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- EMDB-16519: Slipper limpet hemocyanin didecamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16519
タイトルSlipper limpet hemocyanin didecamer
マップデータSlipper limpet hemocyanin didecamer
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Slipper limpet hemocyanin
    • タンパク質・ペプチド: Slipper limpet hemocyanin
キーワードHemocyanin / didecamer / 20 subunit / OXYGEN TRANSPORT
生物種Crepidula fornicata (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Pasqualetto G / Young MT
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)69001 英国
UK Research and Innovation (UKRI)36295 英国
UK Research and Innovation (UKRI)14130 英国
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2023
タイトル: CryoEM structure and Alphafold molecular modelling of a novel molluscan hemocyanin.
著者: Gaia Pasqualetto / Andrew Mack / Emily Lewis / Ryan Cooper / Alistair Holland / Ufuk Borucu / Judith Mantell / Tom Davies / Miriam Weckener / Dan Clare / Tom Green / Pete Kille / Alex Muhlhozl / Mark T Young /
要旨: Hemocyanins are multimeric oxygen transport proteins present in the blood of arthropods and molluscs, containing up to 8 oxygen-binding functional units per monomer. In molluscs, hemocyanins are ...Hemocyanins are multimeric oxygen transport proteins present in the blood of arthropods and molluscs, containing up to 8 oxygen-binding functional units per monomer. In molluscs, hemocyanins are assembled in decamer 'building blocks' formed of 5 dimer 'plates', routinely forming didecamer or higher-order assemblies with d5 or c5 symmetry. Here we describe the cryoEM structures of the didecamer (20-mer) and tridecamer (30-mer) forms of a novel hemocyanin from the slipper limpet Crepidula fornicata (SLH) at 7.0 and 4.7 Å resolution respectively. We show that two decamers assemble in a 'tail-tail' configuration, forming a partially capped cylinder, with an additional decamer adding on in 'head-tail' configuration to make the tridecamer. Analysis of SLH samples shows substantial heterogeneity, suggesting the presence of many higher-order multimers including tetra- and pentadecamers, formed by successive addition of decamers in head-tail configuration. Retrieval of sequence data for a full-length isoform of SLH enabled the use of Alphafold to produce a molecular model of SLH, which indicated the formation of dimer slabs with high similarity to those found in keyhole limpet hemocyanin. The fit of the molecular model to the cryoEM density was excellent, showing an overall structure where the final two functional units of the subunit (FU-g and FU-h) form the partial cap at one end of the decamer, and permitting analysis of the subunit interfaces governing the assembly of tail-tail and head-tail decamer interactions as well as potential sites for N-glycosylation. Our work contributes to the understanding of higher-order oligomer formation in molluscan hemocyanins and demonstrates the utility of Alphafold for building accurate structural models of large oligomeric proteins.
履歴
登録2023年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16519.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 202.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Slipper limpet hemocyanin didecamer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.6 Å/pix.
x 376 pix.
= 601.6 Å		1.6 Å/pix.
x 376 pix.
= 601.6 Å		1.6 Å/pix.
x 376 pix.
= 601.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0541
最小 - 最大-0.09482887 - 0.17539063
平均 (標準偏差)0.0015030617 (±0.01004875)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ376376376
Spacing376376376
セルA=B=C: 601.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16519_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16519_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16519_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Slipper limpet hemocyanin

全体名称: Slipper limpet hemocyanin
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Slipper limpet hemocyanin
    • タンパク質・ペプチド: Slipper limpet hemocyanin

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超分子 #1: Slipper limpet hemocyanin

超分子名称: Slipper limpet hemocyanin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Crepidula fornicata (無脊椎動物)
分子量理論値: 7 MDa

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分子 #1: Slipper limpet hemocyanin

分子名称: Slipper limpet hemocyanin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Crepidula fornicata (無脊椎動物)
配列文字列: MTTFCGPLAL LVLWCQLLLA SGSLIRKNVD SLTESEVLTL QTVLRQLEDD KTATGFQAIA AYHGEPSQCQ TKDGTAIACC VHGEATFPQW HRLYVVQFEQ ALVSKGLANI GVPYWDWTKP IKDLPALVKN QIFRDPKGKL GQKNAWFSAE IDHDNVHTQT ARAIDDRLYE ...文字列:
MTTFCGPLAL LVLWCQLLLA SGSLIRKNVD SLTESEVLTL QTVLRQLEDD KTATGFQAIA AYHGEPSQCQ TKDGTAIACC VHGEATFPQW HRLYVVQFEQ ALVSKGLANI GVPYWDWTKP IKDLPALVKN QIFRDPKGKL GQKNAWFSAE IDHDNVHTQT ARAIDDRLYE SVSPGGHTTL FNMVLDALEQ DDYCQFEAQF EVAHNHIHYL VGGRHHYSMS TLEYTSFDPL FFLHHSNVDR IFAIWQELQK KRGKPYDHAD CSVELFNKDL LPFARDSNPI QLTRTFSKPK DLFSYMQLGY TYDDLTLNDM SIDQLYSFLK ERHARERSFA VFSLHGMGFS ANVKVSVCNV EEEETTNCEF AGDIFILGGA NEMAWEFTVP YYYDISDAVR KLGHQQDFNF GVKAEVYSVN GTHLGSDVLS RPYASHRNPR GYTDPVIRDS RKPSNVVRKD IELLTDEEVY ALRQAMHRFQ NDTSIDGYQA VAEFHGLPAK CPHPDAAVRY ACCVHGMATF PHWHRLFVVE VEDELRSRGL EIGIPYWDWT RPNAHIPALA NDVSYEDANT HQQLHNPFHD APIAFLGEKT TRQVQDDLSE SPEFGDHTSL FDGILLAFEQ TDFCDFEVQF EVVHNAPHFL VGGFGAYTLA TLHYSAFDPI FYLHHSNVDR LWAIWQQLQI KRGLPYKAHC ASSLTQEVLK PFGFPPPWNN DHKTFENARP TNIYDYEAVL DYTYDSLQFG GMTVDQLEHY LHERKTQNRD FVGIALHNIG VSAWVTLSLQ VEGGEPYQVG KIAVLGGEKE MPWRFDRLFK VEITSALQKL GLSYDDDFNV HLDITDVTGK KWAEDTFHHN TIIHVPGEGH EDPGEDDDHV RNDIVTLTAE QEQNVRDAFQ GLKNDKSVAG YNQIAAFHGQ PNWCPSTQAE RKYACCTHGM AVFPHWHRLL TVQAENGLIA NGLHSGLPYW DWTLPMTSLP SIVLNATYVH PKTGESVANP LYSGQVDGHD TTRSVRQELF EQPKFGHMTK IAEKVMLAFE QDNFCDFEIQ YEIAHNYIHA LVGGNETYSM ASLRYTAYDP IFFLHHSNTD RIWAIWQALQ KYRGKPYNSA NCAIAEMRKP LQPFAQTSLT NPDYVTRDHS TPFDVFNYHS SFHYHYDNLD FNGMSVAQLQ REVIRRRGLE RAFAGFMLHG VKKSCLVVFD ICKPDGTCTK SGEFYLLGDE NELPWEYDRL YKYEITHELE DMGLEPQDRF DVQYHVYDLD NTDLGDDVFG KAVIIYSAGQ GHQKGHEEDY LEEVQASSHV RRNLEDLTTG EAESLRSALR DMEEDGSFDA IARFHGYPGL CEHDGHKAAC CVHGSPAFPH WHRLYVEQVE NSLLSHGSAV SVPYWDWTQP IKKLPALIND ATYYDSRAHA KLENPFFRWK IPGTDMYTSR DPRPDLFDSD YFLNNALLAL EQTSYCDFEV QFEILHNALH SFLGGRGKYS LSSLDYSAFD PVFFLHHANV DRIWAIWQAL QKIRGLPFDE SDCALNIMGT PLHPFDDKEE NQFDLTNKYS RPIDAFDYSN HFDYHYDTLK FNSWTIPQLE QVLEKQRSRD RVFAGFLLHN IGTSADVEID VCVATGNGAK SCNHPAGKFA ILGGEYEMPF TFDRLYKYDI SDTVRKLGLR LDSAADFDVQ IKIFAYNGSY IDASLLHRPT IIFEPGQGQT QDDVGHVERR LVRKSVLSLS PAERRSLVLA MRSLQEDSSA