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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of retinal-free proteoopsin bound to decanoate | |||||||||
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![]() | Membrane protein / Light-driven proton pump / Proteorhodopsin / Proteoopsin / PROTON TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() light-activated monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
![]() | Hirschi S / Lemmin T / Fotiadis D | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into proteorhodopsin biogenesis and retinal scavenging 著者: Hirschi S / Lemmin T / Ayoub N / Kalbermatter D / Pellegata D / Ucurum Z / Gertsch J / Fotiadis D | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 166.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 20.9 MB 20.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 612.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 612.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.99231 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16759_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16759_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Pentameric proteoopsin bound to decanoate
全体 | 名称: Pentameric proteoopsin bound to decanoate |
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要素 |
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-超分子 #1: Pentameric proteoopsin bound to decanoate
超分子 | 名称: Pentameric proteoopsin bound to decanoate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Green-light absorbing proteorhodopsin
分子 | 名称: Green-light absorbing proteorhodopsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.359627 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAGGGDLDAS DYTGVSFWLV TAALLASTVF FFVERDRVSA KWKTSLTVSG LVTGIAFWHY MYMRGVWIET GDSPTVFRYI DWLLTVPLL ICEFYLILAA ATNVAGSLFK KLLVGSLVML VFGYMGEAGI MAAWPAFIIG CLAWVYMIYE LWAGEGKSAC N TASPAVQS ...文字列: MAGGGDLDAS DYTGVSFWLV TAALLASTVF FFVERDRVSA KWKTSLTVSG LVTGIAFWHY MYMRGVWIET GDSPTVFRYI DWLLTVPLL ICEFYLILAA ATNVAGSLFK KLLVGSLVML VFGYMGEAGI MAAWPAFIIG CLAWVYMIYE LWAGEGKSAC N TASPAVQS AYNTMMYIII FGWAIYPVGY FTGYLMGDGG SALNLNLIYN LADFVNKILF GLIIWNVAVK ESSNAGHHHH H UniProtKB: Green-light absorbing proteorhodopsin |
-分子 #2: DECANOIC ACID
分子 | 名称: DECANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: DKA |
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分子量 | 理論値: 172.265 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-DKA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 947286 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |