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万見
- EMDB-16649: HK97 DNA packaging complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16649
タイトルHK97 DNA packaging complex
マップデータHK97 bacteriophage packaging complex including Prohead II, portal protein, large terminase and a short DNA substrate
試料
  • ウイルス: Hendrixvirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HK97 DNA packaging complex (portal)
    • タンパク質・ペプチド: HK97 prohead II from packaging complex
    • タンパク質・ペプチド: HK97 packaging complex large terminase
キーワードHK97 / bacteriophage / packaging motor / DNA complex / VIRAL PROTEIN
生物種Hendrixvirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.29 Å
データ登録者Hawkins DEDP / Antson AA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)AC014501 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Insights into a viral motor: the structure of the HK97 packaging termination assembly.
著者: Dorothy E D P Hawkins / Oliver W Bayfield / Herman K H Fung / Daniel N Grba / Alexis Huet / James F Conway / Alfred A Antson /
要旨: Double-stranded DNA viruses utilise machinery, made of terminase proteins, to package viral DNA into the capsid. For cos bacteriophage, a defined signal, recognised by small terminase, flanks each ...Double-stranded DNA viruses utilise machinery, made of terminase proteins, to package viral DNA into the capsid. For cos bacteriophage, a defined signal, recognised by small terminase, flanks each genome unit. Here we present the first structural data for a cos virus DNA packaging motor, assembled from the bacteriophage HK97 terminase proteins, procapsids encompassing the portal protein, and DNA containing a cos site. The cryo-EM structure is consistent with the packaging termination state adopted after DNA cleavage, with DNA density within the large terminase assembly ending abruptly at the portal protein entrance. Retention of the large terminase complex after cleavage of the short DNA substrate suggests that motor dissociation from the capsid requires headful pressure, in common with pac viruses. Interestingly, the clip domain of the 12-subunit portal protein does not adhere to C12 symmetry, indicating asymmetry induced by binding of the large terminase/DNA. The motor assembly is also highly asymmetric, showing a ring of 5 large terminase monomers, tilted against the portal. Variable degrees of extension between N- and C-terminal domains of individual subunits suggest a mechanism of DNA translocation driven by inter-domain contraction and relaxation.
履歴
登録2023年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16649.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16649.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HK97 bacteriophage packaging complex including Prohead II, portal protein, large terminase and a short DNA substrate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0117
最小 - 最大-0.014850957 - 0.043530658
平均 (標準偏差)0.00024341245 (±0.0032670163)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 804.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16649_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HK97 bacteriophage packaging complex including Prohead II, portal...

ファイルemd_16649_half_map_1.map
注釈HK97 bacteriophage packaging complex including Prohead II, portal protein, large terminase and a short DNA substrate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HK97 bacteriophage packaging complex including Prohead II, portal...

ファイルemd_16649_half_map_2.map
注釈HK97 bacteriophage packaging complex including Prohead II, portal protein, large terminase and a short DNA substrate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hendrixvirus

全体名称: Hendrixvirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hendrixvirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HK97 DNA packaging complex (portal)
    • タンパク質・ペプチド: HK97 prohead II from packaging complex
    • タンパク質・ペプチド: HK97 packaging complex large terminase

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超分子 #1: Hendrixvirus

超分子名称: Hendrixvirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Proheads were produced by infection of E. coli 594 cells with HK97 amber mutant amC2, propagated using Escherichia LE392 cells
NCBI-ID: 2169654 / 生物種: Hendrixvirus / Sci species strain: HK97 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 株: 594
分子量理論値: 560 KDa

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分子 #1: HK97 DNA packaging complex (portal)

