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基本情報
| 登録情報 |  | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Cryo-EM structure of the Photosystem I - LHCI supercomplex from Coelastrella sp. 光化学系I | |||||||||
 マップデータ | ||||||||||
 試料 |
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 キーワード | Green alga (緑藻) / PSI / Coelastrella / membrane protein (膜タンパク質) / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) | |||||||||
| 生物種 |  Coelastrella (植物) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å | |||||||||
 データ登録者 | Fadeeva M / Klaiman D / Nelson N | |||||||||
| 資金援助 |  イスラエル, 1件
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 引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the Photosystem I - LHCI supercomplex from Coelastrella sp. 著者: Fadeeva M / Klaiman D / Nelson N | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_16732.map.gz | 444.1 MB |  EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-16732-v30.xmlemd-16732.xml | 42.8 KB 42.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_16732_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 |  emd_16732.png | 45.9 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-16732.cif.gz | 10.3 KB | ||
| その他 | emd_16732_half_map_1.map.gzemd_16732_half_map_2.map.gz | 382.2 MB 382.2 MB | ||
| アーカイブディレクトリ |  http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16732ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16732 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|
-マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16732.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.651 Å | ||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_16732_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
Z
Y
X
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_16732_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : Coelastrella sp. Photosystem I
+超分子 #1: Coelastrella sp. Photosystem I
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 PsaA
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 PsaB
+分子 #3: Photosystem I subunit VII PsaC
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II PsaD
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV PsaE
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III PsaF
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V PsaG
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII PsaI
+分子 #9: Photosystem I subunit IX PsaJ
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit X psaK
+分子 #11: Photosystem I reaction centre subunit XI PsaL
+分子 #12: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca1
+分子 #13: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca3
+分子 #14: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca7
+分子 #15: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca8
+分子 #16: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca4
+分子 #17: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca5
+分子 #18: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca6
+分子 #19: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca9
+分子 #20: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca2 partial
+分子 #21: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #22: CHLOROPHYLL A
+分子 #23: PHYLLOQUINONE
+分子 #24: BETA-CAROTENE
+分子 #25: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #26: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate
+分子 #27: DIACYL GLYCEROL
+分子 #28: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)
+分子 #29: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #30: CALCIUM ION
+分子 #31: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #32: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
+分子 #33: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #34: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #35: Phosphatidylinositol
+分子 #36: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...
+分子 #37: LAURIC ACID
+分子 #38: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #39: CHLOROPHYLL B
+分子 #40: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #41: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #42: SPHINGOSINE
+分子 #43: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypro...
+分子 #44: water
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
 解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-試料調製
| 濃度 | 2 mg/mL |
|---|---|
| 緩衝液 | pH: 8 |
| グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 1.0 kPa / 詳細: Harrick Plasma cleaner PDC-32G-2 |
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. |
| 詳細 | Chlorophyll concentration was provided |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
|---|---|
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.15 µm / 倍率（公称値）: 130000 |
| 試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 31707 / 平均露光時間: 1.38 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
| 実験機器 |  モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
| 粒子像選択 | 選択した数: 2972135 |
|---|---|
| 初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
| 初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
| 最終 3次元分類 | クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 56000 |
| 最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
| 最終 再構成 | 使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 167160 |
| FSC曲線 (解像度の算出) |  |
-原子モデル構築 1
| 精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 50 |
|---|---|
| 得られたモデル |  PDB-8cmo: |
