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万見
- EMDB-16777: Structure of the Nucleosome Core Particle from Trypanosoma brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16777
タイトルStructure of the Nucleosome Core Particle from Trypanosoma brucei
マップデータMasked sharpened map of Nucleosome core particle from Trypanosoma brucei
試料
  • 複合体: Nucleosome core particle
    • 複合体: Histone octamer
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3, putative
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • 複合体: Widom 601 145 bp DNA
      • DNA: Widom 601 145 bp DNA (127-mer ordered and built)
      • DNA: Widom 601 145 bp DNA (127-mer ordered and built)
キーワードNucleosome Chromatin Parasite Trypanosome Kinetoplast / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary transition zone / ciliary plasm / nuclear lumen / phosphate ion binding / chromosome organization / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity ...ciliary transition zone / ciliary plasm / nuclear lumen / phosphate ion binding / chromosome organization / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H4 / Histone H4 / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B / Histone H3, putative / Histone H2A / Histone H4
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sandoval G / Deak G / Tuijtel MW / Wilson MD
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust210493 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M010996/1 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Histone divergence in trypanosomes results in unique alterations to nucleosome structure.
著者: Gauri Deák / Hannah Wapenaar / Gorka Sandoval / Ruofan Chen / Mark R D Taylor / Hayden Burdett / James A Watson / Maarten W Tuijtel / Shaun Webb / Marcus D Wilson /
要旨: Eukaryotes have a multitude of diverse mechanisms for organising and using their genomes, but the histones that make up chromatin are highly conserved. Unusually, histones from kinetoplastids are ...Eukaryotes have a multitude of diverse mechanisms for organising and using their genomes, but the histones that make up chromatin are highly conserved. Unusually, histones from kinetoplastids are highly divergent. The structural and functional consequences of this variation are unknown. Here, we have biochemically and structurally characterised nucleosome core particles (NCPs) from the kinetoplastid parasite Trypanosoma brucei. A structure of the T. brucei NCP reveals that global histone architecture is conserved, but specific sequence alterations lead to distinct DNA and protein interaction interfaces. The T. brucei NCP is unstable and has weakened overall DNA binding. However, dramatic changes at the H2A-H2B interface introduce local reinforcement of DNA contacts. The T. brucei acidic patch has altered topology and is refractory to known binders, indicating that the nature of chromatin interactions in T. brucei may be unique. Overall, our results provide a detailed molecular basis for understanding evolutionary divergence in chromatin structure.
履歴
登録2023年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked sharpened map of Nucleosome core particle from Trypanosoma brucei
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 316 pix.
= 261.964 Å		0.83 Å/pix.
x 316 pix.
= 261.964 Å		0.83 Å/pix.
x 316 pix.
= 261.964 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.5084459 - 2.5465097
平均 (標準偏差)0.00081927225 (±0.076253876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ316316316
Spacing316316316
セルA=B=C: 261.964 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16777_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map of Nucleosome core particle from Trypanosoma brucei

ファイルemd_16777_additional_1.map
注釈unsharpened map of Nucleosome core particle from Trypanosoma brucei
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 of Nucleosome core particle from Trypanosoma brucei

ファイルemd_16777_half_map_1.map
注釈half map 2 of Nucleosome core particle from Trypanosoma brucei
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 of Nucleosome core particle from Trypanosoma brucei

ファイルemd_16777_half_map_2.map
注釈half map 1 of Nucleosome core particle from Trypanosoma brucei
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleosome core particle

全体名称: Nucleosome core particle
要素
  • 複合体: Nucleosome core particle
    • 複合体: Histone octamer
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3, putative
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • 複合体: Widom 601 145 bp DNA
      • DNA: Widom 601 145 bp DNA (127-mer ordered and built)
      • DNA: Widom 601 145 bp DNA (127-mer ordered and built)

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超分子 #1: Nucleosome core particle

超分子名称: Nucleosome core particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Nucleosome core particle with histones from Trypanosoma brucei and Widom 601 145 bp DNA
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
分子量理論値: 89.6 KDa

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超分子 #2: Histone octamer

超分子名称: Histone octamer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Trypanosoma brucei histone octamer composed of an H4-H3-H3-H4 tetramer and two H2A-H2B dimers
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)

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超分子 #3: Widom 601 145 bp DNA

超分子名称: Widom 601 145 bp DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Histone H3, putative

分子名称: Histone H3, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
株: TREU927
分子量理論値: 14.647858 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SRTKETARTK KTITSKKSKK ASKGSDAASG VKTAQRRWRP GTVALREIRQ FQRSTDLLLQ KAPFQRLVRE VSGAQKEGLR FQSSAILAA QEATESYIVS LLADTNRACI HSGRVTIQPK DIHLALCLRG ERA

UniProtKB: Histone H3, putative

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
株: TREU927
分子量理論値: 11.037914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
AKGKKSGEAK GSQKRQKKVL RENVRGITRG SIRRLARRGG VKRISGVIYD EVRGVLKSFV EGVVRDATAY TEYSRKKTVT AVDVVNALR KRGKILYGYA

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
株: TREU927
分子量理論値: 14.108614 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
ATPKQAVKKA SKGGSSRSVK AGLIFPVGRV GTLLRRGQYA RRIGASGAVY MAAVLEYLTA ELLELSVKAA AQQTKKTKRL TPRTVTLAV RHDDDLGALL RNVTMSRGGV MPSLNKALAK KQKSGKHAKA TPSV

UniProtKB: Histone H2A

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分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
株: TREU927
分子量理論値: 12.464503 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
ATPKSTPAKT RKEAKKTRRQ RKRTWNVYVS RSLRSINSQM SMTSRTMKIV NSFVNDLFER IAAEAATIVR VNRKRTLGAR ELQTAVRLV LPADLAKHAM AEGTKAVSHA SS

UniProtKB: Histone H2B

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分子 #5: Widom 601 145 bp DNA (127-mer ordered and built)

分子名称: Widom 601 145 bp DNA (127-mer ordered and built) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.99166 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG) (DA)(DT)

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分子 #6: Widom 601 145 bp DNA (127-mer ordered and built)

分子名称: Widom 601 145 bp DNA (127-mer ordered and built) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 44.520383 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG) (DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 3e-05 kPa / 詳細: PELCO easiglow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Glutaraldehyde fixation, S200 purification

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4913 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 45.7 e/Å2
詳細: correlated double sampling used, super-resolution, binning at motion correction stage
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 75.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryoSPARC ab initio
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 306475
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る