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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16686 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | CupE pilus (CupE1 111-113 AGA mutant) | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Boehning J / Bharat TAM | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023 タイトル: Architecture of the biofilm-associated archaic Chaperone-Usher pilus CupE from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Jan Böhning / Adrian W Dobbelstein / Nina Sulkowski / Kira Eilers / Andriko von Kügelgen / Abul K Tarafder / Sew-Yeu Peak-Chew / Mark Skehel / Vikram Alva / Alain Filloux / Tanmay A M Bharat / 要旨: Chaperone-Usher Pathway (CUP) pili are major adhesins in Gram-negative bacteria, mediating bacterial adherence to biotic and abiotic surfaces. While classical CUP pili have been extensively ...Chaperone-Usher Pathway (CUP) pili are major adhesins in Gram-negative bacteria, mediating bacterial adherence to biotic and abiotic surfaces. While classical CUP pili have been extensively characterized, little is known about so-called archaic CUP pili, which are phylogenetically widespread and promote biofilm formation by several human pathogens. In this study, we present the electron cryomicroscopy structure of the archaic CupE pilus from the opportunistic human pathogen Pseudomonas aeruginosa. We show that CupE1 subunits within the pilus are arranged in a zigzag architecture, containing an N-terminal donor β-strand extending from each subunit into the next, where it is anchored by hydrophobic interactions, with comparatively weaker interactions at the rest of the inter-subunit interface. Imaging CupE pili on the surface of P. aeruginosa cells using electron cryotomography shows that CupE pili adopt variable curvatures in response to their environment, which might facilitate their role in promoting cellular attachment. Finally, bioinformatic analysis shows the widespread abundance of cupE genes in isolates of P. aeruginosa and the co-occurrence of cupE with other cup clusters, suggesting interdependence of cup pili in regulating bacterial adherence within biofilms. Taken together, our study provides insights into the architecture of archaic CUP pili, providing a structural basis for understanding their role in promoting cellular adhesion and biofilm formation in P. aeruginosa. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16686.map.gz | 4.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16686-v30.xml emd-16686.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16686_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16686.png | 47.4 KB | ||
その他 | emd_16686_half_map_1.map.gz emd_16686_half_map_2.map.gz | 65.6 MB 65.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16686 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16686 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16686_validation.pdf.gz | 749.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16686_full_validation.pdf.gz | 749 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16686_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16686_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16686 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16686 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16686.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.092 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16686_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16686_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CupE pilus (CupE1 111-113 AGA mutant)
全体 | 名称: CupE pilus (CupE1 111-113 AGA mutant) |
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要素 |
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-超分子 #1: CupE pilus (CupE1 111-113 AGA mutant)
超分子 | 名称: CupE pilus (CupE1 111-113 AGA mutant) / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Purified from strain with genomic mutation analogously to wild-type |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 mutant / 細胞中の位置: Cell surface |
-分子 #1: CupE1 111-113 AGA purified from a Pseudomonas aeruginosa mutant
分子 | 名称: CupE1 111-113 AGA purified from a Pseudomonas aeruginosa mutant タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Protein fibre composed of CupE1 111-113 AGA subunits, purified from mutant bacteria 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
配列 | 文字列: AGTLIGQVGV QMVIGAGCTI INGSVSGGIN QWGTLDFGSH SDLTNVVDAQ TVGTSGNIQI QCSTGLTPSL TVNAGLHASG GQRYMQNAGA TSSTIAYNIY SDAARSALIQ ANTPVDISSV STGTAVNIPL YGRVVPTGQS TPTPTAGTYT DTLLVTIAW |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Phosphate-buffered saline |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 詳細: 20 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |