+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16654 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HK97 large terminase packaging complex | |||||||||
マップデータ | HK97 large terminase complex with DNA | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | HK97 / bacteriophage / packaging motor / DNA complex / large terminase / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Hendrixvirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hawkins DEDP / Antson AA | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Insights into a viral motor: the structure of the HK97 packaging termination assembly. 著者: Dorothy E D P Hawkins / Oliver W Bayfield / Herman K H Fung / Daniel N Grba / Alexis Huet / James F Conway / Alfred A Antson / 要旨: Double-stranded DNA viruses utilise machinery, made of terminase proteins, to package viral DNA into the capsid. For cos bacteriophage, a defined signal, recognised by small terminase, flanks each ...Double-stranded DNA viruses utilise machinery, made of terminase proteins, to package viral DNA into the capsid. For cos bacteriophage, a defined signal, recognised by small terminase, flanks each genome unit. Here we present the first structural data for a cos virus DNA packaging motor, assembled from the bacteriophage HK97 terminase proteins, procapsids encompassing the portal protein, and DNA containing a cos site. The cryo-EM structure is consistent with the packaging termination state adopted after DNA cleavage, with DNA density within the large terminase assembly ending abruptly at the portal protein entrance. Retention of the large terminase complex after cleavage of the short DNA substrate suggests that motor dissociation from the capsid requires headful pressure, in common with pac viruses. Interestingly, the clip domain of the 12-subunit portal protein does not adhere to C12 symmetry, indicating asymmetry induced by binding of the large terminase/DNA. The motor assembly is also highly asymmetric, showing a ring of 5 large terminase monomers, tilted against the portal. Variable degrees of extension between N- and C-terminal domains of individual subunits suggest a mechanism of DNA translocation driven by inter-domain contraction and relaxation. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16654.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-16654-v30.xml emd-16654.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16654_fsc.xml | 3.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16654.png | 27.7 KB | ||
マスクデータ | emd_16654_msk_1.map | 3.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_16654_half_map_1.map.gz emd_16654_half_map_2.map.gz | 2.4 MB 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16654 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16654 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16654_validation.pdf.gz | 726 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_16654_full_validation.pdf.gz | 725.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16654_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16654_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16654 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16654 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16654.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | HK97 large terminase complex with DNA | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.01 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16654_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HK97 large terminase complex
ファイル | emd_16654_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | HK97 large terminase complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HK97 large terminase complex
ファイル | emd_16654_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | HK97 large terminase complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hendrixvirus
全体 | 名称: Hendrixvirus (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Hendrixvirus
超分子 | 名称: Hendrixvirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Proheads were produced by infection of E. coli 594 cells with HK97 amber mutant amC2, propagated using Escherichia LE392 cells. Large terminase was expressed in Vitro in E.coli cells. NCBI-ID: 2169654 / 生物種: Hendrixvirus / Sci species strain: HK97 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 株: 594 |
分子量 | 理論値: 560 KDa |
-分子 #1: HK97 Large terminase
分子 | 名称: HK97 Large terminase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Hendrixvirus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
配列 | 文字列: MTRGERVIAF IERFCIVPEG KLIGQPMRLD PFQKDFILAV YDNPAGTDMA ILSIARKNGK TGLIAGILLA HLVGPEAVQN TQIVSGALSR EQAAIVFNLA VKMVNLNPKL QEIVHITPSG KKLIGLPCNV EYKALSAEGK TTHGLSPILA ILDETGQVRG PQDDFIDAIT ...文字列: MTRGERVIAF IERFCIVPEG KLIGQPMRLD PFQKDFILAV YDNPAGTDMA ILSIARKNGK TGLIAGILLA HLVGPEAVQN TQIVSGALSR EQAAIVFNLA VKMVNLNPKL QEIVHITPSG KKLIGLPCNV EYKALSAEGK TTHGLSPILA ILDETGQVRG PQDDFIDAIT TAQGAHENPL LIVISTQAAN DADLLSIWID DAVKSKDPHI VCHVYEAPKD ADISKRESWL AANPALGTFR SEKDMARQAE KAGRMPSFEN TFRNLNLNQR VSTVSPFISR SVWELCGEMP INTPRKWYAG LDLSARNDLT ALVIAGEADD GVWDVFPFFW TPQKTLEERT KTDRAPYDVW VREGLLRTTP GASVDYSFVV ADIAEIIGDF DLTSMAFDRW RIDQFRKDAD AIGLSLPLVE FGQGFKDMGP AVDTLESLML NGRVRHGMHP VLTMCAVNAV VVKDAAGNRK LDKSKATGRI DGMVAMTMSV GAANGEVTEQ GGDFDDFIFR PLSM |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: final buffer = 20 mM Tris pH 7.5, 10 mM MgCl2, 50 mM KGlu, 5 mM ATP-gamma-S |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Packaging reactions 30 nM hk97 proheads, 2.5 micromolar large terminase, 5 micromolar small terminase and 30 nM DNA, 75 micromolar ATP were incubated for 2 mins then 5 micromolar ATP-gamma-S was added. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |