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- EMDB-17120: Cryo-EM map of zebrafish cardiac F-actin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17120
タイトルCryo-EM map of zebrafish cardiac F-actin
マップデータ
試料
  • 複合体: Cardiac F-actin
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha 1b, skeletal muscle
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードF-actin / Actin / Cardiac Actin / Filamentous / CONTRACTILE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic heart tube development / skeletal muscle fiber development / actin cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin alpha 1, skeletal muscle b
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Bradshaw M / Squire JM / Morris E / Atkinson G / Richardson B / Lees J / Paul DM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
British Heart FoundationFS/14/18/30711 英国
引用ジャーナル: J Muscle Res Cell Motil / 年: 2023
タイトル: Zebrafish as a model for cardiac disease; Cryo-EM structure of native cardiac thin filaments from Danio Rerio.
著者: Marston Bradshaw / John M Squire / Edward Morris / Georgia Atkinson / Rebecca Richardson / Jon Lees / Massimo Caputo / Giulia M Bigotti / Danielle M Paul /
要旨: Actin, tropomyosin and troponin, the proteins that comprise the contractile apparatus of the cardiac thin filament, are highly conserved across species. We have used cryo-EM to study the three- ...Actin, tropomyosin and troponin, the proteins that comprise the contractile apparatus of the cardiac thin filament, are highly conserved across species. We have used cryo-EM to study the three-dimensional structure of the zebrafish cardiac thin and actin filaments. With 70% of human genes having an obvious zebrafish orthologue, and conservation of 85% of disease-causing genes, zebrafish are a good animal model for the study of human disease. Our structure of the zebrafish thin filament reveals the molecular interactions between the constituent proteins, showing that the fundamental organisation of the complex is the same as that reported in the human reconstituted thin filament. A reconstruction of zebrafish cardiac F-actin demonstrates no deviations from human cardiac actin over an extended length of 14 actin subunits. Modelling zebrafish homology models into our maps enabled us to compare, in detail, the similarity with human models. The structural similarities of troponin-T in particular, a region known to contain a hypertrophic cardiomyopathy 'hotspot', confirm the suitability of zebrafish to study these disease-causing mutations.
履歴
登録2023年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17120.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 500 pix.
= 524. Å		1.05 Å/pix.
x 500 pix.
= 524. Å		1.05 Å/pix.
x 500 pix.
= 524. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.75
最小 - 最大-28.065833999999999 - 41.830406000000004
平均 (標準偏差)-0.0019533224 (±1.1024652)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 524.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17120_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17120_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17120_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cardiac F-actin

全体名称: Cardiac F-actin
要素
  • 複合体: Cardiac F-actin
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha 1b, skeletal muscle
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: Cardiac F-actin

超分子名称: Cardiac F-actin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 器官: Heart / 組織: Ventrical / 細胞中の位置: Sarcomere

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分子 #1: Actin, alpha 1b, skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha 1b, skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 器官: Heart / 組織: Ventrical
分子量理論値: 42.021887 KDa
配列文字列: MCDEEETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPVLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDAGD G VTHNVPVY ...文字列:
MCDEEETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPVLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDAGD G VTHNVPVY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSSSL EK SYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNGIMKC DIDIRKDLYA NNVLSGGTTM YPGIGDRMQK EIT ALAPST MKIKMIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWISKDEYEE AGPSIVHRKC F

UniProtKB: Actin alpha 1, skeletal muscle b

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
構成要素:
濃度式名称
0.1 MNaClSodium Chloride
5.0 mMMgAcMagnesium acetate
2.0 mMC14H24N2O10EGTA
2.5 mMC10H13N5O13P3Adenosine triphosphate
10.0 mMC4H10N3O5PCreatine Phosphate

詳細: Phosphate Buffer Protease Inhibitor Cocktail (0.44 mg/ml)
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa / 詳細: 15 mAh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Freshly excised heart tissue from Zebrafish. Monodispersed filaments of varying lengths.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5622 / 平均電子線量: 38.85 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 507184
詳細: Relion auto helical picking using manually picked references
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 420108
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 260 / 平均メンバー数/クラス: 1950 / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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