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万見
- EMDB-16511: HERV-K Gag immature lattice -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16511
タイトルHERV-K Gag immature lattice
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human endogenous retrovirus K (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Gag protein
キーワードC6 symmetry / endogenous retrovirus / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / nucleic acid binding / structural molecule activity / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein ...Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human endogenous retrovirus K (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Krebs A-S / Liu H-F / Zhou Y / Rey JS / Levintov L / Perilla JR / Bartesaghi A / Zhang P
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Molecular architecture and conservation of an immature human endogenous retrovirus.
著者: Anna-Sophia Krebs / Hsuan-Fu Liu / Ye Zhou / Juan S Rey / Lev Levintov / Juan Shen / Andrew Howe / Juan R Perilla / Alberto Bartesaghi / Peijun Zhang /
要旨: A significant part of the human genome consists of endogenous retroviruses sequences. Human endogenous retrovirus K (HERV-K) is the most recently acquired endogenous retrovirus, is activated and ...A significant part of the human genome consists of endogenous retroviruses sequences. Human endogenous retrovirus K (HERV-K) is the most recently acquired endogenous retrovirus, is activated and expressed in many cancers and amyotrophic lateral sclerosis and possibly contributes to the aging process. To understand the molecular architecture of endogenous retroviruses, we determined the structure of immature HERV-K from native virus-like particles (VLPs) using cryo-electron tomography and subtomogram averaging (cryoET STA). The HERV-K VLPs show a greater distance between the viral membrane and immature capsid lattice, correlating with the presence of additional peptides, SP1 and p15, between the capsid (CA) and matrix (MA) proteins compared to the other retroviruses. The resulting cryoET STA map of the immature HERV-K capsid at 3.2 Å resolution shows a hexamer unit oligomerized through a 6-helix bundle which is further stabilized by a small molecule in the same way as the IP6 in immature HIV-1 capsid. The HERV-K immature CA hexamer assembles into the immature lattice via highly conserved dimmer and trimer interfaces, whose interactions were further detailed through all-atom molecular dynamics simulations and supported by mutational studies. A large conformational change mediated by the flexible linker between the N-terminal and the C-terminal domains of CA occurs between the immature and the mature HERV-K capsid protein, analogous to HIV-1. Comparison between HERV-K and other retroviral immature capsid structures reveals a highly conserved mechanism for the assembly and maturation of retroviruses across genera and evolutionary time.
履歴
登録2023年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 256 pix.
= 384.768 Å		1.5 Å/pix.
x 256 pix.
= 384.768 Å		1.5 Å/pix.
x 256 pix.
= 384.768 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.503 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0736
最小 - 最大-0.9319716 - 1.1975625
平均 (標準偏差)0.00013992414 (±0.03085037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 384.768 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16511_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human endogenous retrovirus K

全体名称: Human endogenous retrovirus K (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human endogenous retrovirus K (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Gag protein

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超分子 #1: Human endogenous retrovirus K

超分子名称: Human endogenous retrovirus K / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Gag protein, not cleaved / NCBI-ID: 45617 / 生物種: Human endogenous retrovirus K / Sci species strain: HERV-K con / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CA-NC

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分子 #1: Gag protein

分子名称: Gag protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human endogenous retrovirus K (ウイルス)
分子量理論値: 74.069219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGQTKSKIKS KYASYLSFIK ILLKRGGVKV STKNLIKLFQ IIEQFCPWFP EQGTLDLKDW KRIGKELKQA GRKGNIIPLT VWNDWAIIK AALEPFQTEE DSVSVSDAPG SCIIDCNENT RKKSQKETEG LHCEYVAEPV MAQSTQNVDY NQLQEVIYPE T LKLEGKGP ...文字列:
MGQTKSKIKS KYASYLSFIK ILLKRGGVKV STKNLIKLFQ IIEQFCPWFP EQGTLDLKDW KRIGKELKQA GRKGNIIPLT VWNDWAIIK AALEPFQTEE DSVSVSDAPG SCIIDCNENT RKKSQKETEG LHCEYVAEPV MAQSTQNVDY NQLQEVIYPE T LKLEGKGP ELVGPSESKP RGTSPLPAGQ VPVTLQPQKQ VKENKTQPPV AYQYWPPAEL QYRPPPESQY GYPGMPPAPQ GR APYPQPP TRRLNPTAPP SRQGSELHEI IDKSRKEGDT EAWQFPVTLE PMPPGEGAQE GEPPTVEARY KSFSIKMLKD MKE GVKQYG PNSPYMRTLL DSIAHGHRLI PYDWEILAKS SLSPSQFLQF KTWWIDGVQE QVRRNRAANP PVNIDADQLL GIGQ NWSTI SQQALMQNEA IEQVRAICLR AWEKIQDPGS TCPSFNTVRQ GSKEPYPDFV ARLQDVAQKS IADEKARKVI VELMA YENA NPECQSAIKP LKGKVPAGSD VISEYVKACD GIGGAMHKAM LMAQAITGVV LGGQVRTFGG KCYNCGQIGH LKKNCP VLN KQNITIQATT TGREPPDLCP RCKKGKHWAS QCRSKFDKNG QPLSGNEQRG QPQAPQQTGA FPIQPFVPQG FQGQQPP LS QVFQGISQLP QYNNCPPPQA AVQQ

UniProtKB: Gag protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: OptiPrep in STE buffer
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 5 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均露光時間: 1.17 sec. / 平均電子線量: 3.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 188111
抽出トモグラム数: 124 / 使用した粒子像数: 274994
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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