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- EMDB-16670: Structure of the SNV L protein bound to 5' RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16670
タイトルStructure of the SNV L protein bound to 5' RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of Sin nombre virus L protein bound to 5' RNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*U)-3')
キーワードNegative-strand viruses / Bunyaviruses / Hantaviruses / RNA-dependent RNA polymerase / viral genome replication and transcription / VIRUS PROTEIN / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / endonuclease activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / RNA dependent RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Meier K / Thorkelsson SR / Durieux Trouilleton Q / Vogel D / Yu D / Kosinski J / Cusack S / Malet H / Grunewald K / Quemin ERJ / Rosenthal M
資金援助 ドイツ, フランス, 5件
OrganizationGrant number国
Leibniz AssociationK72/2017) ドイツ
German Research Foundation (DFG)5979/2-1, INST 152/772-1, 774-1, 775-1, 776-1 ドイツ
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01KI2019 ドイツ
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Structural and functional characterization of the Sin Nombre virus L protein.
著者: Kristina Meier / Sigurdur R Thorkelsson / Quentin Durieux Trouilleton / Dominik Vogel / Dingquan Yu / Jan Kosinski / Stephen Cusack / Hélène Malet / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Maria Rosenthal /
要旨: The Bunyavirales order is a large and diverse group of segmented negative-strand RNA viruses. Several virus families within this order contain important human pathogens, including Sin Nombre virus ...The Bunyavirales order is a large and diverse group of segmented negative-strand RNA viruses. Several virus families within this order contain important human pathogens, including Sin Nombre virus (SNV) of the Hantaviridae. Despite the high epidemic potential of bunyaviruses, specific medical countermeasures such as vaccines or antivirals are missing. The multifunctional ~250 kDa L protein of hantaviruses, amongst other functional domains, harbors the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and an endonuclease and catalyzes transcription as well as replication of the viral RNA genome, making it a promising therapeutic target. The development of inhibitors targeting these key processes requires a profound understanding of the catalytic mechanisms. Here, we established expression and purification protocols of the full-length SNV L protein bearing the endonuclease mutation K124A. We applied different biochemical in vitro assays to provide an extensive characterization of the different enzymatic functions as well as the capacity of the hantavirus L protein to interact with the viral RNA. By using single-particle cryo-EM, we obtained a 3D model including the L protein core region containing the RdRp, in complex with the 5' promoter RNA. This first high-resolution model of a New World hantavirus L protein shows striking similarity to related bunyavirus L proteins. The interaction of the L protein with the 5' RNA observed in the structural model confirms our hypothesis of protein-RNA binding based on our biochemical data. Taken together, this study provides an excellent basis for future structural and functional studies on the hantavirus L protein and for the development of antiviral compounds.
履歴
登録2023年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16670.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.054668244 - 0.11075268
平均 (標準偏差)0.00008499002 (±0.001901221)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16670_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16670_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Sin nombre virus L protein bound to 5' RNA

全体名称: Structure of Sin nombre virus L protein bound to 5' RNA
要素
  • 複合体: Structure of Sin nombre virus L protein bound to 5' RNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*U)-3')

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超分子 #1: Structure of Sin nombre virus L protein bound to 5' RNA

超分子名称: Structure of Sin nombre virus L protein bound to 5' RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 254 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 246.846797 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEKYREIHQR VKEIPPGGAS ALECLDLLDR LYAVRHDVVD QMIKHDWSDN KDMERPIGQV LLMAGVPNDI IQGMEKKVIP TSPSGQILK SFFRMTPDNY KITGALIEFI EVTVTADVAK GIREAKLKYE SGLQFIESLL SQEHKKGNIN QVYKITFDVV A VKTDGSNI ...文字列:
MEKYREIHQR VKEIPPGGAS ALECLDLLDR LYAVRHDVVD QMIKHDWSDN KDMERPIGQV LLMAGVPNDI IQGMEKKVIP TSPSGQILK SFFRMTPDNY KITGALIEFI EVTVTADVAK GIREAKLKYE SGLQFIESLL SQEHKKGNIN QVYKITFDVV A VKTDGSNI STQWPSRRND GVVQHMRLVQ ADINYVREHL IKPDERASLE AMFNLKFHVG GPKLRYFNIP DYKPQSLCQP EI TNLIQYC KHWLTEDHDF VFKEVTGNNV MSSFENNEDV YMSRYKESRK PRNFLLIQGS IQGPYLPSTI SSDQCDTRIG CLE VLKVHP ETPVQAIAVD MAYKYMELNR DEIINYYNPR VHFQATQSVK EPGTFKLGLS QLNPMSKSIL DQVGKHKSEK GLFG EPLES INISSQIQQN ECSRIIESIL SNLEINVGEV TMNLANPRKT TGVDELLGKF YENELSKYLI SILRKTAAWH IGHLI RDIT ESLIAHAGLK RSKYWSIHAY DHGGVILFIL PSKSLEVVGS YIRYFTVFKD GIGLIDEENL DSKVDIDGVQ WCFSKV MSI DLNRLLALNI AFEKALLATA TWFQYYTEDQ GHFPLQHALR SVFSFHFLLC VSQKMKICAI FDNLRYLIPA VTSLYSG YE LLIEKFFERP FKSALEVYLY NIIKALLISL AQNNKVRFYS KVRLLGLTVD HSTVGASGVY PSLMSRVVYK HYRSLISE A TTCFFLFEKG LHGNLNEEAK IHLETVEWAR KFEAKERKYG DILMREGYTI DAIRVGDVQV EQQLFCQEVV ELSAEELNK YLQAKSQVLS SNIMNKHWDK PYFSQTRNIS LKGMSGALQE DGHLAASVTL IEAIRFLNRS QTNPNVIDMY EQTKQHKAQA RIVRKYQRT EADRGFFITT LPTRVRLEII EDYYDAIARV VPEEYISYGG DKKILNIQTA LEKALRWASG SSEITTSTGN V IKFKRRLM YVSADATKWS PGDNSAKFKR FTQALYDGLS DEKLKCCVVD ALRHVYETEF FMSRKLHRYI DSMDEHSEAV QD FLDFFKG GVSATVKGNW LQGNLNKCSS LFGAAVSLLF RRIWAELFPE LECFFEFAHH SDDALFIYGY LEPEDDGTDW FLY VSQQIQ AGNYHWHAVN QEMWKSMFNL HEHLLLMGSI KVSPKKTTVS PTNAEFLSTF FEGCAVSIPF IKILLGSLSD LPGL GFFDD LAAAQSRCVK AMDLGASPQL AQLAVVICTS KVERLYGTAD GMVNSPVAFL KVTKAHVPIP LGGDGSMSIM ELATA GIGM ADKNILKQAF YSYKHTRRDG DRYVLGLFKF LMSLSEDVFQ HDRLGEFSFV GKVQWKVFTP KNEFEFYDQF SQSYLK SWT NQHPVYDYII PRGRDNLLVY LVRKLNDPSI VTAMTMQSPL QLRFRMQAKQ HMKVCKLDGE WVTFREVLAA ADSFATK YN PTEKDLDLFN TLVSCTFSKE YAWKDFLNEV RCEVVPTKHV HRSKIARTFT VREKDQAIQN PITAVIGYKY ASTVDEIS D VLDSSFFPDS LSADLQVMKE GVYRELGLDI GLPEVLKRIA PLLYKAGRSR VVIVEGNVEG TAESICSYWL RSMSLVKTI KVRPKKEVLR AVSLYSTKEN IGLQDDVAAT RLCIEVWRWC KANDQNVNDW LNALYFEKQT LMDWVERFRR KGVVPVDPEI QCIALLLYD VLGYKSVLQM QANRRAYSGK QYDAYCVQTY NEETKLYEGD LRVTFNFGLD CARLEIFWDK KEYILETSIT Q RHVLKLMM EEVTQELLRC GMRFKTEQVS HTKSLVLFKT ESGFEWGKPN VPCIVFKHCA LRTGLRTKQA INKEFMINVQ AD GFRAIAQ MDVESPRFLL AHAYHTLRDV RYQAVQAVGN VWFQTNQHKL FINPIISSGL LENFMKGLPA AIPPAAYSLI MNK AKISVD LFMFNELLAL VNPRNVLNLD GIEETSEGYS TVTSISSRQW SEEVSLMADD NIDDEEEFTI ALDDIDFEQI NLDE DIQHF LQDESAYTGD LTIQTEEVEV KRIRGVTRVL EPVKLIKSWV SKGLAIDKVY NPIGIVLMAR YMSKNYDFSK IPLAL LNPY DLTEFESVVK GWGETVNDRF LEVDNDAQRL IREKNILPED ILPDSLFSFR HVDVLLKRLF PRDPVSSFY

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Sin Nombre orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 5.796515 KDa
配列文字列:
UAGUAGUAGA CUCCGAGA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 514913
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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