DGFQSLASFH ALPPLCPYPE ATKRFACCIH GMATFPHWHR LYTVQFEDAL RRHGALVGIP YWDTVVPNSR LPDFIAESVW DDPLFHANFS NPWAGADIEF DNSAVVRDVN MDRISQKGPK GYDTWSWKQY LYALEQENFC DFEVQFEIAH NALHAWMGGS EVHSMAHLHY ASYDPVFILH HSNTDRIFAL WQELQKYRGR DANEVNCALE LMKEPLKPFS FGSPYNLNPT TTLYSKPEDA FDYKGHFKYE YDTLELQGLD VQRLQDYINK EKEHDRVFAG FLLSGIGQSA HASFSVCKAN GECTAAGDFD ILGGSAEMPW RFDRLYKYEI TDVLEKKGLD VHDSFNITVS LTALDGSALS SSLLPTPSVI FEPKSRTTEL HEVAPNRIRH DLTHLSERDI RSLKSSIRDL QLDDSNDGYQ NIASFHGAPA LCPSPEAAEY ACCVHGMPTF PHWHRLYTVE MEDAMVRHGS SVALPYWDWT MPITQLPDLF TSETYYDAWR DEVVANPFAR AYIKVAGGYT VRDPQAQLKQ LSRDGQHSAL FDLVLLVLEQ TDYCDFEVQF EVVHNAIHYL VGGRQLYSMS SLEYTSYDPI FFVHHSFVDK IWAVWQELQK RRGMNYDRAD CAVNFMNERM HPFDWEALNP DVRTREHSLP QSVWKYEDLG YHYDNYQIGG KSIEELEELI KKQQSHPRVF AGFQLHGLGT SADVELSVCK SQNSCVSAGV IFILGGKLEM PWAFDRLFKL DITDTLHDMG IEPEDVFDTQ APFFLSYEVH AVNGTTLPLS TISPPTLVFQ PAEGAAAEHS SYSIAGVGVR KDINTLTAAE MENLRDALGR VQAGTGRLTY DNVVSAHGYP PQCTHDGHKV ACCQHGMASF PMWHRLFTRQ MEVALSWEGA KVGIPYWDWT EAFTELPALV REEENNPFHH GRIPGTDTVT TRAPRPQLFR DPEHGDESFF YRQVQLALEQ RDYCDFEVQF EVIHNAIHSW IGGTSPYGMS TLEYSAYDPV FFIHHSNVDR QFAIWQALQK YRGLDYNTAN CNIQELRQVQ EPFDRDDNPV VTTRHYSKAI DAFNYDQYGY QYDNLNFHGM TISQLDEMLE KKKQEDHVFA NFMLHGIQTS ADVVFDLCDA KGKCNFAGTF AILGGPLEMP WSFDRLFKYD VTSVFKQMRL RPDSEYSFRV SLTAVNGTQL DSRLIEAPSV SFVPGNKPGS KTSAAHEDPV PLDTGDVTRY EVSALSLAQV TNLRDALYKL QNDHGPNGFE AIASFHGAPG LCPENATDHY ACCRHGMPAF PHWHRLLTVQ FERALKDKGA VVGVPYWDWT RPAKAMPSLF TDSYDNNPFQ TYRMTFNDQY IQRDVSEELF NHPSEGDVES LFHQALETLE ETNYCDFEVQ YEMLHNAVHE LIGGGNTYSM STLEYSAFDP FFMVHHASID RIWQIWQSLQ KLRHKPFNYA SCASRSLYKP LEPFSYTSLN ADPLTLNNAQ PVHIFDTAKF HYHYDSLDLN GHGVHELHDM IEDMQATSRI FAGFVLSGIS TSARVHVDVT RGEDTVSVGN FYVLGGSSEM PWAYERIYKL DMTEAASKLG LSSESTFHFK LTVTKYDGTA LNVTFPDPVI VKRAANSQHD VLVLPLSVAN QLPPKIVVRQ GTQVVFHASE SGVSSLREVG SYTNSVHCAI PPGQANLYDL DVAYSLEAGD YYFTSSDKTK CQQGSRIQIT VDDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2
グリッドメッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 856 / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 2.23 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 710
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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