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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1731 | |||||||||
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タイトル | The microtubule nucleating gamma-tubulin small complex assembles into a structure with microtubule-like thirteen fold symmetry | |||||||||
![]() | This is the map of the gamma-tubulin small complex - Spc110p filament. The filament axis is along the Z axis. | |||||||||
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![]() | Microtubule / nucleation / tubulin / filament | |||||||||
機能・相同性 | ![]() inner plaque of spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / outer plaque of spindle pole body / gamma-tubulin small complex / regulation of microtubule nucleation / microtubule nucleator activity / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / meiotic spindle organization ...inner plaque of spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / outer plaque of spindle pole body / gamma-tubulin small complex / regulation of microtubule nucleation / microtubule nucleator activity / mitotic spindle pole body / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / positive regulation of cytoplasmic translation / gamma-tubulin binding / spindle pole body / mitotic sister chromatid segregation / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / structural constituent of cytoskeleton / spindle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule / GTP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
![]() | Kollman JM / Polka JK / Zelter A / Davis TN / Agard DA | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Microtubule nucleating gamma-TuSC assembles structures with 13-fold microtubule-like symmetry. 著者: Justin M Kollman / Jessica K Polka / Alex Zelter / Trisha N Davis / David A Agard / ![]() 要旨: Microtubules are nucleated in vivo by gamma-tubulin complexes. The 300-kDa gamma-tubulin small complex (gamma-TuSC), consisting of two molecules of gamma-tubulin and one copy each of the accessory ...Microtubules are nucleated in vivo by gamma-tubulin complexes. The 300-kDa gamma-tubulin small complex (gamma-TuSC), consisting of two molecules of gamma-tubulin and one copy each of the accessory proteins Spc97 and Spc98, is the conserved, essential core of the microtubule nucleating machinery. In metazoa multiple gamma-TuSCs assemble with other proteins into gamma-tubulin ring complexes (gamma-TuRCs). The structure of gamma-TuRC indicated that it functions as a microtubule template. Because each gamma-TuSC contains two molecules of gamma-tubulin, it was assumed that the gamma-TuRC-specific proteins are required to organize gamma-TuSCs to match 13-fold microtubule symmetry. Here we show that Saccharomyces cerevisiae gamma-TuSC forms rings even in the absence of other gamma-TuRC components. The yeast adaptor protein Spc110 stabilizes the rings into extended filaments and is required for oligomer formation under physiological buffer conditions. The 8-A cryo-electron microscopic reconstruction of the filament reveals 13 gamma-tubulins per turn, matching microtubule symmetry, with plus ends exposed for interaction with microtubules, implying that one turn of the filament constitutes a microtubule template. The domain structures of Spc97 and Spc98 suggest functions for conserved sequence motifs, with implications for the gamma-TuRC-specific proteins. The gamma-TuSC filaments nucleate microtubules at a low level, and the structure provides a strong hypothesis for how nucleation is regulated, converting this less active form to a potent nucleator. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 110.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 193.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 278.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 278 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the map of the gamma-tubulin small complex - Spc110p filament. The filament axis is along the Z axis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220)
全体 | 名称: Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220)
超分子 | 名称: Gamma-tubulin small complex in complex with Spc110p(1-220) タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The stoichiometry of gamma-TuSC to Spc110p is not known. Number unique components: 4 |
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-分子 #1: Tub4p
分子 | 名称: Tub4p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gamma-tubulin / コピー数: 2 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.6 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (baculovirus infected) / 組換プラスミド: pAZ37 |
配列 | InterPro: Gamma tubulin |
-分子 #2: Spc97p
分子 | 名称: Spc97p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Spindle pole body component p97 / コピー数: 1 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 96.8 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (baculovirus infected) / 組換プラスミド: pDV45 |
配列 | InterPro: INTERPRO: IPR015698 |
-分子 #3: Spc98p
分子 | 名称: Spc98p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Spindle pole body component 98p / コピー数: 1 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 98.3 MDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (baculovirus infected) / 組換プラスミド: pDV46 |
配列 | InterPro: INTERPRO: IPR015696 |
-分子 #4: Spc110p
分子 | 名称: Spc110p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Spc110p 詳細: Construct includes the first 220 residues of Spc110p コピー数: 1 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (baculovirus infected) / 組換プラスミド: pAZ34 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 100 mM KCl, 1mM GTP, 1mM MgCl2, 2mM EGTA, 40 mM Hepes |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Sample was applied to C-FLAT holey carbon grids, blotted, and flash frozen in liquid ethane |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blotted 3s before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected at 250,000 times magnification |
日付 | 2009年9月23日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Oxford side-entry cryo stage / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 22.2 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 54.3 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider |
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CTF補正 | 詳細: Whole micrograph |
最終 角度割当 | 詳細: SPIDER:theta 90 degrees, phi 90 degrees |