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万見
- EMDB-16593: Cryo-EM map of RESC1-RESC2 bound to gRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16593
タイトルCryo-EM map of RESC1-RESC2 bound to gRNA
マップデータ
試料
  • 複合体: RESC1-RESC2-gRNA complex
    • タンパク質・ペプチド: RESC1
    • タンパク質・ペプチド: RESC2
    • RNA: gRNA gND7(506)
キーワードRESC / RNA editing / cryo-EM structure / Trypanosoma brucei / RNA BINDING PROTEIN
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Dolce LG / Kowalinski E
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0016 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structural basis for guide RNA selection by the RESC1-RESC2 complex.
著者: Luciano G Dolce / Yevheniia Nesterenko / Leon Walther / Félix Weis / Eva Kowalinski /
要旨: Kinetoplastid parasites, such as trypanosomes or leishmania, rely on RNA-templated RNA editing to mature mitochondrial cryptic pre-mRNAs into functional protein-coding transcripts. Processive pan- ...Kinetoplastid parasites, such as trypanosomes or leishmania, rely on RNA-templated RNA editing to mature mitochondrial cryptic pre-mRNAs into functional protein-coding transcripts. Processive pan-editing of multiple editing blocks within a single transcript is dependent on the 20-subunit RNA editing substrate binding complex (RESC) that serves as a platform to orchestrate the interactions between pre-mRNA, guide RNAs (gRNAs), the catalytic RNA editing complex (RECC), and a set of RNA helicases. Due to the lack of molecular structures and biochemical studies with purified components, neither the spacio-temporal interplay of these factors nor the selection mechanism for the different RNA components is understood. Here we report the cryo-EM structure of Trypanosoma brucei RESC1-RESC2, a central hub module of the RESC complex. The structure reveals that RESC1 and RESC2 form an obligatory domain-swapped dimer. Although the tertiary structures of both subunits closely resemble each other, only RESC2 selectively binds 5'-triphosphate-nucleosides, a defining characteristic of gRNAs. We therefore propose RESC2 as the protective 5'-end binding site for gRNAs within the RESC complex. Overall, our structure provides a starting point for the study of the assembly and function of larger RNA-bound kinetoplast RNA editing modules and might aid in the design of anti-parasite drugs.
履歴
登録2023年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年5月31日-
現状2023年5月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16593.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16593.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.009076782 - 0.03053051
平均 (標準偏差)0.000025206835 (±0.00093813153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16593_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Relion post process

ファイルemd_16593_additional_1.map
注釈Relion post process
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: deepEMhancer post process

ファイルemd_16593_additional_2.map
注釈deepEMhancer post process
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16593_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16593_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RESC1-RESC2-gRNA complex

全体名称: RESC1-RESC2-gRNA complex
要素
  • 複合体: RESC1-RESC2-gRNA complex
    • タンパク質・ペプチド: RESC1
    • タンパク質・ペプチド: RESC2
    • RNA: gRNA gND7(506)

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超分子 #1: RESC1-RESC2-gRNA complex

超分子名称: RESC1-RESC2-gRNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 118 KDa

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分子 #1: RESC1

分子名称: RESC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKHHHHHHSA GLEVLFQGPD SMQNQGSVSQ GALNMRDQQA AAAENVTPER VWALWNEGNL FSLSLAQLQG FLSRCGVRTD PAAKKAAVVR QVEEYLHSKD TTVKGGGQGA ASPQQHQQHG QQGGYGRWNQ ASVMQPETLL DLSQAGFYEG AANMVPKAFQ LLVSDTAPDV ...文字列:
MKHHHHHHSA GLEVLFQGPD SMQNQGSVSQ GALNMRDQQA AAAENVTPER VWALWNEGNL FSLSLAQLQG FLSRCGVRTD PAAKKAAVVR QVEEYLHSKD TTVKGGGQGA ASPQQHQQHG QQGGYGRWNQ ASVMQPETLL DLSQAGFYEG AANMVPKAFQ LLVSDTAPDV VVSRVNTTAF PGFPSNTECY TLGASEKDVA IRSRYSKVLQ WCCLNMSNLQ MDGELYVDFG KLLLKPSVMR KNRRIVSSYT LQQRLQVNHP YTWVPTLPES CLSKIQEQFL QPEGFAPIGK GVQLTYSGTI KRSKDQLHVD LDNKGKVLAV NSAWVNLQTA WCTHAKGPDV RLLLRSRPPI RRQDVELFAS TPIIKLADDD VADVLPPEHG QLVYLSEDET RLFERVSDRG VTITVREVKR QPLIILRDEE EDPRVEYSLS AHIPANAAKA TDVRAVGLTA FELAGRLAGL VAEDFVREYG CEAKL

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分子 #2: RESC2

分子名称: RESC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQSFSAAAPA ASGDFSHITR NTVWGLWNEG NLFSLSVPEL AFFLQEHCRV ANVDPRAKKS ALVRQVEEIL SAEQQASATV PQEDNPHAIV VTDYDRAEDA LEEADEYGDW GAEPGFEDRR ELDFMELSPG RMGERYDPLS PRAFQLLHSE TATDVGIASI DPSKLPGQSK ...文字列:
MQSFSAAAPA ASGDFSHITR NTVWGLWNEG NLFSLSVPEL AFFLQEHCRV ANVDPRAKKS ALVRQVEEIL SAEQQASATV PQEDNPHAIV VTDYDRAEDA LEEADEYGDW GAEPGFEDRR ELDFMELSPG RMGERYDPLS PRAFQLLHSE TATDVGIASI DPSKLPGQSK VKNALAAIHV APNDANKMRF RMAFEWCLMN IWNMNMPGEL NIGAGKALYY RSVAKQNRNV MPLWTVQKHL YAQHPYAWFA IASESNVAAM ESLAAALNMS IQQERTTSYK VTIRRMAEFF DCELNGQLKC TMMNKPWDRF FVSHYIRSKM PDLRYVVRAR HPIKKRIADA YLEADILRST RDSVQSVLSP ELGDVVYCCE RVVRKWAKKT ATGVTLQLVE TKRTPLIITK AGDEGERLEY EWIVPLPQQA ERIDIAALTD ELWEYGNKLA AALEEGMEEL MVHTMTAVSA Y

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分子 #3: gRNA gND7(506)

分子名称: gRNA gND7(506) / タイプ: rna / ID: 3
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
配列文字列:
GGGAUAUAAA UACGAUGUAA AUAACCUGUA GUAUAGUUAG UGUAUAUAGU GAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.07 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 62.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 202502
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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