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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16472
タイトルIn situ cryo-electron tomogram of cytoplasmic lattice filaments from a mouse oocyte
マップデータIn situ cryo-electron tomogram of cytoplasmic lattice filaments from a mouse oocyte (unprocessed tomogram)
試料
  • 細胞: mouse oocyte
キーワードmammalian oocytes / cytoplasmic lattices / protein storage / filaments / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Bauerlein FJB / Jentoft IMA / Petrovic A / Fernandez-Busnadiego R / Schuh M
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB1286 (SFB1286 - 317475864) ドイツ
German Research Foundation (DFG)MBExC (EXC 2067/1- 390729940) ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU 3047/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Mammalian oocytes store proteins for the early embryo on cytoplasmic lattices.
著者: Ida M A Jentoft / Felix J B Bäuerlein / Luisa M Welp / Benjamin H Cooper / Arsen Petrovic / Chun So / Sarah Mae Penir / Antonio Z Politi / Yehor Horokhovskyi / Iina Takala / Heike Eckel / ...著者: Ida M A Jentoft / Felix J B Bäuerlein / Luisa M Welp / Benjamin H Cooper / Arsen Petrovic / Chun So / Sarah Mae Penir / Antonio Z Politi / Yehor Horokhovskyi / Iina Takala / Heike Eckel / Rüdiger Moltrecht / Peter Lénárt / Tommaso Cavazza / Juliane Liepe / Nils Brose / Henning Urlaub / Rubén Fernández-Busnadiego / Melina Schuh /
要旨: Mammalian oocytes are filled with poorly understood structures called cytoplasmic lattices. First discovered in the 1960s and speculated to correspond to mammalian yolk, ribosomal arrays, or ...Mammalian oocytes are filled with poorly understood structures called cytoplasmic lattices. First discovered in the 1960s and speculated to correspond to mammalian yolk, ribosomal arrays, or intermediate filaments, their function has remained enigmatic to date. Here, we show that cytoplasmic lattices are sites where oocytes store essential proteins for early embryonic development. Using super-resolution light microscopy and cryoelectron tomography, we show that cytoplasmic lattices are composed of filaments with a high surface area, which contain PADI6 and subcortical maternal complex proteins. The lattices associate with many proteins critical for embryonic development, including proteins that control epigenetic reprogramming of the preimplantation embryo. Loss of cytoplasmic lattices by knocking out PADI6 or the subcortical maternal complex prevents the accumulation of these proteins and results in early embryonic arrest. Our work suggests that cytoplasmic lattices enrich maternally provided proteins to prevent their premature degradation and cellular activity, thereby enabling early mammalian development.
履歴
登録2023年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16472.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 450 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈In situ cryo-electron tomogram of cytoplasmic lattice filaments from a mouse oocyte (unprocessed tomogram)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.61 Å
密度
最小 - 最大-197.0 - 165.0
平均 (標準偏差)5.7269006 (±21.846765999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0-512-113
サイズ10241024225
Spacing10241024225
セルA: 14960.64 Å / B: 14960.64 Å / C: 3287.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: In situ cryo-electron tomogram of cytoplasmic lattice filaments...

ファイルemd_16472_additional_1.map
注釈In situ cryo-electron tomogram of cytoplasmic lattice filaments from a mouse oocyte (deconvoluted tomogram)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse oocyte

全体名称: mouse oocyte
要素
  • 細胞: mouse oocyte

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超分子 #1: mouse oocyte

超分子名称: mouse oocyte / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細FIB milled lamella of mouse oocytes
Cryo protectant7.5%/7.5% DMSO/EG
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 3600 / 集束イオンビーム - 温度: 83 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 80000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: We develop a 'deep-FIBing' approach, by which the cells were first milled perpendicular to the EM grid to reveal a clean surface from which lamellae were ...集束イオンビーム - 詳細: We develop a 'deep-FIBing' approach, by which the cells were first milled perpendicular to the EM grid to reveal a clean surface from which lamellae were subsequently prepared (see publication).. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos II. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 3.34 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.13) / 使用した粒子像数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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