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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | In situ STA of rotavirus enveloped DLP (penton) | ||||||||||||||||||
![]() | consensus average | ||||||||||||||||||
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生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.2 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Shah PNM / Stuart DI | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of the rotavirus assembly pathway in situ using cryoelectron tomography 著者: Shah PN / Gilchrist JB / Forsberg BO / Burt A / Howe A / Mosalaganti S / Wan W / Radecke J / Chaban Y / Sutton G / Stuart DI / Boyce M | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 33 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 182 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 17.7 MB 17.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | consensus average | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.97 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half1
ファイル | emd_16767_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half2
ファイル | emd_16767_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Rotavirus A
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Rotavirus A
超分子 | 名称: Rotavirus A / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 28875 / 生物種: Rotavirus A / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / 使用したサブトモグラム数: 138 |
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抽出 | トモグラム数: 85 / 使用した粒子像数: 138 / ソフトウェア - 名称: crYOLO (ver. 1.8.2) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) |