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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | RcpA-TadD local refinement map | |||||||||
![]() | RcpA-TadD Local refinement map | |||||||||
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![]() | RcpA / TadD / Secretin / Pilotin / Tight adherence secretion system / local refinement / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Tassinari M / Low HH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Assembly mechanism of a Tad secretion system secretin-pilotin complex. 著者: Matteo Tassinari / Marta Rudzite / Alain Filloux / Harry H Low / ![]() ![]() ![]() 要旨: The bacterial Tight adherence Secretion System (TadSS) assembles surface pili that drive cell adherence, biofilm formation and bacterial predation. The structure and mechanism of the TadSS is mostly ...The bacterial Tight adherence Secretion System (TadSS) assembles surface pili that drive cell adherence, biofilm formation and bacterial predation. The structure and mechanism of the TadSS is mostly unknown. This includes characterisation of the outer membrane secretin through which the pilus is channelled and recruitment of its pilotin. Here we investigate RcpA and TadD lipoprotein from Pseudomonas aeruginosa. Light microscopy reveals RcpA colocalising with TadD in P. aeruginosa and when heterologously expressed in Escherichia coli. We use cryogenic electron microscopy to determine how RcpA and TadD assemble a secretin channel with C13 and C14 symmetries. Despite low sequence homology, we show that TadD shares a similar fold to the type 4 pilus system pilotin PilF. We establish that the C-terminal four residues of RcpA bind TadD - an interaction essential for secretin formation. The binding mechanism between RcpA and TadD appears distinct from known secretin-pilotin pairings in other secretion systems. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 47.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 45.7 MB 45.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8odnC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | RcpA-TadD Local refinement map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: RcpA-TadD Local refinement map
ファイル | emd_16818_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RcpA-TadD Local refinement map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: RcpA-TadD Local refinement map
ファイル | emd_16818_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | RcpA-TadD Local refinement map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : RcpA-TadD from the Paseudomonas aeruginosa Tad secretion system
全体 | 名称: RcpA-TadD from the Paseudomonas aeruginosa Tad secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: RcpA-TadD from the Paseudomonas aeruginosa Tad secretion system
超分子 | 名称: RcpA-TadD from the Paseudomonas aeruginosa Tad secretion system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 900 KDa |
-分子 #1: RcpA
分子 | 名称: RcpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHRSTGIGVS RWLGGLLGVA LALPALALPQ GCIELLAQAP RVDVVQGQQR DLRLAVPIER LAIGDPKIAD VQLLDRRGFL VTGKEQGSTS LLIWTGCSPE PLRSLVEVEG RGSVDTRGAP AFTVGAAEEL PNQVQTDIRF VEVSRSKLKQ ASTSFVRRGG NLWVLGAPGS ...文字列: MHRSTGIGVS RWLGGLLGVA LALPALALPQ GCIELLAQAP RVDVVQGQQR DLRLAVPIER LAIGDPKIAD VQLLDRRGFL VTGKEQGSTS LLIWTGCSPE PLRSLVEVEG RGSVDTRGAP AFTVGAAEEL PNQVQTDIRF VEVSRSKLKQ ASTSFVRRGG NLWVLGAPGS LGDIKVNADG SGLGGTFGTG SSGFNLIFGG GKWLSFMNAL EGSGFAYTLA RPSLVAMSGQ SASFLAGGEF PIPVPNGTND NVTIEYKEFG IRLTLTPTVM NNRRIALKVA PEVSELDYSA GIQSGGVAVP ALRVRRTDTS VMLADGESFV ISGLTSSNSV SNVDKFPWLG DIPILGAFFR STKLDKDDRE LLMIVTPHLV QPLAADAQLP DLPGEGLRHY DPGFSRLYFL ERGEYDGQQN DTGLSDSAWS HPQFEK UniProtKB: RcpA |
-分子 #2: TadD
分子 | 名称: TadD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKALIGIGLC AALLGGCAAL PGRDGPRECS QQLGQEQELQ MNMVRDMIRE GRLHAALANL ESMPPGLLDV REERALILRR IGDPRARAEY QALLETCKAP EAHHGLGLLA LRNGDSARAV LELREAARLR PTESRFRNDL GVALLKRGDR VGARFEFITA LELQQGGKLP ...文字列: MKALIGIGLC AALLGGCAAL PGRDGPRECS QQLGQEQELQ MNMVRDMIRE GRLHAALANL ESMPPGLLDV REERALILRR IGDPRARAEY QALLETCKAP EAHHGLGLLA LRNGDSARAV LELREAARLR PTESRFRNDL GVALLKRGDR VGARFEFITA LELQQGGKLP ATNLLGLLYL QGDREDAQRL IERLQLDARD IRAAEARARS WGAVPTPDAA PASDDPLAEL PAEANMHTAM ANEAPGSDYK DDDDK UniProtKB: TPR repeat-containing protein PA4299 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 50 mM Hepes pH 8, 100 mM NaCl, 2 mM EDTA, 0.06 % bDDM | |||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |