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万見
- EMDB-16556: 21S ribosomal precursors induced by heat shock. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16556
タイトル21S ribosomal precursors induced by heat shock.
マップデータ21S cryo-EM map, postprocessed and masked
試料
  • 複合体: 21S ribosomal precursors induced by heat shock.
    • 複合体: 16S ribosomal RNA
    • 複合体: 21S Ribosomal proteins
キーワード21S / DnaK / Heat shock / Ribosome assembly / RIBOSOME
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Giudice E / Georgeault S / Lavigne R / Pineau C / Trautwetter A / Ermel G / Blanco C / Gillet R
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-14-ASTR-0001 フランス
Other privateFRM EQU202203014663
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Purification and Characterization of Authentic 30S Ribosomal Precursors Induced by Heat Shock.
著者: Emmanuel Giudice / Sylvie Georgeault / Régis Lavigne / Charles Pineau / Annie Trautwetter / Gwennola Ermel / Carlos Blanco / Reynald Gillet /
要旨: Ribosome biogenesis is a complex and multistep process that depends on various assembly factors. To understand this process and identify the ribosome assembly intermediates, most studies have set out ...Ribosome biogenesis is a complex and multistep process that depends on various assembly factors. To understand this process and identify the ribosome assembly intermediates, most studies have set out to delete or deplete these assembly factors. Instead, we took advantage of the impact of heat stress (45 °C) on the late stages of the biogenesis of the 30S ribosomal subunit to explore authentic precursors. Under these conditions, reduced levels of the DnaK chaperone proteins devoted to ribosome assembly lead to the transient accumulation of 21S ribosomal particles, which are 30S precursors. We constructed strains with different affinity tags on one early and one late 30S ribosomal protein and purified the 21S particles that form under heat shock. A combination of relative quantification using mass spectrometry-based proteomics and cryo-electron microscopy (cryo-EM) was then used to determine their protein contents and structures.
履歴
登録2023年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈21S cryo-EM map, postprocessed and masked
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 444. Å		1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 444. Å		1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 444. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.047801584 - 0.15277559
平均 (標準偏差)0.00035005197 (±0.0042180666)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 444.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_16556_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #2

ファイルemd_16556_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #3

ファイルemd_16556_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 21S cryo-EM map (not postprocessed)

ファイルemd_16556_additional_1.map
注釈21S cryo-EM map (not postprocessed)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: multibody analysis : 21S Body first half map

ファイルemd_16556_additional_2.map
注釈multibody analysis : 21S Body first half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: multibody analysis : 21S Body, postprocessed and masked

ファイルemd_16556_additional_3.map
注釈multibody analysis : 21S Body, postprocessed and masked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: multibody analysis : 21S Body (not postprocessed)

ファイルemd_16556_additional_4.map
注釈multibody analysis : 21S Body (not postprocessed)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: multibody analysis : 21S Body second half map

ファイルemd_16556_additional_5.map
注釈multibody analysis : 21S Body second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: multibody analysis : 21S Head (not postprocessed)

ファイルemd_16556_additional_6.map
注釈multibody analysis : 21S Head (not postprocessed)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: multibody analysis : 21S Head, postprocessed and masked

ファイルemd_16556_additional_7.map
注釈multibody analysis : 21S Head, postprocessed and masked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: multibody analysis : 21S Head first half map

ファイルemd_16556_additional_8.map
注釈multibody analysis : 21S Head first half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: multibody analysis : 21S Head second half map

ファイルemd_16556_additional_9.map
注釈multibody analysis : 21S Head second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: 21S first half map

ファイルemd_16556_half_map_1.map
注釈21S first half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: 21S second half map

ファイルemd_16556_half_map_2.map
注釈21S second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 21S ribosomal precursors induced by heat shock.

全体名称: 21S ribosomal precursors induced by heat shock.
要素
  • 複合体: 21S ribosomal precursors induced by heat shock.
    • 複合体: 16S ribosomal RNA
    • 複合体: 21S Ribosomal proteins

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超分子 #1: 21S ribosomal precursors induced by heat shock.

超分子名称: 21S ribosomal precursors induced by heat shock. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

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超分子 #2: 16S ribosomal RNA

超分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

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超分子 #3: 21S Ribosomal proteins

超分子名称: 21S Ribosomal proteins / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: uS3 uS4 uS5 bS6 uS7 uS8 uS9 uS10 uS11 uS12 uS13 uS14 uS15 bS16 uS17 bS18 uS19 bS20
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
5.0 mMC8H19N2O5SKHEPES-KOH
50.0 mMKClKCl
9.0 mMMgOAcMgOAc
10.0 mMNH4ClNH4Cl
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa / 詳細: 30mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 2s before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 922 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 倍率（補正後）: 120443 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0023 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 174502
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v4q


詳細: Only the 30S portion was used, and low-pass filtered to a resolution of 40A.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 48873
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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