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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | 1.85 angstrom resolution cryo-EM reconstruction of tobacco mosaic virus, imaged on a JEOL CryoARM 300 with Direct Electron Apollo camera. | |||||||||
![]() | Reconstruction of tobacco mosaic virus | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
![]() | Bhella D / Love AJ / Streetley J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: 1.85 angstrom resolution cryo-EM reconstruction of tobacco mosaic virus, imaged on a JEOL CryoARM 300 with Direct Electron Apollo camera. 著者: Bhella D / Love AJ / Streetley J / Taliansky M / McGeachy K / Bukharova T | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 161.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 26.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 175.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 1.3 GB 1.3 GB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 744 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 743.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of tobacco mosaic virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.516 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Reconstruction of tobacco mosaic virus Half map 1
ファイル | emd_16572_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of tobacco mosaic virus Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Reconstruction of tobacco mosaic virus Half map 2
ファイル | emd_16572_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of tobacco mosaic virus Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Tobacco mosaic virus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Tobacco mosaic virus
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Infected leaf material was ground in phosphate buffer, cleared with chloroform and centrifuged (4 degrees C, 10000g) for 20mins. The supernatant was then precipitated overnight at 4 degrees C ...詳細: Infected leaf material was ground in phosphate buffer, cleared with chloroform and centrifuged (4 degrees C, 10000g) for 20mins. The supernatant was then precipitated overnight at 4 degrees C after adding both NaCl and PEG8000 to 1% and 2% (w/v) respectively. This was centrifuged at 4 degrees C 10000g for 20 mins, and pellets were resuspended in 25 mM Tris-HCl pH 7.8, prior to loading onto 20% sucrose cushions made up in this buffer. The cushions were centrifuged at 175,500g at 4 degrees C for 2 h and the subsequently resuspended in 0.01 M Tris-HCl buffer (pH 7.8) or water prior to centrifugation at 175,500g at 4 degrees C for 2 h. The pellets were resuspended and centrifuged again as before. The pellets were finally reconstituted in water with 0.02% sodium azide. NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
濃度 | 24 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: Not buffered - sample was in H2O |
グリッド | モデル: C-flat / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 詳細: Images collected in super-resolution mode (0.387 angstroms/pixel). Calibrated pixel size 0.774 angstroms/pixel. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |