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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Optimizing Cryo-FIB Lamellas for sub-5 Angstrom in situ Structural Biology : Subtomogram average of the Large Subunit of S.Cerevisiae 80S Ribosome | |||||||||
![]() | Local resolution filtered map after M refinement Workflow: TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M | |||||||||
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![]() | S.Cerevisiae / 80S / Ribosome / FIB / insitu | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
![]() | Khavnekar S / Vrbovska V / Zaoralova M / KElley R / Beck F / Klumpe S / Kotech A / Plitzko JM / Erdmann PS | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Optimizing Cryo-FIB Lamellas for sub-5 Angstrom in situ Structural Biology : Large Subunit of S.Cerevisiae 80S Ribosome 著者: Khavnekar S / Vrbovska V / Zaoralova M / KElley R / Beck F / Klumpe S / Kotech A / Plitzko JM / Erdmann PS | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 222.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 411.4 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 212.1 MB 212.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 980 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 979.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered map after M refinement Workflow: TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.6 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: From WARP/M
ファイル | emd_16537_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | From WARP/M | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: From WARP/M
ファイル | emd_16537_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | From WARP/M | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : S.Cerevisiae 80s ribosome large subunit
全体 | 名称: S.Cerevisiae 80s ribosome large subunit |
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要素 |
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-超分子 #1: S.Cerevisiae 80s ribosome large subunit
超分子 | 名称: S.Cerevisiae 80s ribosome large subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 3.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 12500 |
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抽出 | トモグラム数: 91 / 使用した粒子像数: 45500 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |