株: Mexico

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分子 #1: Non-structural protein 2

分子名称: Non-structural protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Human rotavirus B strain CAL-1 (ウイルス)
分子量理論値: 34.575672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQSVSLSDF IVKTEDGYMP SDRECVALDR YLSKEQKELR ETFKDGKNDR SALRIKMFLS PSPSRRFTQH GVVPMREIKT NTDIPSTLW TLVTDWLLNL LQDEENQEMF EDFISSKFPD VLASADKLAR FAQRLEDRKD VLHKNFSKAM NAFGACFWAI K PTFATEGK ...文字列:
MTQSVSLSDF IVKTEDGYMP SDRECVALDR YLSKEQKELR ETFKDGKNDR SALRIKMFLS PSPSRRFTQH GVVPMREIKT NTDIPSTLW TLVTDWLLNL LQDEENQEMF EDFISSKFPD VLASADKLAR FAQRLEDRKD VLHKNFSKAM NAFGACFWAI K PTFATEGK CNVVRATDDS MILEFQPVPE YFRCGRSKAT FYKLYPLSDE QPVNGMLALK AVAGNQFFMY HGHGHIRTVP YH ELADAIK SYARKDKETL ESISKSPLAA QCGSKFLDML DGIRSKQKIE DVILKAKIFE KKRS

UniProtKB: Non-structural protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.36 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.92 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22131
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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