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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16979 | ||||||||||||
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タイトル | Architecture of native chromatin fibres revealed by cryo-ET in situ | ||||||||||||
マップデータ | main map | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | nucleosome / nucleus / histone / DNA / NUCLEAR PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hou Z / Zhu Y / Zhang P | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of native chromatin fibres revealed by Cryo-ET in situ. 著者: Zhen Hou / Frank Nightingale / Yanan Zhu / Craig MacGregor-Chatwin / Peijun Zhang / 要旨: The structure of chromatin plays pivotal roles in regulating gene transcription, DNA replication and repair, and chromosome segregation. This structure, however, remains elusive. Here, using cryo-FIB ...The structure of chromatin plays pivotal roles in regulating gene transcription, DNA replication and repair, and chromosome segregation. This structure, however, remains elusive. Here, using cryo-FIB and cryo-ET, we delineate the 3D architecture of native chromatin fibres in intact interphase human T-lymphoblasts and determine the in situ structures of nucleosomes in different conformations. These chromatin fibres are not structured as uniform 30 nm one-start or two-start filaments but are composed of relaxed, variable zigzag organizations of nucleosomes connected by straight linker DNA. Nucleosomes with little H1 and linker DNA density are distributed randomly without any spatial preference. This work will inspire future high-resolution investigations on native chromatin structures in situ at both a single-nucleosome level and a population level under many different cellular conditions in health and disease. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Structure of Native Chromatin Fibres Revealed by Cryo-ET in situ 著者: Hou Z / Nightingale F / Zhu Y / MacGregor-Chatwin C / Zhang P | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16979.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16979-v30.xml emd-16979.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16979_fsc.xml | 3.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16979.png | 40.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16979.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_16979_half_map_1.map.gz emd_16979_half_map_2.map.gz | 2.4 MB 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16979 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16979_validation.pdf.gz | 756 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16979_full_validation.pdf.gz | 755.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16979_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16979_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16979 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.36 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_16979_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_16979_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T-Lymphoblast CEM
全体 | 名称: T-Lymphoblast CEM |
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要素 |
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-超分子 #1: T-Lymphoblast CEM
超分子 | 名称: T-Lymphoblast CEM / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |