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万見
- EMDB-17301: Dimer-1 SPARTA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17301
タイトルDimer-1 SPARTA complex
マップデータdimer1
試料
  • 複合体: heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system
キーワードSPARTA / TIR / prokaryotic argonaute / ANTIVIRAL PROTEIN
生物種Maribacter polysiphoniae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Ekundayo B / Ni DC / Lu XH / Stahlberg H
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
Swiss National Science FoundationIZLCZ0_206089 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Activation mechanism of a short argonaute-TIR prokaryotic immune system.
著者: Dongchun Ni / Xuhang Lu / Henning Stahlberg / Babatunde Ekundayo /
要旨: Short prokaryotic argonaute (pAgo) and toll/interleukin-1 receptor/resistance protein (TIR)-analog of PAZ (APAZ) form a heterodimeric SPARTA complex that provides immunity to its prokaryotic host ...Short prokaryotic argonaute (pAgo) and toll/interleukin-1 receptor/resistance protein (TIR)-analog of PAZ (APAZ) form a heterodimeric SPARTA complex that provides immunity to its prokaryotic host through an abortive infection mechanism. Monomeric SPARTA senses foreign RNA/DNA duplexes to assemble an active tetramer resulting in cell death by nicotinamide adenine dinucleotide (oxidized form) (NAD) depletion via an unknown mechanism. We report nine structures of SPARTA in different functional states at a resolution range of 4.2 to 2.9 angstroms, revealing its activation mechanism. Inactive SPARTA monomers bind to RNA/DNA duplexes to form symmetric dimers mediated by the association of Ago subunits. The initiation of tetramer assembly induces flexibility of the TIR domains enabling a symmetry-breaking rotational movement of a TIR domain in the dimer units which facilitates the TIR oligomerization, resulting in the formation of the substrate binding pocket and the activation of the SPARTA complex's NADase activity. Our findings provide detailed structural and mechanistic insights into activating a short argonaute defense system.
履歴
登録2023年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17301.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17301.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈dimer1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.21 Å/pix.
x 300 pix.
= 363. Å		1.21 Å/pix.
x 300 pix.
= 363. Å		1.21 Å/pix.
x 300 pix.
= 363. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.104
最小 - 最大-0.5235162 - 0.83669496
平均 (標準偏差)0.00023657629 (±0.021616625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 363.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17301_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17301_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system

全体名称: heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system
要素
  • 複合体: heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system

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超分子 #1: heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system

超分子名称: heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア)
分子量理論値: 500 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 59663
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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