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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16635 | |||||||||
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タイトル | PfCyRPA-PfRIPR complex from Plasmodium falciparum bound to antibody Cy.003 - maps for local refinement on PfRIPR | |||||||||
マップデータ | Local refinement on PfRIPR after DeepEMhancer | |||||||||
試料 |
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キーワード | Plasmodium falciparum / erythrocyte-invasion / PfRCR / blood stage malaria vaccine / CELL ADHESION | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Farrell B / Higgins MK | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: The PfRCR complex bridges malaria parasite and erythrocyte during invasion. 著者: Brendan Farrell / Nawsad Alam / Melissa N Hart / Abhishek Jamwal / Robert J Ragotte / Hannah Walters-Morgan / Simon J Draper / Ellen Knuepfer / Matthew K Higgins / 要旨: The symptoms of malaria occur during the blood stage of infection, when parasites invade and replicate within human erythrocytes. The PfPCRCR complex, containing PfRH5 (refs. ), PfCyRPA, PfRIPR, ...The symptoms of malaria occur during the blood stage of infection, when parasites invade and replicate within human erythrocytes. The PfPCRCR complex, containing PfRH5 (refs. ), PfCyRPA, PfRIPR, PfCSS and PfPTRAMP, is essential for erythrocyte invasion by the deadliest human malaria parasite, Plasmodium falciparum. Invasion can be prevented by antibodies or nanobodies against each of these conserved proteins, making them the leading blood-stage malaria vaccine candidates. However, little is known about how PfPCRCR functions during invasion. Here we present the structure of the PfRCR complex, containing PfRH5, PfCyRPA and PfRIPR, determined by cryogenic-electron microscopy. We test the hypothesis that PfRH5 opens to insert into the membrane, instead showing that a rigid, disulfide-locked PfRH5 can mediate efficient erythrocyte invasion. We show, through modelling and an erythrocyte-binding assay, that PfCyRPA-binding antibodies neutralize invasion through a steric mechanism. We determine the structure of PfRIPR, showing that it consists of an ordered, multidomain core flexibly linked to an elongated tail. We also show that the elongated tail of PfRIPR, which is the target of growth-neutralizing antibodies, binds to the PfCSS-PfPTRAMP complex on the parasite membrane. A modular PfRIPR is therefore linked to the merozoite membrane through an elongated tail, and its structured core presents PfCyRPA and PfRH5 to interact with erythrocyte receptors. This provides fresh insight into the molecular mechanism of erythrocyte invasion and opens the way to new approaches in rational vaccine design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16635.map.gz | 239.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16635-v30.xml emd-16635.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16635.png | 55.8 KB | ||
マスクデータ | emd_16635_msk_1.map | 274.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16635.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_16635_additional_1.map.gz emd_16635_half_map_1.map.gz emd_16635_half_map_2.map.gz | 136.6 MB 255.2 MB 255.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16635 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16635 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16635_validation.pdf.gz | 728.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16635_full_validation.pdf.gz | 727.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16635_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16635_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16635 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16635 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16635.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local refinement on PfRIPR after DeepEMhancer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16635_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement on PfRIPR
ファイル | emd_16635_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement on PfRIPR | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Local refinement on PfRIPR - half map A
ファイル | emd_16635_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement on PfRIPR - half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Local refinement on PfRIPR - half map B
ファイル | emd_16635_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement on PfRIPR - half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody Cy.003
全体 | 名称: PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody Cy.003 |
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要素 |
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-超分子 #1: PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody Cy.003
超分子 | 名称: PfCyRPA-PfRIPR complex bound to Fab fragment from antibody Cy.003 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.97 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 506796 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |