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- EMDB-16493: cryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16493
タイトルcryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
マップデータOverall cryo-EM map of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
試料
  • 複合体: Ternary complex of Bg505 Sosip.664 HIV-1 Env with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Gp41 Bg505 T332n Sosip.664
    • タンパク質・ペプチド: IgG EPTC112 Fab fragment heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IgG 3BNC117 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IgG 3BNC117 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: IgG EPTC112 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV / post-treatment controller / broadly neutralizing antibodies / V3-site / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Baquero E / Molinos-Albert L / Mouquet H
資金援助 フランス, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de Recherches Sur le Sida et les Hepatites Virales (ANRS)(AO2013-2 #13553 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-LABX-69-01 フランス
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI131365 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: Anti-V1/V3-glycan broadly HIV-1 neutralizing antibodies in a post-treatment controller.
著者: Luis M Molinos-Albert / Eduard Baquero / Mélanie Bouvin-Pley / Valérie Lorin / Caroline Charre / Cyril Planchais / Jordan D Dimitrov / Valérie Monceaux / Matthijn Vos / / Laurent ...著者: Luis M Molinos-Albert / Eduard Baquero / Mélanie Bouvin-Pley / Valérie Lorin / Caroline Charre / Cyril Planchais / Jordan D Dimitrov / Valérie Monceaux / Matthijn Vos / / Laurent Hocqueloux / Jean-Luc Berger / Michael S Seaman / Martine Braibant / Véronique Avettand-Fenoël / Asier Sáez-Cirión / Hugo Mouquet /
要旨: HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can decrease viremia but are usually unable to counteract autologous viruses escaping the antibody pressure. Nonetheless, bNAbs may contribute to natural ...HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can decrease viremia but are usually unable to counteract autologous viruses escaping the antibody pressure. Nonetheless, bNAbs may contribute to natural HIV-1 control in individuals off antiretroviral therapy (ART). Here, we describe a bNAb B cell lineage elicited in a post-treatment controller (PTC) that exhibits broad seroneutralization and show that a representative antibody from this lineage, EPTC112, targets a quaternary epitope in the glycan-V3 loop supersite of the HIV-1 envelope glycoprotein. The cryo-EM structure of EPTC112 complexed with soluble BG505 SOSIP.664 envelope trimers revealed interactions with N301- and N156-branched N-glycans and the GDIR V3 loop motif. Although the sole contemporaneous virus circulating in this PTC was resistant to EPTC112, it was potently neutralized by autologous plasma IgG antibodies. Our findings illuminate how cross-neutralizing antibodies can alter the HIV-1 infection course in PTCs and may control viremia off-ART, supporting their role in functional HIV-1 cure strategies.
履歴
登録2023年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16493.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Overall cryo-EM map of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.373852 - 4.0128746
平均 (標準偏差)-0.0021530834 (±0.08021567)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local refined cryo-EM map of first bNAbs EPTC112...

ファイルemd_16493_additional_1.map
注釈Local refined cryo-EM map of first bNAbs EPTC112 bound to BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refined cryo-EM map of second bNAbs EPTC112...

ファイルemd_16493_additional_2.map
注釈Local refined cryo-EM map of second bNAbs EPTC112 bound to BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half cryo-EM map A of BG505 SOSIP.664 HIV-1...

ファイルemd_16493_half_map_1.map
注釈Half cryo-EM map A of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half cryo-EM map B of BG505 SOSIP.664 HIV-1...

ファイルemd_16493_half_map_2.map
注釈Half cryo-EM map B of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Bg505 Sosip.664 HIV-1 Env with bNAbs EPTC112 a...

全体名称: Ternary complex of Bg505 Sosip.664 HIV-1 Env with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
要素
  • 複合体: Ternary complex of Bg505 Sosip.664 HIV-1 Env with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Gp41 Bg505 T332n Sosip.664
    • タンパク質・ペプチド: IgG EPTC112 Fab fragment heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IgG 3BNC117 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IgG 3BNC117 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: IgG EPTC112 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ternary complex of Bg505 Sosip.664 HIV-1 Env with bNAbs EPTC112 a...

超分子名称: Ternary complex of Bg505 Sosip.664 HIV-1 Env with bNAbs EPTC112 and 3BNC117
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Gp120 Bg505 Sosip.664 T332n / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 52.5515 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LWVTVYYGVP VWKDAETTLF CASDAKAYET EKHNVWATHA CVPTDPNPQE IHLENVTEEF NMWKNNMVEQ MHTDIISLWD QSLKPCVKL TPLCVTLQCT NVTNNITDDM RGELKNCSFN MTTELRDKKQ KVYSLFYRLD VVQINENQGN RSNNSNKEYR L INCNTSAI ...文字列:
LWVTVYYGVP VWKDAETTLF CASDAKAYET EKHNVWATHA CVPTDPNPQE IHLENVTEEF NMWKNNMVEQ MHTDIISLWD QSLKPCVKL TPLCVTLQCT NVTNNITDDM RGELKNCSFN MTTELRDKKQ KVYSLFYRLD VVQINENQGN RSNNSNKEYR L INCNTSAI TQACPKVSFE PIPIHYCAPA GFAILKCKDK KFNGTGPCPS VSTVQCTHGI KPVVSTQLLL NGSLAEEEVM IR SENITNN AKNILVQFNT PVQINCTRPN NNTRKSIRIG PGQAFYATGD IIGDIRQAHC NVSKATWNET LGKVVKQLRK HFG NNTIIR FANSSGGDLE VTTHSFNCGG EFFYCNTSGL FNSTWISNTS VQGSNSTGSN DSITLPCRIK QIINMWQRIG QAMY APPIQ GVIRCVSNIT GLILTRDGGS TNSTTETFRP GGGDMRDNWR SELYKYKVVK IEPLGVAPTR CKRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Gp41 Bg505 T332n Sosip.664

分子名称: Gp41 Bg505 T332n Sosip.664 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.431627 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LGFLGAAGST MGAASMTLTV QARNLLSGIV QQQSNLLRAP EAQQHLLKLT VWGIKQLQAR VLAVERYLRD QQLLGIWGCS GKLICCTNV PWNSSWSNRN LSEIWDNMTW LQWDKEISNY TQIIYGLLEE SQNQQEKNEQ DLLALD

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分子 #3: IgG EPTC112 Fab fragment heavy chain

分子名称: IgG EPTC112 Fab fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.320389 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLLESGPG LVRPSETLTL TCSVFNSRVS GYYYSWIRQP PGRGLEWIAS THFSLRPSRN PSLLSRVTTS IDTERYQVFL NMRSVTAAD TAVYFCARGD ASGWRADYFP HWGQGTLVVV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLLESGPG LVRPSETLTL TCSVFNSRVS GYYYSWIRQP PGRGLEWIAS THFSLRPSRN PSLLSRVTTS IDTERYQVFL NMRSVTAAD TAVYFCARGD ASGWRADYFP HWGQGTLVVV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKTH HHHHH

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分子 #4: IgG 3BNC117 Fab heavy chain

分子名称: IgG 3BNC117 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.640484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT FSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT FSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC

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分子 #5: IgG 3BNC117 Fab Light Chain

分子名称: IgG 3BNC117 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.022658 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #6: IgG EPTC112 Fab Light Chain

分子名称: IgG EPTC112 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.680932 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPPSA SGSPGQSVTI SCTGTSSDIG ASDYVSWYQQ YPGEAPKVII YDVTKRPSGV PDRFSGSKSG TTASLTVSGL QAEDEADYY CSSDAGRHTL LFGGGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVLTQPPSA SGSPGQSVTI SCTGTSSDIG ASDYVSWYQQ YPGEAPKVII YDVTKRPSGV PDRFSGSKSG TTASLTVSGL QAEDEADYY CSSDAGRHTL LFGGGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 24 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5v8m

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 251591
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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