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- EMDB-16870: Low-resolution structure of BRCA1dExon11-FL BARD1 (open state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16870
タイトルLow-resolution structure of BRCA1dExon11-FL BARD1 (open state)
マップデータ
試料
  • 複合体: Heterodimeric complex of BRCA1dExon11 and FL BARD1
キーワードProtein complex / heterodimer / ubiquitin / E3 ligase / chromatin association / LIGASE
生物種Felis catus (イエネコ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.4 Å
データ登録者Foglizzo M / Zeqiraj E
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T029471/1 英国
Wellcome Trust222531/Z/21/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust221524/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: BRCA1-BARD1 combines multiple chromatin recognition modules to bridge nascent nucleosomes.
著者: Hayden Burdett / Martina Foglizzo / Laura J Musgrove / Dhananjay Kumar / Gillian Clifford / Lisa J Campbell / George R Heath / Elton Zeqiraj / Marcus D Wilson /
要旨: Chromatin association of the BRCA1-BARD1 heterodimer is critical to promote homologous recombination repair of DNA double-strand breaks (DSBs) in S/G2. How the BRCA1-BARD1 complex interacts with ...Chromatin association of the BRCA1-BARD1 heterodimer is critical to promote homologous recombination repair of DNA double-strand breaks (DSBs) in S/G2. How the BRCA1-BARD1 complex interacts with chromatin that contains both damage induced histone H2A ubiquitin and inhibitory H4K20 methylation is not fully understood. We characterised BRCA1-BARD1 binding and enzymatic activity to an array of mono- and di-nucleosome substrates using biochemical, structural and single molecule imaging approaches. We found that the BRCA1-BARD1 complex preferentially interacts and modifies di-nucleosomes over mono-nucleosomes, allowing integration of H2A Lys-15 ubiquitylation signals with other chromatin modifications and features. Using high speed- atomic force microscopy (HS-AFM) to monitor how the BRCA1-BARD1 complex recognises chromatin in real time, we saw a highly dynamic complex that bridges two nucleosomes and associates with the DNA linker region. Bridging is aided by multivalent cross-nucleosome interactions that enhance BRCA1-BARD1 E3 ubiquitin ligase catalytic activity. Multivalent interactions across nucleosomes explain how BRCA1-BARD1 can recognise chromatin that retains partial di-methylation at H4 Lys-20 (H4K20me2), a parental histone mark that blocks BRCA1-BARD1 interaction with nucleosomes, to promote its enzymatic and DNA repair activities.
履歴
登録2023年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 260 pix.
= 276.9 Å		1.07 Å/pix.
x 260 pix.
= 276.9 Å		1.07 Å/pix.
x 260 pix.
= 276.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0113
最小 - 最大-0.007314062 - 0.06339154
平均 (標準偏差)0.00010515639 (±0.0026844023)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 276.90002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16870_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16870_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heterodimeric complex of BRCA1dExon11 and FL BARD1

全体名称: Heterodimeric complex of BRCA1dExon11 and FL BARD1
要素
  • 複合体: Heterodimeric complex of BRCA1dExon11 and FL BARD1

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超分子 #1: Heterodimeric complex of BRCA1dExon11 and FL BARD1

超分子名称: Heterodimeric complex of BRCA1dExon11 and FL BARD1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Felis catus (イエネコ)
分子量理論値: 175 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
300.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol and 1 mM TCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: UltrAuFoil R1.2/1.3 300-mesh gold grids (Quantifoil Micro Tools GmbH) were cleaned via indirect plasma using a Tergeo EM plasma cleaner (Pie Scientific) at 15 W for 1 min, and with flow rates ...詳細: UltrAuFoil R1.2/1.3 300-mesh gold grids (Quantifoil Micro Tools GmbH) were cleaned via indirect plasma using a Tergeo EM plasma cleaner (Pie Scientific) at 15 W for 1 min, and with flow rates for nitrogen, oxygen and argon gasses of 20.0, 19.8 and 29.0 sscm respectively
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vitrification was carried out by using a blot force of 6 N and a blot time of 6 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 227 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 73.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 117630
詳細: Initially, 1,368 particles were manually picked and used to train crYOLO v1.6.1. This trained model was used for picking on all 227 movies, resulting in 117,630 particles
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The startup model was derived from this same data following 2D Classification and Ab Initio Reconstruction in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 21879
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1.6.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1.6.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1.6.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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