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- EMDB-16872: Subtomogram average of long bridges of the yeast ER-mitochondria ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16872
タイトルSubtomogram average of long bridges of the yeast ER-mitochondria encounter structure (ERMES). The population half containing longer bridge structures was averaged.
マップデータSubtomogram average (STA) map of long ERMES bridge structures. The data set of all bridges was split into halves according to bridge length. The map has been aligned to the STA map of short bridges.
試料
  • 細胞: Budding yeast cells expressing Mdm34-mNeonGreen, a component of the ER-mitochondria encounter structure (ERMES).
キーワードERMES / lipid transfer protein / membrane contact sites / SMP domains / LIPID TRANSPORT
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Wozny MR / Di Luca A / Morado DR / Picco A / Khaddaj R / Campomanes P / Ivanovic L / Hoffmann PC / Miller EA / Vanni S / Kukulski W
資金援助 英国, カナダ, スイス, European Union, 7件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/8 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/10 英国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Swiss National Science Foundation185544 スイス
Swiss National Science Foundation201158 スイス
Swiss National Science Foundation194807 スイス
European Research Council (ERC)803952European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: In situ architecture of the ER-mitochondria encounter structure.
著者: Michael R Wozny / Andrea Di Luca / Dustin R Morado / Andrea Picco / Rasha Khaddaj / Pablo Campomanes / Lazar Ivanović / Patrick C Hoffmann / Elizabeth A Miller / Stefano Vanni / Wanda Kukulski /
要旨: The endoplasmic reticulum and mitochondria are main hubs of eukaryotic membrane biogenesis that rely on lipid exchange via membrane contact sites, but the underpinning mechanisms remain poorly ...The endoplasmic reticulum and mitochondria are main hubs of eukaryotic membrane biogenesis that rely on lipid exchange via membrane contact sites, but the underpinning mechanisms remain poorly understood. In yeast, tethering and lipid transfer between the two organelles is mediated by the endoplasmic reticulum-mitochondria encounter structure (ERMES), a four-subunit complex of unresolved stoichiometry and architecture. Here we determined the molecular organization of ERMES within Saccharomyces cerevisiae cells using integrative structural biology by combining quantitative live imaging, cryo-correlative microscopy, subtomogram averaging and molecular modelling. We found that ERMES assembles into approximately 25 discrete bridge-like complexes distributed irregularly across a contact site. Each bridge consists of three synaptotagmin-like mitochondrial lipid binding protein domains oriented in a zig-zag arrangement. Our molecular model of ERMES reveals a pathway for lipids. These findings resolve the in situ supramolecular architecture of a major inter-organelle lipid transfer machinery and provide a basis for the mechanistic understanding of lipid fluxes in eukaryotic cells.
履歴
登録2023年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16872.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16872.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average (STA) map of long ERMES bridge structures. The data set of all bridges was split into halves according to bridge length. The map has been aligned to the STA map of short bridges.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.37 Å/pix.
x 120 pix.
= 644.16 Å		5.37 Å/pix.
x 120 pix.
= 644.16 Å		5.37 Å/pix.
x 120 pix.
= 644.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.368 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.6066295 - 0.838105
平均 (標準偏差)0.0003837384 (±0.08184852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 644.16003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Half map a, masked. Together with masked half...

ファイルemd_16872_additional_1.map
注釈Half map a, masked. Together with masked half map b, this was used for resolution estimate.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map b, masked. Together with masked half...

ファイルemd_16872_additional_2.map
注釈Half map b, masked. Together with masked half map a, this was used for resolution estimate.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: This is the main STA map of long...

ファイルemd_16872_additional_3.map
注釈This is the main STA map of long bridges, not aligned to the STA map of short bridges.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map a, unmasked

ファイルemd_16872_half_map_1.map
注釈Half map a, unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map b, unmasked

ファイルemd_16872_half_map_2.map
注釈Half map b, unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Budding yeast cells expressing Mdm34-mNeonGreen, a component of t...

全体名称: Budding yeast cells expressing Mdm34-mNeonGreen, a component of the ER-mitochondria encounter structure (ERMES).
要素
  • 細胞: Budding yeast cells expressing Mdm34-mNeonGreen, a component of the ER-mitochondria encounter structure (ERMES).

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超分子 #1: Budding yeast cells expressing Mdm34-mNeonGreen, a component of t...

超分子名称: Budding yeast cells expressing Mdm34-mNeonGreen, a component of the ER-mitochondria encounter structure (ERMES).
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Yeast cells were cryo-FIB-milled, imaged by cryo-FM and electron cryo-tomograms were acquired at localisations of Mdm34-mNeonGreen fluorescent signals.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6
詳細: Synthetic complete medium without tryptophan, with 2% glucose and 15% dextran
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細Plunge-frozen grids with yeast cells were subjected to cryo-FIB milling followed by cryo-fluorescence microscopy prior to cryo-ET.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: This STA map was obtained by using half of the subtomograms that were used to obtain the map of all ERMES bridges (1098 subtomograms). The data set was split according to bridge length; here ...詳細: This STA map was obtained by using half of the subtomograms that were used to obtain the map of all ERMES bridges (1098 subtomograms). The data set was split according to bridge length; here the half containing the longer bridges was used for STA.
使用したサブトモグラム数: 549
抽出トモグラム数: 51 / 使用した粒子像数: 1133
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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