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- EMDB-1731: The microtubule nucleating gamma-tubulin small complex assembles ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1731
タイトルThe microtubule nucleating gamma-tubulin small complex assembles into a structure with microtubule-like thirteen fold symmetry
マップデータThis is the map of the gamma-tubulin small complex - Spc110p filament. The filament axis is along the Z axis.
試料
  • 試料: Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220)
  • タンパク質・ペプチド: Tub4p
  • タンパク質・ペプチド: Spc97p
  • タンパク質・ペプチド: Spc98p
  • タンパク質・ペプチド: Spc110p
キーワードMicrotubule / nucleation / tubulin / filament
機能・相同性
機能・相同性情報


inner plaque of spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / outer plaque of spindle pole body / gamma-tubulin small complex / regulation of microtubule nucleation / microtubule nucleator activity / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / meiotic spindle organization ...inner plaque of spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / outer plaque of spindle pole body / gamma-tubulin small complex / regulation of microtubule nucleation / microtubule nucleator activity / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / positive regulation of cytoplasmic translation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / mitotic sister chromatid segregation / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / structural constituent of cytoskeleton / spindle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule / GTP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Gamma tubulin / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal ...: / : / Gamma tubulin / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle pole body component SPC97 / Tubulin gamma chain / Spindle pole body component SPC98
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Kollman JM / Polka JK / Zelter A / Davis TN / Agard DA
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Microtubule nucleating gamma-TuSC assembles structures with 13-fold microtubule-like symmetry.
著者: Justin M Kollman / Jessica K Polka / Alex Zelter / Trisha N Davis / David A Agard /
要旨: Microtubules are nucleated in vivo by gamma-tubulin complexes. The 300-kDa gamma-tubulin small complex (gamma-TuSC), consisting of two molecules of gamma-tubulin and one copy each of the accessory ...Microtubules are nucleated in vivo by gamma-tubulin complexes. The 300-kDa gamma-tubulin small complex (gamma-TuSC), consisting of two molecules of gamma-tubulin and one copy each of the accessory proteins Spc97 and Spc98, is the conserved, essential core of the microtubule nucleating machinery. In metazoa multiple gamma-TuSCs assemble with other proteins into gamma-tubulin ring complexes (gamma-TuRCs). The structure of gamma-TuRC indicated that it functions as a microtubule template. Because each gamma-TuSC contains two molecules of gamma-tubulin, it was assumed that the gamma-TuRC-specific proteins are required to organize gamma-TuSCs to match 13-fold microtubule symmetry. Here we show that Saccharomyces cerevisiae gamma-TuSC forms rings even in the absence of other gamma-TuRC components. The yeast adaptor protein Spc110 stabilizes the rings into extended filaments and is required for oligomer formation under physiological buffer conditions. The 8-A cryo-electron microscopic reconstruction of the filament reveals 13 gamma-tubulins per turn, matching microtubule symmetry, with plus ends exposed for interaction with microtubules, implying that one turn of the filament constitutes a microtubule template. The domain structures of Spc97 and Spc98 suggest functions for conserved sequence motifs, with implications for the gamma-TuRC-specific proteins. The gamma-TuSC filaments nucleate microtubules at a low level, and the structure provides a strong hypothesis for how nucleation is regulated, converting this less active form to a potent nucleator.
履歴
登録2010年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月28日-
マップ公開2010年11月1日-
更新2015年12月23日-
現状2015年12月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1731.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1731.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the map of the gamma-tubulin small complex - Spc110p filament. The filament axis is along the Z axis.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 320 pix.
= 380.8 Å		1.19 Å/pix.
x 320 pix.
= 380.8 Å		1.19 Å/pix.
x 320 pix.
= 380.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.19 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-3.00519 - 6.27779
平均 (標準偏差)1.00001 (±0.999949)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 380.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.191.191.19
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.800380.800380.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-3.0056.2781.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220)

全体名称: Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220)
要素
  • 試料: Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220)
  • タンパク質・ペプチド: Tub4p
  • タンパク質・ペプチド: Spc97p
  • タンパク質・ペプチド: Spc98p
  • タンパク質・ペプチド: Spc110p

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超分子 #1000: Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220)

超分子名称: Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220)
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The stoichiometry of gamma-TuSC to Spc110p is not known.
Number unique components: 4

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分子 #1: Tub4p

分子名称: Tub4p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gamma-tubulin / コピー数: 2 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Spindle pole body
分子量理論値: 52.6 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (baculovirus infected) / 組換プラスミド: pAZ37
配列InterPro: Gamma tubulin

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分子 #2: Spc97p

分子名称: Spc97p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Spindle pole body component p97 / コピー数: 1 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker'syeast / 細胞中の位置: Spindle pole body
分子量理論値: 96.8 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (baculovirus infected) / 組換プラスミド: pDV45
配列InterPro: INTERPRO: IPR015698

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分子 #3: Spc98p

分子名称: Spc98p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Spindle pole body component 98p / コピー数: 1 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Spindle pole body
分子量理論値: 98.3 MDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (baculovirus infected) / 組換プラスミド: pDV46
配列InterPro: INTERPRO: IPR015696

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分子 #4: Spc110p

分子名称: Spc110p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Spc110p
詳細: Construct includes the first 220 residues of Spc110p
コピー数: 1 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Spindle pole body
分子量理論値: 23 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (baculovirus infected) / 組換プラスミド: pAZ34

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 100 mM KCl, 1mM GTP, 1mM MgCl2, 2mM EGTA, 40 mM Hepes
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Sample was applied to C-FLAT holey carbon grids, blotted, and flash frozen in liquid ethane
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blotted 3s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected at 250,000 times magnification
日付2009年9月23日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k)
平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Oxford side-entry cryo stage / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 22.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 54.3 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider
CTF補正詳細: Whole micrograph
最終 角度割当詳細: SPIDER:theta 90 degrees, phi 90 degrees

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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