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- EMDB-16770: Type II Secretion System -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16770
タイトルType II Secretion System
マップデータmap
試料
  • 複合体: Type II Secretion System
    • タンパク質・ペプチド: Probable type IV piliation system protein DR_0774
    • タンパク質・ペプチド: IPT/TIG domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein
キーワードType II Secretion System / MEMBRANE PROTEIN / Cell envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


: / type II protein secretion system complex / protein secretion
類似検索 - 分子機能
NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / IPT/TIG domain / IPT domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IPT/TIG domain-containing protein / Lipoprotein / Probable type IV piliation system protein DR_0774
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) / Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Farci D / Piano D
資金援助 ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
Polish National Science CentrePRO-2018/30/M/NZ1/00284 ポーランド
Polish National Science CentrePRO-2017/26/E/NZ1/00344 ポーランド
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: Structural characterization and functional insights into the type II secretion system of the poly-extremophile Deinococcus radiodurans.
著者: Domenica Farci / Stefan Milenkovic / Luca Iesu / Marta Tanas / Matteo Ceccarelli / Dario Piano /
要旨: The extremophile bacterium D. radiodurans boasts a distinctive cell envelope characterized by the regular arrangement of three protein complexes. Among these, the Type II Secretion System (T2SS) ...The extremophile bacterium D. radiodurans boasts a distinctive cell envelope characterized by the regular arrangement of three protein complexes. Among these, the Type II Secretion System (T2SS) stands out as a pivotal structural component. We used cryo-electron microscopy to reveal unique features, such as an unconventional protein belt (DR_1364) around the main secretin (GspD), and a cap (DR_0940) found to be a separated subunit rather than integrated with GspD. Furthermore, a novel region at the N-terminus of the GspD constitutes an additional second gate, supplementing the one typically found in the outer membrane region. This T2SS was found to contribute to envelope integrity, while also playing a role in nucleic acid and nutrient trafficking. Studies on intact cell envelopes show a consistent T2SS structure repetition, highlighting its significance within the cellular framework.
履歴
登録2023年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16770.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-4.9081664 - 6.503895
平均 (標準偏差)0.0043500853 (±0.104786344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B; same hand as primary map

ファイルemd_16770_half_map_1.map
注釈half map B; same hand as primary map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A; same hand as primary map

ファイルemd_16770_half_map_2.map
注釈half map A; same hand as primary map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type II Secretion System

全体名称: Type II Secretion System
要素
  • 複合体: Type II Secretion System
    • タンパク質・ペプチド: Probable type IV piliation system protein DR_0774
    • タンパク質・ペプチド: IPT/TIG domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein

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超分子 #1: Type II Secretion System

超分子名称: Type II Secretion System / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
分子量理論値: 1.7 MDa

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分子 #1: Probable type IV piliation system protein DR_0774

分子名称: Probable type IV piliation system protein DR_0774 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
分子量理論値: 78.653461 KDa
配列文字列: MNKRHALLLT AVLGMATAYA QTAPTTTTVN TLQTVYRDPS LTSAPITANV GKYVGPLSTF LASIAKSAGY EVVFNFNIDA LALINGEIV FGNSTASVTT SYATPLGRPQ ELPAKPVVHN FSNAPFNEAW PLLMDVYELD YQLVKVGSAN VIRIGQRPKQ L ALPLKFIS ...文字列:
MNKRHALLLT AVLGMATAYA QTAPTTTTVN TLQTVYRDPS LTSAPITANV GKYVGPLSTF LASIAKSAGY EVVFNFNIDA LALINGEIV FGNSTASVTT SYATPLGRPQ ELPAKPVVHN FSNAPFNEAW PLLMDVYELD YQLVKVGSAN VIRIGQRPKQ L ALPLKFIS AESALTAIEK FFGEEKFETV ISLDSNNKPF QTTRPTGKFG LPNSIKVIPD SSNKRLIIGS NSEDGIRIRS FV ETIDVQS SGKVISTDSI SEIYIVRGQK ESVLQFLRDS FPELIVTDYA SGGLAIEGPR TSVNRAIILL GQVDRAPEIP IVQ RIYTVR GQAADITALL AAQYPTLRVT PVGQTGQLVL NGAQAQLDTA LALLEQVDRP APVAESRTVQ RVFQLVNASA EEVK ATLEG TLARDLTADS NNDVLPNVPV TATDANGNTT VVSVPNALGK TANQGTANAQ AQTAQTPANT QQATLIADKR TNSLI VRGT PEQVAQVAEL VPQLDQVVPQ INVQVRIQEV NERALQSLGL NWRATFGGFN VAVSGGTGLA ATFNPTQSFL GFNIFP TLT ALETQGLTRR VYDGNVTMQS GQRSLSATGG AQNASSGAAA SVKSGGRLEI NIPSAAGNIV RQIDYGLNLD FFSPQVA PD GTITLRIRGQ VNQPATAITA DSLPNLIDFT NSEAQSTITF KNGQTILMSG LLGSTETTNR SGVPFLSSLP GVGAAFGE K RTEKTQSQLL VIITGTVVK

UniProtKB: Probable type IV piliation system protein DR_0774

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分子 #2: IPT/TIG domain-containing protein

分子名称: IPT/TIG domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
分子量理論値: 15.954317 KDa
配列文字列:
MTALGVEHDQ HPACGGGSLT RHLQLIRLPG GGLSMLRFFC ASLLLTGLLA SCTPRVTTVA GVTVTPVLIK VSEGAAPGDT LTIQGRYLG NAQTARVIIG ADENGQGGTA FPASAVQSWS DTEIVLKVPE GMPAGGSWLF VEVGGKRSTG LRVSVR

UniProtKB: IPT/TIG domain-containing protein

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分子 #3: Lipoprotein

分子名称: Lipoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
分子量理論値: 21.814654 KDa
配列文字列: MTMKKMFPVL LLGGLLLAGC GTVGLGSGRV NVGVDVGDAG SEQVATLTIT PEKCDDKGVC TPQKQELSIT DGQPVTFTFT ARPGSEAVT IEGYRVLSDR LDGVERADPK NPVENAKMNL YVPSGYACEG LTAGASCQGN ESDIRIANGQ PVQHQIYFAS G LGARAAAK ...文字列:
MTMKKMFPVL LLGGLLLAGC GTVGLGSGRV NVGVDVGDAG SEQVATLTIT PEKCDDKGVC TPQKQELSIT DGQPVTFTFT ARPGSEAVT IEGYRVLSDR LDGVERADPK NPVENAKMNL YVPSGYACEG LTAGASCQGN ESDIRIANGQ PVQHQIYFAS G LGARAAAK GANVTRVVDL EFYGFSANNV PFTRKVTGIV SQGSYVVKTN

UniProtKB: Lipoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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