分子名称: HK97 DNA packaging complex (portal) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: portal protein / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hendrixvirus (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列: MEEPKYTIDL RTNNGWWARL KSWFVGGRLV TPNQGSQTGP VSAHGYLGDS SINDERILQI STVWRCVSLI STLTACLPLD VFETDQNDNR KKVDLSNPLA RLLRYSPNQY MTAQEFREAM TMQLCFYGNA YALVDRNSAG DVISLLPLQS ANMDVKLVGK KVVYRYQRDS ...文字列:
MEEPKYTIDL RTNNGWWARL KSWFVGGRLV TPNQGSQTGP VSAHGYLGDS SINDERILQI STVWRCVSLI STLTACLPLD VFETDQNDNR KKVDLSNPLA RLLRYSPNQY MTAQEFREAM TMQLCFYGNA YALVDRNSAG DVISLLPLQS ANMDVKLVGK KVVYRYQRDS EYADFSQKEI FHLKGFGFTG LVGLSPIAFA CKSAGVAVAM EDQQRDFFAN GAKSPQILST GEKVLTEQQR SQVEENFKEI AGGPVKKRLW ILEAGFSTSA IGVTPQDAEM MASRKFQVSE LARFFGVPPH LVGDVEKSTS WGSGIEQQNL GFLQYTLQPY ISRWENSIQR WLIPSKDVGR LHAEHNLDGL LRGDSASRAA FMKAMGESGL RTINEMRRTD NMPPLPGGDV AMRQAQYVPI TDLGTNKEPR NNGA

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分子 #2: HK97 prohead II from packaging complex

分子名称: HK97 prohead II from packaging complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hendrixvirus (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列: SLGSDADSAG SLIQPMQIPG IIMPGLRRLT IRDLLAQGRT SSNALEYVRE EVFTNNADVV AEKALKPESD ITFSKQTANV KTIAHWVQAS RQVMDDAPML QSYINNRLMY GLALKEEGQL LNGDGTGDNL EGLNKVATAY DTSLNATGDT RADIIAHAIY QVTESEFSAS ...文字列:
SLGSDADSAG SLIQPMQIPG IIMPGLRRLT IRDLLAQGRT SSNALEYVRE EVFTNNADVV AEKALKPESD ITFSKQTANV KTIAHWVQAS RQVMDDAPML QSYINNRLMY GLALKEEGQL LNGDGTGDNL EGLNKVATAY DTSLNATGDT RADIIAHAIY QVTESEFSAS GIVLNPRDWH NIALLKDNEG RYIFGGPQAF TSNIMWGLPV VPTKAQAAGT FTVGGFDMAS QVWDRMDATV EVSREDRDNF VKNMLTILCE ERLALAHYRP TAIIKGTFSS GS

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分子 #3: HK97 packaging complex large terminase

分子名称: HK97 packaging complex large terminase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hendrixvirus (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列: MTRGERVIAF IERFCIVPEG KLIGQPMRLD PFQKDFILAV YDNPAGTDMA ILSIARKNGK TGLIAGILLA HLVGPEAVQN TQIVSGALSR EQAAIVFNLA VKMVNLNPKL QEIVHITPSG KKLIGLPCNV EYKALSAEGK TTHGLSPILA ILDETGQVRG PQDDFIDAIT ...文字列:
MTRGERVIAF IERFCIVPEG KLIGQPMRLD PFQKDFILAV YDNPAGTDMA ILSIARKNGK TGLIAGILLA HLVGPEAVQN TQIVSGALSR EQAAIVFNLA VKMVNLNPKL QEIVHITPSG KKLIGLPCNV EYKALSAEGK TTHGLSPILA ILDETGQVRG PQDDFIDAIT TAQGAHENPL LIVISTQAAN DADLLSIWID DAVKSKDPHI VCHVYEAPKD ADISKRESWL AANPALGTFR SEKDMARQAE KAGRMPSFEN TFRNLNLNQR VSTVSPFISR SVWELCGEMP INTPRKWYAG LDLSARNDLT ALVIAGEADD GVWDVFPFFW TPQKTLEERT KTDRAPYDVW VREGLLRTTP GASVDYSFVV ADIAEIIGDF DLTSMAFDRW RIDQFRKDAD AIGLSLPLVE FGQGFKDMGP AVDTLESLML NGRVRHGMHP VLTMCAVNAV VVKDAAGNRK LDKSKATGRI DGMVAMTMSV GAANGEVTEQ GGDFDDFIFR PLSM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: final buffer = 20 mM Tris pH 7.5, 10 mM MgCl2, 50 mM KGlu, 5 mM ATP-gamma-S
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Packaging reactions 30 nM hk97 proheads, 2.5 micromolar large terminase, 5 micromolar small terminase and 30 nM DNA, 75 micromolar ATP were incubated for 2 mins then 5 micromolar ATP-gamma-S was added.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 82279
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 8354
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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