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万見
- EMDB-16572: 1.85 angstrom resolution cryo-EM reconstruction of tobacco mosaic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16572
タイトル1.85 angstrom resolution cryo-EM reconstruction of tobacco mosaic virus, imaged on a JEOL CryoARM 300 with Direct Electron Apollo camera.
マップデータReconstruction of tobacco mosaic virus
試料
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bhella D / Love AJ / Streetley J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_PC_17135 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.85 angstrom resolution cryo-EM reconstruction of tobacco mosaic virus, imaged on a JEOL CryoARM 300 with Direct Electron Apollo camera.
著者: Bhella D / Love AJ / Streetley J / Taliansky M / McGeachy K / Bukharova T
履歴
登録2023年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16572.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of tobacco mosaic virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.52 Å/pix.
x 750 pix.
= 387. Å		0.52 Å/pix.
x 750 pix.
= 387. Å		0.52 Å/pix.
x 750 pix.
= 387. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.516 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.029839857 - 0.05581958
平均 (標準偏差)2.6472382e-05 (±0.0012208814)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ750750750
Spacing750750750
セルA=B=C: 386.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Reconstruction of tobacco mosaic virus Half map 1

ファイルemd_16572_half_map_1.map
注釈Reconstruction of tobacco mosaic virus Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Reconstruction of tobacco mosaic virus Half map 2

ファイルemd_16572_half_map_2.map
注釈Reconstruction of tobacco mosaic virus Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tobacco mosaic virus

全体名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1: Tobacco mosaic virus

超分子名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Infected leaf material was ground in phosphate buffer, cleared with chloroform and centrifuged (4 degrees C, 10000g) for 20mins. The supernatant was then precipitated overnight at 4 degrees C ...詳細: Infected leaf material was ground in phosphate buffer, cleared with chloroform and centrifuged (4 degrees C, 10000g) for 20mins. The supernatant was then precipitated overnight at 4 degrees C after adding both NaCl and PEG8000 to 1% and 2% (w/v) respectively. This was centrifuged at 4 degrees C 10000g for 20 mins, and pellets were resuspended in 25 mM Tris-HCl pH 7.8, prior to loading onto 20% sucrose cushions made up in this buffer. The cushions were centrifuged at 175,500g at 4 degrees C for 2 h and the subsequently resuspended in 0.01 M Tris-HCl buffer (pH 7.8) or water prior to centrifugation at 175,500g at 4 degrees C for 2 h. The pellets were resuspended and centrifuged again as before. The pellets were finally reconstituted in water with 0.02% sodium azide.
NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度24 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: Not buffered - sample was in H2O
グリッドモデル: C-flat / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Images collected in super-resolution mode (0.387 angstroms/pixel). Calibrated pixel size 0.774 angstroms/pixel.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.39851 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.0177 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 398831
Segment selection選択した数: 498539 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
詳細: Particles were selected from micrographs with an initial CTFfit resolution estimate of better than five angstroms
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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